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- PDB-8ag3: Vaccinia C16 N-terminal domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ag3
タイトルVaccinia C16 N-terminal domains
要素Protein C10
キーワードVIRAL PROTEIN / C16 vaccinia virus protein Ku70/Ku80 DNA binding inhibition
機能・相同性Poxvirus C4/C10 / Poxvirus C4/C10 protein / Protein C10
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Rivera-Calzada, A. / Arribas-Bosacoma, R. / Pearl, L.H. / Llorca, O.
資金援助 スペイン, 英国, 6件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)AEI/10.13039/501100011033 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-114429RB-I00 スペイン
Autonomous Community of MadridY2018/BIO-4747 スペイン
Autonomous Community of MadridP2018/NMT-4443 スペイン
Cancer Research UKC302/A14532 英国
Cancer Research UKC302/A24386 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the inactivation of cytosolic DNA sensing by the vaccinia virus.
著者: Angel Rivera-Calzada / Raquel Arribas-Bosacoma / Alba Ruiz-Ramos / Paloma Escudero-Bravo / Jasminka Boskovic / Rafael Fernandez-Leiro / Antony W Oliver / Laurence H Pearl / Oscar Llorca /
要旨: Detection of cytosolic DNA is a central element of the innate immunity system against viral infection. The Ku heterodimer, a component of the NHEJ pathway of DNA repair in the nucleus, functions as ...Detection of cytosolic DNA is a central element of the innate immunity system against viral infection. The Ku heterodimer, a component of the NHEJ pathway of DNA repair in the nucleus, functions as DNA sensor that detects dsDNA of viruses that replicate in the cytoplasm. Vaccinia virus expresses two proteins, C4 and C16, that inactivate DNA sensing and enhance virulence. The structural basis for this is unknown. Here we determine the structure of the C16 - Ku complex using cryoEM. Ku binds dsDNA by a preformed ring but C16 sterically blocks this access route, abrogating binding to a dsDNA end and its insertion into DNA-PK, thereby averting signalling into the downstream innate immunity system. C4 replicates these activities using a domain with 54% identity to C16. Our results reveal how vaccinia virus subverts the capacity of Ku to recognize viral DNA.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Protein C10
D: Protein C10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9532
ポリマ－84,9532
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein C10


分子量: 42476.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR010, C10L, VACWR209 / プラスミド: pET-52b(+)
詳細 (発現宿主): Original plasmid modified so MCS contains TEV-TwinStrep
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta2(DE3) / 参照: UniProt: P03296

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C16 N-terminal domains in the C16-Ku70/Ku80 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.230 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 株: Western Reserve
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rossetta2(DE3) / プラスミド: Modified pET-52b(+)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES-KOHHEPES-KOH1
2250 mMNaClNaCl1
31 mMEDTAEDTA1
40.5 mMTCEPTCEP1
50.5 mMPMSFPMSF1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 13216
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFIND4.1CTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11RELION初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
13RELION分類
14cryoSPARC分類
15RELION３次元再構成
16PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 12495814
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81353 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Initial model for chains C and D was generated using AlphaFold2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0022676
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5613610
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.263350
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043412
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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