PDB-8alp: Botulinum neurotoxin A6 cell binding domain crystal form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8alp

タイトル

Botulinum neurotoxin A6 cell binding domain crystal form II

要素

Bont/A1

キーワード

TOXIN / Botulinum neurotoxin / cell binding domain / hinge motion

機能・相同性

機能・相同性情報

protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Gregory, K.S. / Acharya, K.R. / Liu, S.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Crystal Structures of the Clostridium botulinum Neurotoxin A6 Cell Binding Domain Alone and in Complex with GD1a Reveal Significant Conformational Flexibility.
著者: Gregory, K.S. / Newell, A.R. / Mojanaga, O.O. / Liu, S.M. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8alp.cif.gz	102.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8alp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8alp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/8alp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/8alp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agkC 6twoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Bont/A1

ヘテロ分子

51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.554, 78.938, 118.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A 分子量: 50681.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C9WWY7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.63 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M MES pH 6.5, 12% w/v of 50% PEG smear medium (4.55% v/v PEG 400, 4.55% v/v PEG 500 MME, 4.55% v/v PEG 600, 4.55% w/v PEG 1000, 4.55% w/v PEG 2000, 4. ...詳細: 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M MES pH 6.5, 12% w/v of 50% PEG smear medium (4.55% v/v PEG 400, 4.55% v/v PEG 500 MME, 4.55% v/v PEG 600, 4.55% w/v PEG 1000, 4.55% w/v PEG 2000, 4.55% w/v PEG 3350, 4.55% w/v PEG 4000, 4.55% w/v PEG 5000 MME, 4.55% w/v PEG 6000, 4.55% w/v PEG 8000, 4.55% w/v PEG 10000)

結晶

マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.63 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M MES pH 6.5, 12% w/v of 50% PEG smear medium (4.55% v/v PEG 400, 4.55% v/v PEG 500 MME, 4.55% v/v PEG 600, 4.55% w/v PEG 1000, 4.55% w/v PEG 2000, 4. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→118.55 Å / Num. obs: 60147 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / R_merge(I) obs: 5.68 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2894 / CC_1/2: 0.33 / R_pim(I) all: 1.125 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TWO

6two

解像度: 1.5→65.705 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.286 / WR_factor R_work: 0.246 / SU B: 2.573 / SU ML: 0.091 / Average fsc free: 0.8076 / Average fsc work: 0.8164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2893	2990	4.979 %
R_work	0.2484	57057	-
all	0.251	-	-
obs	-	60047	99.432 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.442 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.803 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.362 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→65.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3127	0	35	124	3286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.636	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.355	1.588	7180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.584	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.242	23.39	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.951	15	594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	2.91	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.978	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.131	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.331	3.599	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.331	3.599	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.562	5.375	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.561	5.375	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.911	4.107	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.91	4.108	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.947	5.972	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.946	5.973	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.219	42.898	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.203	42.855	3520

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.358	198	0.37	4117	0.369	4404	0.462	0.462	97.9791	0.369
1.539-1.581	0.346	222	0.341	4055	0.341	4345	0.543	0.553	98.435	0.336
1.581-1.627	0.322	217	0.321	3885	0.321	4109	0.655	0.659	99.8296	0.313
1.627-1.677	0.355	191	0.309	3834	0.311	4081	0.693	0.716	98.6278	0.294
1.677-1.732	0.325	202	0.291	3715	0.293	3959	0.808	0.809	98.9391	0.27
1.732-1.793	0.31	175	0.254	3602	0.257	3787	0.847	0.868	99.7359	0.23
1.793-1.86	0.287	172	0.242	3481	0.244	3673	0.888	0.891	99.4555	0.217
1.86-1.936	0.281	183	0.233	3360	0.236	3562	0.883	0.905	99.4666	0.209
1.936-2.022	0.253	181	0.22	3200	0.222	3394	0.907	0.922	99.617	0.2
2.022-2.121	0.271	155	0.218	3108	0.22	3271	0.91	0.922	99.7554	0.2
2.121-2.235	0.249	169	0.209	2965	0.211	3140	0.928	0.932	99.8089	0.195
2.235-2.371	0.243	131	0.213	2805	0.214	2938	0.927	0.936	99.9319	0.199
2.371-2.534	0.278	137	0.231	2656	0.234	2794	0.905	0.917	99.9642	0.218
2.534-2.737	0.27	135	0.231	2468	0.233	2603	0.913	0.917	100	0.221
2.737-2.998	0.26	131	0.235	2267	0.236	2398	0.923	0.926	100	0.23
2.998-3.351	0.277	90	0.243	2098	0.244	2188	0.904	0.912	100	0.245
3.351-3.867	0.274	112	0.231	1842	0.234	1954	0.913	0.921	100	0.243
3.867-4.732	0.305	88	0.241	1580	0.244	1668	0.886	0.916	100	0.265
4.732-6.675	0.361	64	0.296	1267	0.299	1331	0.863	0.887	100	0.327
6.675-65.705	0.307	37	0.296	753	0.297	792	0.901	0.894	99.7475	0.349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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