+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8c8e | ||||||
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Title | Crystal structure of phi3T_93 L23D mutant | ||||||
Components | Phi3T YopN | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / arbitrium / quorum sensing | ||||||
Function / homology | metal ion binding / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus phage phi3T (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Zamora-Caballero, S. / Marina, A. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2024 Title: Antagonistic interactions between phage and host factors control arbitrium lysis-lysogeny decision. Authors: Zamora-Caballero, S. / Chmielowska, C. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Del Sol, F.G. / Mancheno-Bonillo, J. / Felipe-Ruiz, A. / Meijer, W.J.J. / Penades, J.R. / Marina, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8c8e.cif.gz | 85.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8c8e.ent.gz | 53.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8c8e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8c8e_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8c8e_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 8c8e_validation.xml.gz | 7.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8c8e_validation.cif.gz | 9.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/8c8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/8c8e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8antC 8anuC 8anvC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9769.981 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L23D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus phage phi3T (virus) / Gene: phi3T_93 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1P8CWW1 #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 18% w/vPEG 8000, 100mM HEPES Sodium Salt, 200mM calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2022 |
Radiation | Monochromator: Channel-cut Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.199→62.26 Å / Num. obs: 10758 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 16.7 % / Biso Wilson estimate: 40.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Redundancy: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 1.119 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 912 / CC1/2: 0.904 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→62.26 Å / SU ML: 0.2578 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.7112 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→62.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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