PDB-8af8: Room temperature SSX crystal structure of CTX-M-14 (5K dataset)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8af8

タイトル

Room temperature SSX crystal structure of CTX-M-14 (5K dataset)

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase / serial crystallography / SSX / TapeDrive

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Oberthuer, D. / Perbandt, M. / Prester, A. / Rohde, H. / Betzel, C. / Yefanov, O.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Rapid and efficient room-temperature serial synchrotron crystallography using the CFEL TapeDrive.
著者: Zielinski, K.A. / Prester, A. / Andaleeb, H. / Bui, S. / Yefanov, O. / Catapano, L. / Henkel, A. / Wiedorn, M.O. / Lorbeer, O. / Crosas, E. / Meyer, J. / Mariani, V. / Domaracky, M. / White, ...

履歴

登録	2022年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8af8.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8af8.ent.gz	131.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8af8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8af8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8af8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qarC 7zpvC 7zq0C 8af4C 8af5C 8af6C 8af7C 6gthS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.160, 42.160, 234.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27787.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: blaCTX-M-14, bla_2, SAMEA3512100_05103, SAMEA3727679_05436 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7BGE9, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.5 詳細: CTX-M-14 was produced, purified and crystallized as before, with a slight modification in crystallization conditions to obtain slightly bigger crystals which roughly match the X-ray focal ...詳細: CTX-M-14 was produced, purified and crystallized as before, with a slight modification in crystallization conditions to obtain slightly bigger crystals which roughly match the X-ray focal spot. For this purpose, a 50% CTX-M-14 solution (22 mg/ml) was mixed with a 45% precipitant solution (40% PEG8000, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 4.5) and with a 5% undiluted seed stock in batch crystallization setups, resulting in crystals with a homogeneous size distribution of 11-15 um after 90 minutes. The crystals were centrifuged at 200xg for 5 min and the supernatant was replaced with a stabilization buffer (28% PEG8000, 140 mM lithium sulfate, 70 mM sodium acetate, pH 4.5) to stop further crystal growth.

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.15 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.5
詳細: CTX-M-14 was produced, purified and crystallized as before, with a slight modification in crystallization conditions to obtain slightly bigger crystals which roughly match the X-ray focal ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→17.77 Å / Num. obs: 36495 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 149 % / B_iso Wilson estimate: 23.14 Å² / CC_1/2: 0.907 / CC star: 0.975 / R split: 0.23 / Net I/σ(I): 3.75
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 3514 / CC_1/2: 0.262 / CC star: 0.644 / R split: 1.7
Serial crystallography sample delivery	解説: TapeDrive / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	解説: TapeDrive / Flow rate: 1 µL/min / Injector diameter: 180 µm
Serial crystallography data reduction	Frames total: 5000 / Lattices indexed: 5109

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GTH

6gth

解像度: 1.55→14.98 Å / SU ML: 0.2082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0439
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1988	765	2.1 %
R_work	0.1758	35697	-
obs	0.1763	36462	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→14.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1940	0	15	209	2164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0113	2048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1761	2801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0604	328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	370
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9532	295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.67	0.3295	150	0.3527	6968	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.67-1.84	0.2878	150	0.2823	7026	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-2.1	0.2198	153	0.189	7054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.65	0.1843	151	0.1681	7166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-14.98	0.1756	161	0.1466	7483	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1969295884	-1.32796157054	-0.184580644887	4.84233317419	1.11809874604	5.22616676242	-0.00321170641422	-0.0489208960827	0.229526972155	-0.087596580141	0.101540152165	-0.656175024091	-0.283130364776	0.945382625314	-0.0838702918593	0.245356129856	-0.0745894407675	0.00181416090188	0.371973628591	-0.0080670224088	0.285808029498	13.3444976942	13.4110618791	4.0747807324
2	2.41952831339	-0.591911664503	0.260229213836	2.07723616852	0.137498494918	1.18686887945	-0.0825965207253	0.174527997138	-0.0611763967791	-0.222736174337	-0.0956601576944	-0.435647574231	0.108558700657	0.522354420815	0.0712592332042	0.259733643912	0.0727902340844	0.0807576950058	0.382093435468	0.0454960920427	0.332916357526	14.9171302824	5.80859886621	11.9875220936
3	6.95359144546	-3.72590696246	1.02425986256	5.87358933111	-0.101572075632	3.95323135531	-0.0711427852663	0.215192673758	0.128361076954	0.172358018966	-0.220833089064	-1.10496315785	-0.288352896549	1.03089063794	0.178770028847	0.262108093836	-0.0421627007918	0.00937212054292	0.427465108324	0.0474996780351	0.371610772252	18.7145215087	8.32435232892	13.4156673368
4	0.251497813274	-0.541451597269	-0.0247546999335	2.67165579518	-1.03738244052	2.08379755842	-0.000674544915823	-0.0406175716218	-0.0859313778204	0.00992764147611	-0.0367168939297	0.00309436264536	0.218461655161	0.321661146298	-0.0213803375877	0.209879662987	0.0462422800794	-0.00991269813337	0.197319683911	-0.00201249941548	0.196524116176	7.78971091521	-1.99836903762	26.6726064221
5	2.9282292834	-1.08725260228	2.94084854795	2.05422387613	-0.199753566869	4.63768279165	0.00941663508837	-0.577041263912	-0.714910132824	0.889658781238	0.717247340526	-0.19698803862	0.411576891485	0.256736137698	-0.0366775796483	0.663005753794	0.201503087013	-0.0705356445173	0.309109584791	-0.00940749422871	0.37903765628	7.13536988367	-19.0281575879	35.6080349517
6	3.01535154685	-2.81489442782	3.85418705979	4.86029537543	-3.03410642802	5.07438625546	-0.396735770819	-0.856788178031	-0.169451838917	0.555485119556	0.338995773267	0.0586716975878	0.571834428089	-0.488779526879	0.197872806411	0.425096130598	-0.033547767336	0.00300280430955	0.272696066812	0.0619979325858	0.370545295545	-7.29439258066	-15.8820542709	33.5475886868
7	1.42021981624	0.704182098027	-0.796933725702	2.89566708659	-0.90388755542	2.46781039324	-0.0937007230268	0.235167528213	0.0926447388757	-0.402507002546	0.378562460799	0.676565685689	0.437947351539	-0.598043608641	-0.266676512988	0.377486508054	-0.0753365341461	-0.0724307037327	0.327069210276	0.0241020888526	0.393837956936	-12.0396625122	-10.8920621935	24.6410640458
8	1.1953435748	0.182471963298	-0.471889382237	2.11957106885	-1.29811809393	1.989794628	-0.0326747376699	-0.0583596979648	-0.0372355411865	-0.236691470533	0.175178233602	0.0631819126955	0.733687614377	-0.0254194026853	-0.115752439811	0.469501077711	-0.0109064578971	-0.0371850893987	0.178371334265	0.00347100581069	0.280677009641	-1.59896966496	-13.7714115517	24.3181622565
9	2.6373677297	0.0463624216532	0.887004133809	2.02614702715	0.136244251716	3.88467109379	0.0412513247746	0.0676189400015	-0.082253501744	0.00515049244127	0.154585329084	0.148177751825	0.17207324101	-0.206549329981	-0.141616086093	0.261148207571	-0.0157023410127	-0.0414531958497	0.172829261829	0.00755178693171	0.247170138099	-4.35547650586	-6.7741952457	27.8946572231
10	2.62343190056	0.433676223625	-0.841859074093	1.60162415916	-0.482394208553	2.11378441308	-0.128927273748	-0.204727666679	0.0855177346659	-0.046971747	0.0838494285675	-0.0411151386985	0.237940267026	0.38949453404	0.0477457773811	0.218410278687	0.041995219964	-0.0264522898189	0.247224238892	-0.0169036718055	0.21683430843	7.7245603074	-1.46425083083	33.9237092905
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12	1.26483527879	-0.105524598472	-0.375849448433	2.04184441197	-0.93502652957	2.07406986806	0.145770185253	0.127225734427	0.0162982461472	0.163711662936	0.174262118823	0.106735825848	-0.121850393752	-0.206922814133	-0.243683386507	0.235039668993	0.0233772018417	0.0287083183896	0.178903304097	0.0123294198276	0.299558632824	-4.22033869958	7.09529312975	25.4651463689
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 27:39)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 40:53)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 54:61)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 62:86)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 87:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 92:99)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 100:115)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 116:130)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 131:138)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 139:157)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 158:163)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 164:175)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 176:185)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 186:196)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 197:218)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 219:237)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 238:267)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 268:271)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 272:275)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 276:289)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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