PDB-8aop: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aop

タイトル

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 14r

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PROTEOLYSIS TARGETING CHIMERA / PROTAC / PROTEIN DEGRADATION

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-MW6 / PHOSPHATE ION / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.944 Å

データ登録者

Maiwald, S. / Heim, C. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of novel glutarimide ligands for the E3 ligase substrate receptor Cereblon (CRBN): Investigation of their binding mode and antiproliferative effects against myeloma cell lines.
著者: Krasavin, M. / Adamchik, M. / Bubyrev, A. / Heim, C. / Maiwald, S. / Zhukovsky, D. / Zhmurov, P. / Bunev, A. / Hartmann, M.D.

履歴

登録	2022年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aop.cif.gz	117.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aop.ent.gz	86.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aop_validation.pdf.gz	876.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aop_full_validation.pdf.gz	886.4 KB	表示
XML形式データ	8aop_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	8aop_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aoqC 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

41.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.790, 59.194, 87.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 20 - 122 / Label seq-ID: 20 - 122

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 / CULT domain-containing protein 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MW6 / (3S)-3-[(3-aminophenyl)sulfanylmethyl]piperidine-2,6-dione 分子量: 250.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4M Ammonium Phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→47.7 Å / Num. obs: 22417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.93 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.51
反射シェル	解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 6.99 % / R_merge(I) obs: 0.979 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6778 / CC_1/2: 0.733 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4v2y

4v2y

解像度: 1.944→47.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 8.009 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	1119	4.992 %
R_work	0.1967	21298	-
all	0.198	-	-
obs	-	22417	99.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.283 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.195 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.478 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.944→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2017	0	47	57	2121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.638	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.232	1.58	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.677	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.335	20.541	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.744	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.777	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.103	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.412	3.527	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.413	3.527	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.195	5.275	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.194	5.275	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.845	3.776	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.845	3.776	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.918	5.582	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.917	5.583	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.398	38.783	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.397	38.793	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.109	0.05	3010

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10931	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10931	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.944-1.995	0.254	79	0.271	1551	X-RAY DIFFRACTION	99.6942
1.995-2.049	0.235	81	0.241	1520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.049-2.109	0.27	79	0.214	1470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.109-2.173	0.258	68	0.2	1412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.173-2.244	0.21	78	0.202	1357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.244-2.323	0.285	66	0.204	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.323-2.411	0.181	67	0.18	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.411-2.509	0.255	70	0.194	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.509-2.62	0.22	62	0.194	1194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.747	0.2	59	0.199	1160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.747-2.896	0.201	59	0.195	1078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.896-3.071	0.217	54	0.187	1055	X-RAY DIFFRACTION	100
3.071-3.282	0.194	51	0.187	998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.282-3.543	0.219	49	0.183	915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.543-3.879	0.205	46	0.18	859	X-RAY DIFFRACTION	100
3.879-4.334	0.172	40	0.171	763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.334-4.998	0.211	37	0.174	697	X-RAY DIFFRACTION	99.8639
4.998-6.105	0.262	32	0.224	590	X-RAY DIFFRACTION	100
6.105-8.568	0.327	25	0.24	476	X-RAY DIFFRACTION	100
8.568-47.7	0.36	17	0.246	295	X-RAY DIFFRACTION	98.7342

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1594	0.0876	1.8614	1.9875	1.6612	6.1748	0.0513	0.1348	-0.2011	0.0007	-0.0307	0.0927	0.1746	0.0186	-0.0206	0.0092	0.0111	-0.0097	0.0438	-0.0326	0.1116	19.1854	17.776	1.8547
2	3.1501	-1.9338	-0.2824	5.2546	-1.2024	3.7675	-0.0105	-0.1992	-0.0391	0.0976	-0.0375	-0.0631	-0.0387	0.254	0.048	0.0268	-0.0193	0.0069	0.0466	0.0241	0.0776	31.8168	8.1052	23.9187
3	5.9617	-0.207	1.758	4.507	0.1985	7.4537	-0.0468	0.2203	-0.5242	-0.2836	-0.1275	0.7396	0.3931	-0.955	0.1743	0.2548	-0.0916	0.0472	0.498	-0.1501	0.5014	31.85	-1.3404	-6.9129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	19 - 327
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	20 - 329
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	18 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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