PDB-8ain: MCUGI SAUNG complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ain

タイトル

MCUGI SAUNG complex

要素

MCUGI
Uracil-DNA glycosylase

キーワード

PROTEIN BINDING / Ugi / Ung / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Macrococcus caseolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Muselmani, W. / Savva, R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: A Multimodal Approach towards Genomic Identification of Protein Inhibitors of Uracil-DNA Glycosylase.
著者: Muselmani, W. / Kashif-Khan, N. / Bagneris, C. / Santangelo, R. / Williams, M.A. / Savva, R.

履歴

登録	2022年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ain.cif.gz	141.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ain.ent.gz	107.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ain.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ain_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ain_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	8ain_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	8ain_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ain ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ain	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ailC 8aimC 3wdgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uracil-DNA glycosylase

B: MCUGI

ヘテロ分子

40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.522, 91.522, 158.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG 分子量: 26071.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ung, A6762_02745, C7P97_05245, CSC87_03540, CV021_15850, E3A28_05745, E3K14_03025, GO782_00930, GO788_12235, NCTC6133_00684, NCTC7878_01215, NCTC7972_01353, QU38_09915, SAMEA70245418_01578 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F0HLK2, uracil-DNA glycosylase
#2: タンパク質	MCUGI 分子量: 14146.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Macrococcus caseolyticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 M ammonium sulphate, 0.2 M sodium chloride, 9.55%(w/v) PEG 20.000, 0.1 M MES, at pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 289.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9198 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→45.8 Å / Num. obs: 11391 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 2.12
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 1470 / CC_1/2: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WDG

3wdg

解像度: 2.7→45.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 16.126 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.357 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2605	581	5.105 %
R_work	0.1981	10799	-
all	0.202	-	-
obs	-	11380	99.763 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.532 Å²	-0.766 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.532 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2645	0	9	17	2671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.586	1.642	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.21	1.578	5830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.537	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.35	23.611	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.829	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.465	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.827	4.714	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.78	4.713	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.858	7.055	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.861	7.058	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.062	5.152	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.049	5.145	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.311	7.554	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.309	7.543	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.198	53.621	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.197	53.646	3004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.358	40	0.268	796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.846	0.342	35	0.28	740	X-RAY DIFFRACTION	99.8711
2.846-2.929	0.332	42	0.269	737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.929-3.019	0.278	32	0.272	706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.019-3.118	0.291	42	0.279	701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.118-3.227	0.312	43	0.254	672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.349	0.348	41	0.217	640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.349-3.486	0.246	28	0.2	636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.486-3.64	0.309	29	0.182	619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.818	0.235	27	0.17	592	X-RAY DIFFRACTION	99.6779
3.818-4.024	0.243	25	0.165	558	X-RAY DIFFRACTION	99.8288
4.024-4.268	0.199	26	0.155	532	X-RAY DIFFRACTION	99.8211
4.268-4.563	0.212	27	0.133	500	X-RAY DIFFRACTION	99.8106
4.563-4.928	0.202	26	0.134	473	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.928-5.398	0.197	23	0.156	436	X-RAY DIFFRACTION	99.5662
5.398-6.034	0.411	20	0.228	395	X-RAY DIFFRACTION	99.7596
6.034-6.966	0.313	17	0.22	360	X-RAY DIFFRACTION	99.4723
6.966-8.527	0.172	26	0.171	302	X-RAY DIFFRACTION	99.3939
8.527-9.612	0.195	18	0.172	248	X-RAY DIFFRACTION	98.5185
9.612-10.722	0.382	14	0.307	156	X-RAY DIFFRACTION	94.9721

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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