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- PDB-8anv: Crystal structure of phi3T_93 and phi3T AimX complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8anv
タイトルCrystal structure of phi3T_93 and phi3T AimX complex
要素
  • Arbitrium putative lysogeny regulator
  • YopN. Phi3T_93
キーワードVIRAL PROTEIN / Arbitrium / Phi3T / lysis-lysogeny decission
機能・相同性Arc-type ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Uncharacterized protein / Arbitrium putative lysogeny regulator
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage phi3T (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zamora-Caballero, S. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-108541GB-100 スペイン
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Antagonistic interactions between phage and host factors control arbitrium lysis-lysogeny decision.
著者: Zamora-Caballero, S. / Chmielowska, C. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Del Sol, F.G. / Mancheno-Bonillo, J. / Felipe-Ruiz, A. / Meijer, W.J.J. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2022年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YopN. Phi3T_93
B: YopN. Phi3T_93
C: Arbitrium putative lysogeny regulator
F: Arbitrium putative lysogeny regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4106
ポリマ－31,3114
非ポリマー992
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.438, 66.438, 85.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-211-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 YopN. Phi3T_93


分子量: 9768.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_93 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8CWW1
#2: タンパク質 Arbitrium putative lysogeny regulator


分子量: 5887.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_91 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8CWW2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes pH7.5, 10%PEG8000, 0.2M Calcium acetate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→85.14 Å / Num. obs: 11446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 51.3611068847 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.19→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1101 / CC1/2: 0.767

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
DIALSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.67 Å / SU ML: 0.2268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 603 5.28 %
Rwork0.2273 10825 -
obs0.2277 11412 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 2 38 1370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00871362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02171835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0605187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2259497
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3208 37 -
Rwork0.3569 2623 -
obs--99.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.309128674522.98720082957-4.183028657452.15336593257-2.868637847664.083694037430.126872658139-3.167753425110.1148078986152.655708879010.08186320361990.9905162725221.027439077751.31509552986-0.3610136792131.06258919992-0.02711397989080.05938843675891.154817814620.2642834227330.97202923705415.308684606815.690614640234.1396530747
26.573889948171.825047034290.1980022369736.91988136217-1.213100951214.39474802165-0.0403251596223-0.178545772051-0.5560914180960.596303238548-0.197207395993-0.02733121224770.179949471928-0.6391035548140.2381178008230.326385875905-0.007524630613390.04882981149660.4743571533183.7090570547E-50.50656328277317.79823892118.833700585317.5308141439
34.060747952952.857327192394.136229618848.91586260306-0.9086042842529.60383087194-0.375088892467-0.2191880568330.187035043136-0.371199507060.173742408674-0.718856562345-0.120449477809-0.8490147173620.2395011493940.319188123742-0.030536770934-0.01839866741240.5716397675620.04078863639430.58567879596626.973121357933.032746924612.2569190115
44.101886824445.905381268591.094628352629.76861349284-1.380052413156.682253555580.246647415154-0.0652530584802-1.078548502931.62553450751-0.799724478033-0.329947687668-0.316595667787-0.5997878384230.4259741594090.47522491682-0.0379426573024-0.08452750921420.764423748207-0.07314986480090.76329635279229.870268319633.73621126627.8035492556
54.92438211973.87689111285-3.926423482158.85042674703-2.847048207113.19715065697-0.493887777099-1.138395333040.0568222210189-0.0398712123254-0.318191818491-0.6807600176180.8564439743330.6093730167440.5858218803870.368471270590.0419156555172-0.06459589901960.669629630360.04350757750090.61542415555133.738472346425.959615084221.1665422076
61.65807828687-1.728587748842.065174180532.12905338753-2.637365327353.362763001120.835005138664-0.0323075841209-1.36630154539-2.391249550922.600447588450.7204126842121.58156127125-0.294175771903-3.190249142740.729104035852-0.132925736833-0.1429754767090.927252362931-0.07163993195341.5784669061132.274677068916.397336826517.0817021294
74.538559357241.616818684670.3591871044136.15893420771-2.654715335285.185643185140.255009676101-0.295151280337-1.12435922673-0.0593273916294-0.161259720946-0.138171948170.8563291585320.0758791023765-0.06448473433120.353615522928-0.0309840080831-0.07423827053360.4808132594370.02154019354540.65631904375524.087495481616.660362427722.2508385099
89.089910970583.801224037595.992535478238.349211184834.843281063158.95076644963-0.163600437003-0.1382118041370.605414986026-0.350073723929-0.0348720545561-0.367033695758-0.629117442416-0.6241066868620.1465778326210.2665397306130.04650043380190.05379944616810.4370599748880.001304145957430.5480029672713.181313089530.42064254619.99483955876
92.91430520451-1.189450304041.286654259755.59481241468-3.951911975232.89855403670.1272727237040.288494116799-1.31055466921-0.7376836418690.007776677701130.05774980404372.04487614291-0.192230737459-0.1499045556520.557523595541-0.07066873280940.007963709161040.403353477003-0.084750277660.688062011813.127036612114.84790986426.40347916798
102.22623100589-2.2578110593.198499701029.002568042180.673766884822.993465158150.100062096489-0.725472667911-1.06643581870.176128757748-0.05025377483580.6655823384310.43510959601-0.7638452134180.01872279624030.394662778681-0.02337568695190.06668543124770.7039576418920.05855972299610.6838194512857.8615967008121.782630492718.3467404961
115.38701014374.9079786929-1.832962529345.274295204540.9254843857919.050401318620.629924709852-1.679211611690.7429568665021.32982760125-0.6860900522121.14206614949-0.541800064302-0.484234438881-0.01060942032640.700572998048-0.09423176556850.1122651038480.9339973088030.006639142373380.63821314535817.965195882124.790747489331.5465615475
123.041470513791.89300172961-1.61836649875.614127165394.062681081576.922547885610.9883431430641.34735041308-1.01584669828-0.455093602645-0.4113730601270.1872724584310.1788241077330.216193792309-0.6281538008620.6660841008810.152134883413-0.2247706928280.6089522780740.1478193489030.90099303435922.658418958610.459803224313.3543429034
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 8 )AA2 - 81 - 7
22chain 'A' and (resid 9 through 26 )AA9 - 268 - 25
33chain 'A' and (resid 27 through 41 )AA27 - 4126 - 40
44chain 'A' and (resid 42 through 51 )AA42 - 5141 - 50
55chain 'A' and (resid 52 through 60 )AA52 - 6051 - 59
66chain 'A' and (resid 61 through 67 )AA61 - 6760 - 66
77chain 'B' and (resid 1 through 26 )BB1 - 261 - 26
88chain 'B' and (resid 27 through 44 )BB27 - 4427 - 44
99chain 'B' and (resid 45 through 51 )BB45 - 5145 - 51
1010chain 'B' and (resid 52 through 67 )BB52 - 6752 - 67
1111chain 'C' and (resid 9 through 22 )CE9 - 221 - 14
1212chain 'F' and (resid 10 through 22 )FF10 - 221 - 13

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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