PDB-8ahe: PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ahe

タイトル

PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded fragments for hit discovery

要素

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / INHIBITOR / COMPLEX / EPIMERASE / TECHNOLOGY

機能・相同性

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding / ~{N},5-dimethyl-1-phenyl-pyrazole-4-sulfonamide / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.108 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Murray, J.B. / Hubbard, R.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: PAC-FragmentDEL - photoactivated covalent capture of DNA-encoded fragments for hit discovery.
著者: Ma, H. / Murray, J.B. / Luo, H. / Cheng, X. / Chen, Q. / Song, C. / Duan, C. / Tan, P. / Zhang, L. / Liu, J. / Morgan, B.A. / Li, J. / Wan, J. / Baker, L.M. / Finnie, W. / Guetzoyan, L. / ...

履歴

登録	2022年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ahe.cif.gz	300.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ahe.ent.gz	238.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ahe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ahe_validation.pdf.gz	1003.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ahe_full_validation.pdf.gz	1008.5 KB	表示
XML形式データ	8ahe_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	8ahe_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ahfC 8ahgC 8ahhC 8ahiC 3beoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.119, 109.119, 136.207
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-518- HOH
2	1	B-594- HOH

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase 分子量: 42062.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: GBAA_5509 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: A0A348ACF3, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-M2U / ~{N},5-dimethyl-1-phenyl-pyrazole-4-sulfonamide 分子量: 251.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.02 % / 解説: Needles
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 50 mM BIS-TRIS pH 5.6 28% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射	モノクロメーター: Laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.108→85.161 Å / Num. obs: 39374 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 26.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.216 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.108→2.285 Å / 冗長度: 25.5 % / R_merge(I) obs: 2.657 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1970 / CC_1/2: 0.582 / % possible all: 58.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
Aimless	V0.7.7	データスケーリング
REFMAC	5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BEO

3beo

解像度: 2.108→85.161 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 7.143 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	1989	5.052 %
R_work	0.1844	37385	-
all	0.187	-	-
obs	-	39374	81.906 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.579 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.005 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.108→85.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5779	0	64	229	6072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.645	8058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.561	1.556	12931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.712	5	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.328	10	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.356	10	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.429	10	261
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.089	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.046	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.108	4.397	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.108	4.397	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.614	6.6	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.614	6.6	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.192	5.075	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.026	5.046	2968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.727	7.339	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.505	7.294	4339
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.791	88.086	25111
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.774	88.11	25002

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.108-2.163	0.404	14	0.331	228	0.336	3498	0.914	0.891	6.9182	0.326
2.163-2.222	0.272	27	0.261	537	0.261	3393	0.956	0.94	16.6225	0.259
2.222-2.287	0.341	65	0.279	1134	0.283	3325	0.905	0.943	36.0602	0.278
2.287-2.357	0.306	138	0.278	2604	0.28	3216	0.937	0.946	85.2612	0.274
2.357-2.434	0.287	146	0.247	2982	0.249	3128	0.941	0.961	100	0.238
2.434-2.519	0.285	153	0.223	2889	0.226	3042	0.945	0.968	100	0.207
2.519-2.614	0.268	144	0.207	2787	0.211	2931	0.956	0.971	100	0.189
2.614-2.721	0.241	131	0.194	2681	0.196	2812	0.958	0.974	100	0.173
2.721-2.842	0.269	137	0.195	2572	0.199	2709	0.952	0.975	100	0.171
2.842-2.981	0.254	134	0.19	2468	0.193	2602	0.957	0.976	100	0.164
2.981-3.142	0.25	136	0.192	2341	0.195	2477	0.957	0.976	100	0.168
3.142-3.332	0.274	103	0.185	2265	0.188	2368	0.954	0.98	100	0.168
3.332-3.561	0.234	110	0.183	2095	0.185	2205	0.966	0.981	100	0.168
3.561-3.846	0.223	116	0.179	1951	0.181	2067	0.97	0.983	100	0.165
3.846-4.213	0.204	112	0.159	1818	0.161	1930	0.974	0.985	100	0.149
4.213-4.708	0.191	79	0.137	1665	0.139	1744	0.972	0.989	100	0.133
4.708-5.434	0.191	90	0.153	1473	0.155	1563	0.98	0.987	100	0.147
5.434-6.648	0.249	68	0.199	1270	0.201	1338	0.967	0.978	100	0.186
6.648-9.374	0.196	54	0.162	1010	0.163	1064	0.98	0.984	100	0.167
9.374-85.161	0.228	32	0.201	615	0.202	648	0.967	0.963	99.8457	0.215

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