PDB-8aim: Ugi-2 SAUNG complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aim

タイトル

Ugi-2 SAUNG complex

要素

Uracil-DNA glycosylase
Uracil-DNA glycosylase inhibitor

キーワード

PROTEIN BINDING / Ugi / Ung / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus phage vB_BpuM-BpSp (ファージ)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Muselmani, W. / Savva, R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: A Multimodal Approach towards Genomic Identification of Protein Inhibitors of Uracil-DNA Glycosylase.
著者: Muselmani, W. / Kashif-Khan, N. / Bagneris, C. / Santangelo, R. / Williams, M.A. / Savva, R.

履歴

登録	2022年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aim.cif.gz	243.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aim.ent.gz	193.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aim_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aim_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	8aim_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	8aim_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ailC 8ainC 1udiS 3wdgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Uracil-DNA glycosylase inhibitor

G: Uracil-DNA glycosylase inhibitor

A: Uracil-DNA glycosylase

E: Uracil-DNA glycosylase

73 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Uracil-DNA glycosylase inhibitor

A: Uracil-DNA glycosylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Uracil-DNA glycosylase inhibitor

E: Uracil-DNA glycosylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.652, 142.816, 82.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	G
3	2	A
4	2	E

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	SER	SER	B	A	3 - 88	3 - 88
2	2	1	LYS	LYS	SER	SER	G	B	3 - 88	3 - 88
3	3	2	MET	MET	CYS	CYS	A	C	1 - 214	1 - 214
4	4	2	MET	MET	CYS	CYS	E	D	1 - 214	1 - 214

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase inhibitor 分子量: 10427.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus phage vB_BpuM-BpSp (ファージ) 遺伝子: Bp8pS_259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A141HSF0
#2: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG 分子量: 26071.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ung, A6762_02745, C7P97_05245, CSC87_03540, CV021_15850, E3A28_05745, E3K14_03025, GO782_00930, GO788_12235, NCTC6133_00684, NCTC7878_01215, NCTC7972_01353, QU38_09915, SAMEA70245418_01578 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F0HLK2, uracil-DNA glycosylase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 70% v/v MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 289.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→52.92 Å / Num. obs: 25462 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 1.62
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 3052 / CC_1/2: 0.528

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WDG, 1UDI

3wdg

1udi

解像度: 2.6→52.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 13.686 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.564 / ESU R Free: 0.293 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	1215	4.772 %
R_work	0.202	24247	-
all	0.204	-	-
obs	-	25462	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.779 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→52.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4902	0	0	49	4951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.644	6822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.212	1.581	10800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.219	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.261	24.015	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.094	15	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.012	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.053	4.454	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.024	4.453	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.741	6.671	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.741	6.673	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.388	4.763	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.388	4.763	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.301	6.992	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.301	6.993	3820
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.231	49.524	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.233	49.528	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.142	0.05	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.099	0.05	6989

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14151	0.05008
1	2	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14151	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09859	0.05008
2	4	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09859	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.668	0.312	83	0.28	1766	X-RAY DIFFRACTION	99.892
2.668-2.741	0.314	104	0.313	1696	X-RAY DIFFRACTION	99.8336
2.741-2.82	0.403	95	0.294	1672	X-RAY DIFFRACTION	99.8305
2.82-2.907	0.356	82	0.306	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.002	0.34	73	0.285	1605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.002-3.107	0.27	67	0.246	1534	X-RAY DIFFRACTION	99.9376
3.107-3.224	0.241	69	0.208	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.224-3.356	0.281	77	0.217	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.356-3.505	0.234	72	0.196	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.505-3.676	0.241	64	0.192	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.676-3.874	0.239	83	0.176	1214	X-RAY DIFFRACTION	99.923
3.874-4.109	0.196	60	0.163	1196	X-RAY DIFFRACTION	99.9204
4.109-4.392	0.194	42	0.163	1132	X-RAY DIFFRACTION	100
4.392-4.743	0.155	38	0.15	1066	X-RAY DIFFRACTION	99.9095
4.743-5.195	0.173	51	0.15	968	X-RAY DIFFRACTION	100
5.195-5.806	0.226	42	0.176	872	X-RAY DIFFRACTION	100
5.806-6.7	0.228	38	0.184	788	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7-8.197	0.285	30	0.166	672	X-RAY DIFFRACTION	100
8-10	0.227	14	0.2	322	X-RAY DIFFRACTION	98.5337
8.197-11.552	0.23	31	0.142	529	X-RAY DIFFRACTION	99.6441

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