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- PDB-8ano: Fucosylated mixed-chirality linear peptide FHP8 bound to the fuco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ano
タイトルFucosylated mixed-chirality linear peptide FHP8 bound to the fucose binding lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa at 1.3 Angstrom resolution.
要素
  • Fucose-binding lectin PA-IIL
  • Mixed-chirality fucosylated peptide FHP8
キーワードANTIBIOTIC / Antimicrobial peptide / alpha helix / mixed-chirality / fucose-biding lectin
機能・相同性Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding / Chem-ZDC / Fucose-binding lectin PA-IIL
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Personne, H. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.
資金援助European Union, スイス, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: To Fold or Not to Fold: Diastereomeric Optimization of an alpha-Helical Antimicrobial Peptide.
著者: Personne, H. / Paschoud, T. / Fulgencio, S. / Baeriswyl, S. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L.
履歴
登録2022年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin PA-IIL
B: Fucose-binding lectin PA-IIL
C: Fucose-binding lectin PA-IIL
D: Fucose-binding lectin PA-IIL
E: Mixed-chirality fucosylated peptide FHP8
H: Mixed-chirality fucosylated peptide FHP8
I: Mixed-chirality fucosylated peptide FHP8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,05619
ポリマ－50,9107
非ポリマー1,14512
水10,088560
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10560 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.805, 62.901, 64.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin PA-IIL


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lecB, PA3361 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5
#2: タンパク質・ペプチド Mixed-chirality fucosylated peptide FHP8


分子量: 1323.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000023 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000023 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.285→45.03 Å / Num. obs: 207392 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.22 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.08
反射 シェル解像度: 1.285→1.292 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 31662 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 92.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.14 Å45.03 Å
Translation6.14 Å45.03 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XOC

1xoc


解像度: 1.29→45.03 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 5310 5 %
Rwork0.1666 100865 -
obs0.1683 106175 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.76 Å2 / Biso mean: 19.4691 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.29→45.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 43 560 4123
Biso mean--21.29 29.06 -
残基数----482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.29-1.30.37241480.32612790293884
1.3-1.320.30121740.28873292346697
1.32-1.330.29031740.2613293346798
1.33-1.350.28581770.25123378355599
1.35-1.370.2941760.26363358353499
1.37-1.380.28921760.238533363512100
1.38-1.40.28861790.222233933572100
1.4-1.430.24221780.210333933571100
1.43-1.450.27131770.215733613538100
1.45-1.470.28421790.218333923571100
1.47-1.50.24461780.209733773555100
1.5-1.520.27371750.21293354352999
1.52-1.550.2181800.177634133593100
1.55-1.580.20251770.156633583535100
1.58-1.620.20161780.155833793557100
1.62-1.660.20131790.158734013580100
1.66-1.70.21321780.158533883566100
1.7-1.740.20591800.153834173597100
1.74-1.80.19261770.150533633540100
1.8-1.850.18821780.145833683546100
1.85-1.920.19831780.15583379355799
1.92-20.1991780.1533823560100
2-2.090.20491770.16313386356399
2.09-2.20.20021790.149234083587100
2.2-2.340.19271770.15193358353599
2.34-2.520.1761810.154534283609100
2.52-2.770.19791790.160934063585100
2.77-3.170.1761800.160634063586100
3.17-3.990.16811790.14453402358199
3.99-45.030.17631840.157335063690100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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