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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8af7 | ||||||
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タイトル | Room temperature SSX crystal structure of CTX-M-14 (10K dataset) | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase / serial crystallography / SSX / TapeDrive | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Oberthuer, D. / Perbandt, M. / Prester, A. / Rohde, H. / Betzel, C. / Yefanov, O. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2022 タイトル: Rapid and efficient room-temperature serial synchrotron crystallography using the CFEL TapeDrive. 著者: Zielinski, K.A. / Prester, A. / Andaleeb, H. / Bui, S. / Yefanov, O. / Catapano, L. / Henkel, A. / Wiedorn, M.O. / Lorbeer, O. / Crosas, E. / Meyer, J. / Mariani, V. / Domaracky, M. / White, ...著者: Zielinski, K.A. / Prester, A. / Andaleeb, H. / Bui, S. / Yefanov, O. / Catapano, L. / Henkel, A. / Wiedorn, M.O. / Lorbeer, O. / Crosas, E. / Meyer, J. / Mariani, V. / Domaracky, M. / White, T.A. / Fleckenstein, H. / Sarrou, I. / Werner, N. / Betzel, C. / Rohde, H. / Aepfelbacher, M. / Chapman, H.N. / Perbandt, M. / Steiner, R.A. / Oberthuer, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8af7.cif.gz | 192.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8af7.ent.gz | 133.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8af7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8af7_validation.pdf.gz | 435 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8af7_full_validation.pdf.gz | 437.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8af7_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8af7_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8af7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8af7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qarC 7zpvC 7zq0C 8af4C 8af5C 8af6C 8af8C 6gthS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27771.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ctx-m-14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D2D9A0, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.5 詳細: CTX-M-14 was produced, purified and crystallized as before, with a slight modification in crystallization conditions to obtain slightly bigger crystals which roughly match the X-ray focal ...詳細: CTX-M-14 was produced, purified and crystallized as before, with a slight modification in crystallization conditions to obtain slightly bigger crystals which roughly match the X-ray focal spot. For this purpose, a 50% CTX-M-14 solution (22 mg/ml) was mixed with a 45% precipitant solution (40% PEG8000, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 4.5) and with a 5% undiluted seed stock in batch crystallization setups, resulting in crystals with a homogeneous size distribution of 11-15 um after 90 minutes. The crystals were centrifuged at 200xg for 5 min and the supernatant was replaced with a stabilization buffer (28% PEG8000, 140 mM lithium sulfate, 70 mM sodium acetate, pH 4.5) to stop further crystal growth. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→17.77 Å / Num. obs: 36504 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 114 % / Biso Wilson estimate: 23.58 Å2 / CC1/2: 0.815 / CC star: 0.948 / R split: 0.278 / Net I/σ(I): 3.25 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 65 % / Mean I/σ(I) obs: 0.62 / Num. unique obs: 3514 / CC1/2: 0.268 / CC star: 0.65 / R split: 1.72 / % possible all: 100 |
Serial crystallography sample delivery | 解説: TapeDrive / 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | 解説: TapeDrive / Flow rate: 2 µL/min / Injector diameter: 180 µm |
Serial crystallography data reduction | Frames total: 10382 / Lattices indexed: 4286 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6GTH 解像度: 1.55→16.54 Å / SU ML: 0.2159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.9629 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→16.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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