PDB-8aoq: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aoq

タイトル

Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a

要素

Cereblon isoform 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PROTEOLYSIS TARGETING CHIMERA / PROTAC / PROTEIN DEGRADATION

機能・相同性

CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-N8F / Cereblon isoform 4

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.088 Å

データ登録者

Maiwald, S. / Heim, C. / Hartmann, M.D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Synthesis of novel glutarimide ligands for the E3 ligase substrate receptor Cereblon (CRBN): Investigation of their binding mode and antiproliferative effects against myeloma cell lines.
著者: Krasavin, M. / Adamchik, M. / Bubyrev, A. / Heim, C. / Maiwald, S. / Zhukovsky, D. / Zhmurov, P. / Bunev, A. / Hartmann, M.D.

履歴

登録	2022年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aoq.cif.gz	111.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aoq.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aoq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/8aoq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aopC 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cereblon isoform 4

B: Cereblon isoform 4

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

41.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cereblon isoform 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.660, 59.169, 88.334
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 19 - 123 / Label seq-ID: 19 - 123

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cereblon isoform 4 分子量: 13632.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-N8F / (3~{S})-3-(phenylsulfonylmethyl)piperidine-2,6-dione 分子量: 267.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₃NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4M Ammonium Phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.088→49.2 Å / Num. obs: 18215 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.04
反射シェル	解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 6.96 % / R_merge(I) obs: 0.857 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5523 / CC_1/2: 0.784 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4v2y

4v2y

解像度: 2.088→49.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 8.959 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	905	4.968 %
R_work	0.1945	17310	-
all	0.196	-	-
obs	-	18215	99.929 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.942 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.767 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.492 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.259 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.088→49.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1885	0	39	45	1969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.636	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.263	1.577	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.181	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.906	20.825	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.829	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.232	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.172	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.538	3.681	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.539	3.68	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.388	5.505	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.387	5.506	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.95	3.851	997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.949	3.852	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.116	5.697	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.115	5.698	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.333	41.003	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.332	41.016	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.11	0.05	3029

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10958	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10958	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.088-2.142	0.253	60	0.268	1247	0.267	1309	0.892	0.895	99.8472	0.251
2.142-2.201	0.256	66	0.229	1223	0.23	1289	0.915	0.914	100	0.204
2.201-2.265	0.22	62	0.2	1208	0.202	1270	0.929	0.93	100	0.173
2.265-2.334	0.294	56	0.222	1152	0.225	1208	0.905	0.927	100	0.192
2.334-2.411	0.234	60	0.198	1117	0.199	1177	0.932	0.942	100	0.165
2.411-2.495	0.214	56	0.188	1090	0.189	1146	0.945	0.95	100	0.16
2.495-2.589	0.205	57	0.181	1069	0.182	1126	0.947	0.955	100	0.157
2.589-2.694	0.235	57	0.185	1002	0.188	1059	0.942	0.951	100	0.155
2.694-2.814	0.2	51	0.181	978	0.182	1030	0.952	0.952	99.9029	0.153
2.814-2.951	0.214	47	0.181	938	0.182	986	0.952	0.956	99.8986	0.158
2.951-3.11	0.227	47	0.18	890	0.182	937	0.943	0.956	100	0.163
3.11-3.297	0.218	46	0.187	851	0.189	897	0.941	0.947	100	0.176
3.297-3.524	0.239	41	0.169	799	0.173	840	0.939	0.952	100	0.162
3.524-3.805	0.203	42	0.181	743	0.182	786	0.945	0.955	99.8728	0.178
3.805-4.165	0.185	34	0.172	689	0.173	723	0.953	0.962	100	0.175
4.165-4.653	0.202	33	0.152	636	0.155	669	0.962	0.973	100	0.163
4.653-5.365	0.254	30	0.18	559	0.183	589	0.943	0.966	100	0.199
5.365-6.551	0.251	27	0.266	487	0.265	514	0.938	0.929	100	0.282
6.551-9.183	0.308	20	0.258	392	0.26	412	0.925	0.94	100	0.294
9.183-49.16	0.409	13	0.279	240	0.284	258	0.929	0.935	98.062	0.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3063	-0.1327	1.1932	2.5308	1.3181	6.2899	0.0932	0.1598	-0.2913	-0.0594	-0.0588	0.1501	0.1707	-0.0117	-0.0344	0.0148	0.0149	-0.0224	0.0295	-0.0382	0.0555	19.131	17.7689	2.1154
2	3.5886	-2.3172	-0.531	5.5462	-0.8116	3.5573	-0.0235	-0.1615	-0.0061	0.0892	0.0039	-0.1566	-0.0438	0.2837	0.0196	0.0299	-0.0103	-0.0004	0.0303	0.0034	0.0089	32.0452	7.7961	23.8397
3	6.3591	1.4864	1.0828	4.0015	-0.5172	5.0731	-0.0828	0.1858	-0.5202	0.0202	-0.115	0.8093	0.4114	-0.8058	0.1977	0.3505	-0.0776	0.0599	0.4798	-0.1587	0.5588	32.76	-0.4899	-5.6637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	19 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	202
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	19 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	201
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	202
7	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	18 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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