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万見
- PDB-8agg: Structure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8agg
タイトルStructure of the Legionella phosphocholine hydrolase Lem3
要素Phosphocholine hydrolase Lem3
キーワードHYDROLASE / Bacterial effector / dephosphocholinase / Legionella pneumophila
機能・相同性phosphocholine hydrolase activity / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / extracellular region / Phosphocholine hydrolase Lem3
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kaspers, M.S. / Itzen, A. / Pogenberg, V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Dephosphocholination by Legionella effector Lem3 functions through remodelling of the switch II region of Rab1b.
著者: Kaspers, M.S. / Pogenberg, V. / Pett, C. / Ernst, S. / Ecker, F. / Ochtrop, P. / Groll, M. / Hedberg, C. / Itzen, A.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocholine hydrolase Lem3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0452
ポリマ－65,0211
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.022, 78.022, 382.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Phosphocholine hydrolase Lem3 / Dephosphocholinase Lem3


分子量: 65020.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lem3, lpg0696 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL
参照: UniProt: Q5ZXN5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: MES 0.1M pH 5, PEG6000 5%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→67.57 Å / Num. obs: 8684 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 24.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1709 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.94 Å / 冗長度: 24.6 % / Rmerge(I) obs: 1.076 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2009 / CC1/2: 0.673 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9モデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Lem3_apo

解像度: 3.6→66.54 Å / SU ML: 0.5653 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.4503
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2988 409 4.71 %
Rwork0.2626 8266 -
obs0.2643 8675 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 171.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→66.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3842 0 1 0 3843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00143900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.37645263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0378613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.40551443
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-4.120.3721300.29292669X-RAY DIFFRACTION99.26
4.12-5.190.35071450.26822697X-RAY DIFFRACTION99.09
5.19-66.540.25151340.25232900X-RAY DIFFRACTION97.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28775149814-0.880238754541.801244412593.9288091671-2.342874989884.0614873804-0.0643677719720.240760738173-0.329829886703-0.0002238822136290.294503704816-0.0299100041027-0.2221160621160.1143706548896.94730583746E-51.29482595671-0.01895070915890.08898580790471.475450990490.5001969330711.66537287175.29215333084-27.0372174407-1.73328433371
20.6840154320310.0591680273001-0.5473809750860.530194487602-0.2893084798370.489262135766-0.4002212987310.371623488393-0.9948354263240.151481787884-0.0873812078040.4275096215660.996620300425-0.444258127628-0.159166984161.979120021270.2027677957280.1331322142941.56080717780.904777378642.919522515286.20145507639-65.871583901925.3958380805
30.4623260191530.08515340958530.1517547821870.06537427239-0.1080387163170.173923902362-0.3344977217950.496470198063-0.989144078679-0.00725803035542-0.5951183165240.4145065241551.264795860290.15810739367-0.008170373536261.986138583620.146293535821-0.1068911164921.503887209520.5619504866942.357140521314.4127320608-70.361055727828.8404012125
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 468 )19 - 4681 - 416
22chain 'A' and (resid 469 through 508 )469 - 508417 - 449
33chain 'A' and (resid 509 through 565 )509 - 565450 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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