[日本語] English
万見
- PDB-8afr: Pim1 in complex with 4-((6-hydroxybenzofuran-3-yl)methyl)benzoic ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8afr
タイトルPim1 in complex with 4-((6-hydroxybenzofuran-3-yl)methyl)benzoic acid and Pimtide
要素
  • Pimtide
  • Serine/threonine-protein kinase pim-1
キーワードTRANSFERASE / SERINE KINASE / KINASE / COMPLEX / PIM1 / PIM / PIM-1 / INHIBITOR / TUMORIGENISIS / CANCER / PIMTIDE / PROTO ONCOGEN / ATP / PHOSPHORYLATION / APOPTOSIS / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of cardioblast proliferation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cellular detoxification / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-((6-hydroxybenzofuran-3-yl)methyl)benzoic acid / Serine/threonine-protein kinase pim-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hochban, P.M.M. / Heine, A. / Diederich, W.E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Pose, duplicate, then elaborate: Steps towards increased affinity for inhibitors targeting the specificity surface of the Pim-1 kinase.
著者: Heyder, L. / Hochban, P.M.M. / Taylor, C. / Chevillard, F. / Siefker, C. / Iking, C. / Borchardt, H. / Aigner, A. / Klebe, G. / Heine, A. / Kolb, P. / Diederich, W.E.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase pim-1
C: Pimtide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2173
ポリマ－36,9492
非ポリマー2681
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.437, 96.437, 80.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase pim-1


分子量: 35356.141 Da / 分子数: 1 / 変異: R250G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / プラスミド: pLIC-SGC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Pimtide


分子量: 1592.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-M0F / 4-((6-hydroxybenzofuran-3-yl)methyl)benzoic acid


分子量: 268.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM bis-tris-propane (pH7.0), 10 % ethylene glycol, 0.3% DMSO, 20% PEG3350, 200 mM LiCl
PH範囲: 6.8 - 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日 / 詳細: Sagitally bended Si111-crystal
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.22 Å / Num. obs: 22836 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 40.22 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 32.97
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.12 / Num. unique obs: 3583 / CC1/2: 0.963 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
MxCuBEデータ収集
XDS1.02データ削減
XDS1.02データスケーリング
Coot0.7.1モデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NDT

5ndt


解像度: 2.15→48.22 Å / SU ML: 0.1586 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.9775 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1909 1142 5.01 %
Rwork0.1642 21671 -
obs0.1655 22813 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 20 111 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62583079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.03881344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.250.2391380.19392614X-RAY DIFFRACTION94.8
2.25-2.360.22171420.17322692X-RAY DIFFRACTION98.16
2.36-2.510.23651420.17632699X-RAY DIFFRACTION98.71
2.51-2.710.22661430.17862715X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.980.18271420.17212707X-RAY DIFFRACTION97.54
2.98-3.410.23431440.1752729X-RAY DIFFRACTION99.38
3.41-4.290.17061440.15282728X-RAY DIFFRACTION98.56
4.29-48.220.16471470.15562787X-RAY DIFFRACTION99.02
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12398953359-0.1598230889920.1061643994021.231925404370.4941091118092.3594213250.0437419428461-0.0207630008229-0.04000323675690.1538709933810.03341425540880.01435121030450.00421048211495-0.1384668935553.74675930375E-60.25626403221-0.0196795732167-0.01375007390050.3295286630240.01510273209070.28787215031598.1102689414210.7660140221.97293208167
20.4287149447390.216139799706-0.3039673375170.125817498651-0.1602865576870.2477535959110.451856641596-0.291116558768-0.2968657486490.575089816214-0.161778898304-0.1004573920670.4302699161890.06165148126390.01992326380780.6464448654040.110302592955-0.129610653640.5348701043450.03868886059610.446013093121104.835391483202.07843226213.6390147187
30.3644042825940.286835668023-0.03553113639320.7005828281390.3099036624531.352567178440.3633140635990.255293950556-0.0674220076724-0.227314160136-0.33456978777-0.1512459958740.613890092640.7261653433520.0420665421850.3535419968780.0769132010039-0.03446047230540.6639112098320.03154937969760.547004818683124.126008513198.475095505-4.71558316109
40.2515242561340.05041257751130.1378689237560.172122425021-0.008060680132050.1097277722780.1190736837180.5606258589460.116886811172-0.4935989310930.08163364335050.097406611744-0.07825240947330.2797419422220.01175459084610.3753571189850.05952885654770.001862320769710.465178054389-0.1304701529010.476041180975109.287031426199.459220568-11.7050762271
50.78533068353-0.526667121602-0.3727814282830.61537655246-0.241773903171.086866276120.110420477327-0.2704707137070.04089498441480.01788439864230.124811883005-0.3466211612940.03868355513570.7237469267140.07705237051470.3324081831460.0403270473265-0.05960959844590.526001066742-0.03757326760010.409171408368115.82968742204.59677038-0.155700843015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 141 through 305 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 2 through 10 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 73 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 105 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 106 through 140 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る