PDB-8agk: Botulinum neurotoxin subtype A6 cell binding domain in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agk

タイトル

Botulinum neurotoxin subtype A6 cell binding domain in complex with GD1a ganglioside

要素

Bont/A1

キーワード

TOXIN / Botulism / ganglioside / botulinum neurotoxin / cell binding domain / complex / subtype

機能・相同性

機能・相同性情報

protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum str. Iwanei E (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Gregory, K.S. / Acharya, K.R. / Liu, S.M. / Newell, A.R. / Mojanaga, O.O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of the Clostridium botulinum Neurotoxin A6 Cell Binding Domain Alone and in Complex with GD1a Reveal Significant Conformational Flexibility.
著者: Gregory, K.S. / Newell, A.R. / Mojanaga, O.O. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agk.cif.gz	114.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8alpC 6twoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bont/A1

ヘテロ分子

52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.307, 83.636, 58.313
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.659, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A

分子量: 50681.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum str. Iwanei E (ボツリヌス菌)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9WWY7

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4DGalpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→57.65 Å / Num. obs: 67218 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 3357 / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 2.241 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TWO

6two

解像度: 1.5→57.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.207 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2365	3343	4.978 %	0.05
R_work	0.2033	63813	-	-
all	0.205	-	-	-
obs	-	67156	99.949 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.134 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.885 Å²	-0 Å²	0.47 Å²
2-	-	-0.714 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.391 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→57.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3402	0	114	197	3713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.655	4855
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.342	1.602	7904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.632	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.803	23.553	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.755	15	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.768	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.195	2.538	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.188	2.536	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.181	3.787	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.181	3.791	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.287	3.032	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.287	3.032	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.004	4.367	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.003	4.368	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.378	30.202	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.358	30.073	3881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.443	237	0.424	4758	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.539-1.581	0.388	229	0.386	4588	X-RAY DIFFRACTION	99.9585
1.581-1.627	0.389	254	0.377	4387	X-RAY DIFFRACTION	99.8924
1.627-1.677	0.364	233	0.335	4324	X-RAY DIFFRACTION	99.9123
1.677-1.732	0.339	209	0.316	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.9547
1.732-1.793	0.294	186	0.291	4111	X-RAY DIFFRACTION	99.8606
1.793-1.86	0.296	205	0.264	3903	X-RAY DIFFRACTION	99.9027
1.86-1.936	0.255	183	0.228	3806	X-RAY DIFFRACTION	99.8998
1.936-2.022	0.219	188	0.2	3620	X-RAY DIFFRACTION	99.9475
2.022-2.121	0.219	161	0.18	3489	X-RAY DIFFRACTION	99.9726
2.121-2.235	0.225	168	0.181	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.971
2.235-2.371	0.198	178	0.178	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.371-2.534	0.25	186	0.183	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.736	0.248	149	0.185	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.736-2.997	0.221	117	0.182	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.997-3.35	0.226	147	0.167	2255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.866	0.201	100	0.157	2014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.866-4.729	0.16	101	0.14	1712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.729-6.665	0.222	67	0.174	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
6.665-57.65	0.207	45	0.177	753	X-RAY DIFFRACTION	99.75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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