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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8anv | ||||||
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Title | Crystal structure of phi3T_93 and phi3T AimX complex | ||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN / Arbitrium / Phi3T / lysis-lysogeny decission | ||||||
Function / homology | Arc-type ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Uncharacterized protein / Arbitrium putative lysogeny regulator![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zamora-Caballero, S. / Marina, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Antagonistic interactions between phage and host factors control arbitrium lysis-lysogeny decision. Authors: Zamora-Caballero, S. / Chmielowska, C. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Del Sol, F.G. / Mancheno-Bonillo, J. / Felipe-Ruiz, A. / Meijer, W.J.J. / Penades, J.R. / Marina, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 99.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 63 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8antC ![]() 8anuC ![]() 8c8eC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 9768.052 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 5887.694 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-CA / | #4: Chemical | ChemComp-NI / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M Hepes pH7.5, 10%PEG8000, 0.2M Calcium acetate. |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→85.14 Å / Num. obs: 11446 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 51.3611068847 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1101 / CC1/2: 0.767 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→47.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.28 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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