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- PDB-8c8e: Crystal structure of phi3T_93 L23D mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c8e
タイトルCrystal structure of phi3T_93 L23D mutant
要素Phi3T YopN
キーワードVIRAL PROTEIN / arbitrium / quorum sensing
機能・相同性metal ion binding / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage phi3T (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zamora-Caballero, S. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-108541GB-100 スペイン
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Antagonistic interactions between phage and host factors control arbitrium lysis-lysogeny decision.
著者: Zamora-Caballero, S. / Chmielowska, C. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Del Sol, F.G. / Mancheno-Bonillo, J. / Felipe-Ruiz, A. / Meijer, W.J.J. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2023年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phi3T YopN
A: Phi3T YopN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5803
ポリマ－19,5402
非ポリマー401
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area7660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.890, 71.890, 68.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CA

21A-210-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phi3T YopN


分子量: 9769.981 Da / 分子数: 2 / 変異: L23D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi3T (ファージ) / 遺伝子: phi3T_93 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1P8CWW1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% w/vPEG 8000, 100mM HEPES Sodium Salt, 200mM calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射モノクロメーター: Channel-cut Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→62.26 Å / Num. obs: 10758 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.7 % / Biso Wilson estimate: 40.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 1.119 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 912 / CC1/2: 0.904 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459位相決定
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→62.26 Å / SU ML: 0.2578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.7112
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 536 5 %
Rwork0.2097 10189 -
obs0.2112 10725 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→62.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1120 0 1 28 1149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89191571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6901415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.420.28391320.27092499X-RAY DIFFRACTION99.85
2.42-2.770.31521240.2262518X-RAY DIFFRACTION99.92
2.77-3.490.24771190.2392549X-RAY DIFFRACTION99.89
3.49-62.260.21431610.18362623X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.88347191991-1.167218627211.781887813124.26974259049-3.235758440145.132797070550.0774452066655-1.17212491221-0.2945399149532.25657832910.2638681493410.993880321350.0213680106858-1.19205523704-0.3285642313461.25344989981-0.09138353741460.1846769778720.7847091041190.1818509003180.77737715203838.799516796215.007689983517.2307244759
25.348297847050.09566109576483.063153671950.924429802871-0.0007528597472149.064550089250.252578020846-0.295511352361-0.8643622154880.967248341769-0.00567159292768-0.6120709983690.08730781732480.534249743522-0.1021381451980.644275798189-0.122244143492-0.2012089971820.3409138774630.09003856857760.57709498212646.49749572866.558079938236.61890105458
37.40752738136-0.819242737927-0.5418329621194.087702844196.271006014749.68498435361-0.4360188095050.380551574383-0.341035966318-0.1115653634230.0599459124777-0.232739655365-0.103201306670.6190679379970.2996265470060.471755088893-0.1189345830440.03067521409120.3699570020530.07117797116790.39525335343146.19702188718.4039729784-6.50744428145
47.114038451761.63080544641-2.362554309057.630784518531.846002885717.24137060160.209434057071-1.00257534214-1.196294064850.0225165576021-0.283833310745-0.592196664175-0.09367940565710.7876262762090.04125583214850.362754145069-0.120098896788-0.03921961201990.4365710028640.07317299410840.48223033906549.698801361321.94005395664.12688918113
50.725920702007-0.9040597865212.168383937391.96408619074-3.279517770976.882065324830.343638489875-0.42041007874-0.6238854992670.2155709910850.262911385818-1.47902998651.79335178321.15747828056-0.2913957250061.307598815420.13676148572-0.7358812283570.7756340128580.1175681400491.7753681224256.8300203346.0387724288612.0791432303
62.446300388030.8325483024990.8184204869713.696687383991.679789815383.583204322560.434393097927-0.223254348426-0.623964552430.777725920498-0.168510678221-0.3278280752110.449701484394-0.0379047966965-0.2707937225490.521650684147-0.127187608564-0.1225355912390.3453601504240.06676707923130.4756183638141.89350137755.726710692272.76735075352
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 0 through 8 )CA0 - 81 - 9
22chain 'C' and (resid 9 through 26 )CA9 - 2610 - 27
33chain 'C' and (resid 27 through 44 )CA27 - 4428 - 45
44chain 'C' and (resid 45 through 67 )CA45 - 6746 - 68
55chain 'A' and (resid 0 through 8 )AB0 - 81 - 9
66chain 'A' and (resid 9 through 67 )AB9 - 6710 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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