PDB-8ahh: PAC FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ahh

タイトル

PAC FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded fragments for hit discovery

要素

Serine/threonine-protein kinase PAK 4

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN KINASE / PAK4 / ATP-BINDING / TECHNOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOU GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.037 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Murray, J.B. / Hubbard, R.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: PAC-FragmentDEL - photoactivated covalent capture of DNA-encoded fragments for hit discovery.
著者: Ma, H. / Murray, J.B. / Luo, H. / Cheng, X. / Chen, Q. / Song, C. / Duan, C. / Tan, P. / Zhang, L. / Liu, J. / Morgan, B.A. / Li, J. / Wan, J. / Baker, L.M. / Finnie, W. / Guetzoyan, L. / ...

履歴

登録	2022年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ahh.cif.gz	133.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ahh.ent.gz	100.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ahh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ahh_validation.pdf.gz	698.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ahh_full_validation.pdf.gz	702 KB	表示
XML形式データ	8ahh_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8ahh_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aheC 8ahfC 8ahgC 8ahiC 2bvaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (8)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.897, 61.897, 180.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4 分子量: 33380.742 Da / 分子数: 1 / 変異: L310A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-M4X / 5-cyano-~{N}-methyl-pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carboxamide 分子量: 200.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.18 % / 解説: Prisms
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.8M Na/K tartrate 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日
放射	モノクロメーター: Laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.037→58.589 Å / Num. obs: 20091 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 26 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 2.037→2.173 Å / 冗長度: 26.3 % / R_merge(I) obs: 2.747 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1005 / CC_1/2: 0.699 / R_pim(I) all: 0.542 / R_rim(I) all: 2.801 / % possible all: 52.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	Fe5 5, 2021	データ削減
Aimless	V0.7.7	データスケーリング
Coot	0.9.8	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BVA

2bva

解像度: 2.037→58.539 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.665 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2501	1017	5.062 %
R_work	0.1842	19074	-
all	0.188	-	-
obs	-	20091	86.065 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.888 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.102 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.102 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.204 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.037→58.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2312	0	15	147	2474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.637	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.507	1.551	5238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.923	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.368	10	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.338	10	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.447	10	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.354	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.553	5.032	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.55	5.032	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.7	7.538	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.699	7.542	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.674	5.484	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.672	5.483	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.544	8.05	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.542	8.05	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.542	101.496	11418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.549	101.207	11341

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.037-2.089	0.273	4	0.284	107	0.284	1684	0.941	0.943	6.5914	0.289
2.089-2.147	0.295	29	0.27	478	0.271	1637	0.934	0.948	30.9713	0.271
2.147-2.209	0.27	52	0.25	1056	0.251	1608	0.935	0.953	68.9055	0.244
2.209-2.277	0.305	70	0.251	1432	0.253	1551	0.925	0.952	96.8407	0.244
2.277-2.351	0.376	73	0.253	1422	0.259	1495	0.924	0.955	100	0.237
2.351-2.433	0.32	76	0.247	1398	0.251	1474	0.928	0.959	100	0.229
2.433-2.525	0.352	70	0.228	1330	0.235	1400	0.928	0.965	100	0.206
2.525-2.628	0.301	65	0.221	1307	0.225	1372	0.946	0.971	100	0.194
2.628-2.745	0.269	66	0.21	1244	0.213	1310	0.968	0.974	100	0.181
2.745-2.878	0.278	65	0.221	1192	0.224	1257	0.95	0.97	100	0.194
2.878-3.034	0.27	66	0.224	1149	0.227	1215	0.954	0.969	100	0.199
3.034-3.217	0.273	58	0.214	1084	0.217	1142	0.954	0.971	100	0.193
3.217-3.438	0.277	54	0.202	1036	0.205	1090	0.948	0.975	100	0.19
3.438-3.713	0.281	43	0.193	956	0.197	999	0.952	0.978	100	0.186
3.713-4.066	0.211	39	0.17	906	0.171	945	0.973	0.983	100	0.165
4.066-4.543	0.181	45	0.13	811	0.133	856	0.982	0.99	100	0.132
4.543-5.24	0.184	42	0.128	721	0.131	764	0.981	0.99	99.8691	0.133
5.24-6.405	0.308	44	0.164	622	0.172	666	0.959	0.986	100	0.168
6.405-9.005	0.207	33	0.152	506	0.155	539	0.984	0.988	100	0.166
9.005-58.539	0.21	23	0.17	316	0.173	339	0.962	0.98	100	0.207

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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