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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aop | ||||||
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タイトル | Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 14r | ||||||
要素 | Cereblon isoform 4 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PROTEOLYSIS TARGETING CHIMERA / PROTAC / PROTEIN DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-MW6 / PHOSPHATE ION / Cereblon isoform 4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.944 Å | ||||||
データ登録者 | Maiwald, S. / Heim, C. / Hartmann, M.D. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Synthesis of novel glutarimide ligands for the E3 ligase substrate receptor Cereblon (CRBN): Investigation of their binding mode and antiproliferative effects against myeloma cell lines. 著者: Krasavin, M. / Adamchik, M. / Bubyrev, A. / Heim, C. / Maiwald, S. / Zhukovsky, D. / Zhmurov, P. / Bunev, A. / Hartmann, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aop.cif.gz | 117.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aop.ent.gz | 86.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aop | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8aoqC 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 20 - 122 / Label seq-ID: 20 - 122
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4M Ammonium Phosphate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→47.7 Å / Num. obs: 22417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.93 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.51 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 6.99 % / Rmerge(I) obs: 0.979 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6778 / CC1/2: 0.733 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4v2y 解像度: 1.944→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.009 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.323 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.944→47.7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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