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- PDB-8af0: Crystal structure of human angiogenin and RNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8af0
タイトルCrystal structure of human angiogenin and RNA duplex
要素
  • Angiogenin
  • RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ribonuclease / RNA duplex / RNase A-like
機能・相同性
機能・相同性情報


angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation ...angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / hematopoietic stem cell proliferation / rRNA transcription / basement membrane / endocytic vesicle / RNA nuclease activity / positive regulation of phosphorylation / ovarian follicle development / response to hormone / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / stress granule assembly / RNA endonuclease activity / peptide binding / positive regulation of protein secretion / placenta development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cytoplasmic stress granule / antibacterial humoral response / cell migration / actin cytoskeleton / heparin binding / ribosome binding / actin binding / chromosome / growth cone / endonuclease activity / angiogenesis / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / rRNA binding / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Angiogenin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Sievers, K. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Structure of angiogenin dimer bound to double-stranded RNA.
著者: Sievers, K. / Ficner, R.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*C)-3')
A: Angiogenin
B: Angiogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6928
ポリマ－40,3234
非ポリマー3684
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.380, 66.660, 101.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 18 or resid 20...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERPROC4 - 18
d_12ens_1GLYHISC20 - 65
d_13ens_1GLULEUC67 - 83
d_14ens_1GLYTYRC85 - 94
d_15ens_1ALAPROC96 - 123
d_21ens_1SERPROH4 - 18
d_22ens_1GLYHISH20 - 65
d_23ens_1GLULEUH67 - 83
d_24ens_1GLYTYRH85 - 94
d_25ens_1ALAPROH96 - 123

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.998973440212, -0.0438681003476, 0.011298474349), (0.0446947253707, -0.995109235536, 0.0880908103925), (0.00737883966214, 0.088505362117, 0.996048369108)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.998973440212, -0.0438681003476, 0.011298474349), (0.0446947253707, -0.995109235536, 0.0880908103925), (0.00737883966214, 0.088505362117, 0.996048369108)
ベクター: -52.1048168718, 33.2077947212, -17.8744292545)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量: 6059.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Angiogenin / Ribonuclease 5 / RNase 5


分子量: 14101.967 Da / 分子数: 2 / Mutation: H114A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANG, RNASE5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM NaCl, 20 % (w/v) PEG6000, 100 mM Hepes pH 7.0
Temp details: Incubation of plate for 20 days at 293.15 K, then for 8 days at 277.15 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→45.12 Å / Num. obs: 24805 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.088 % / Biso Wilson estimate: 70.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.03
反射 シェル解像度: 2.43→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 2830 / CC1/2: 0.694 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.20.1精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EOP

5eop


解像度: 2.43→45.12 Å / SU ML: 0.3772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.9757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 663 4.99 %
Rwork0.2051 12625 -
obs0.2083 13288 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→45.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1967 800 24 60 2851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00982923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44254119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.131229
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.77367197012 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.620.381320.3332467X-RAY DIFFRACTION99.43
2.62-2.880.37841300.29122484X-RAY DIFFRACTION99.35
2.88-3.30.32551290.25752475X-RAY DIFFRACTION98.56
3.3-4.160.28371320.2022531X-RAY DIFFRACTION98.96
4.16-45.120.22241400.16712668X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.85607774944-0.2128100676111.580502990894.53719759545-4.064211763793.57542605629-0.165109600602-0.6058316473050.1217024927011.047876278930.2444657068350.085591598017-0.815065603996-0.11528948858-0.07609187529421.0760700260.01927266240470.01278276842071.0757247826-0.1227956421680.538193093011-13.3270596293-0.153520866285-25.7396048196
28.80130030924-0.822744324604-3.382734929693.024468909184.539417076572.05326334788-0.527148924902-0.492773064677-0.4793621765040.9699538500270.0125411132242-0.3169957043743.644305200052.460138121120.1496186362971.408425694190.267382894381-0.050565674361.03114848298-0.07597296458270.675631087011-9.628529636992.85615510171-5.90243437345
32.08943782276-1.598614074030.4813320828594.022860972442.501874296263.95124413053-0.591945248348-1.98520646912-0.903577239466-1.154779532260.19774365362-0.3403975788750.890571293331.51853057240.2039691776011.043250593570.1071060328030.1687692911611.208676859010.1700915024840.845632263132-23.1548918493-0.5599810416696.46484017871
45.94435758103-5.999056185313.576382474737.18734735929-4.371357579252.73633259945-0.04046793578820.166712050489-1.31486312838-1.272166653441.055633157321.069728257140.195846794375-0.474916663145-0.6443089761241.073690335130.0441454436134-0.1563603530131.12359717270.009069836457350.828146213393-19.55709429-6.48031913221.6671114776
58.05388641907-4.474921330073.100433821285.42046264662-0.6112038879792.952569779620.722339500791.7492033247-0.233555776997-0.614658008966-0.5069035171230.4233921337471.041371796240.879926333198-0.06043348140721.571513822090.149927901098-0.07422340704990.937378577688-0.08702982370820.579902058506-15.65547942414.51383441864-12.1303827365
63.58440658896-4.08654881491-1.902372924894.695646425032.252023251336.61064683686-0.0251603474198-0.3530784467490.651817666390.09710035690570.834530947771-0.877186827776-2.283860687022.69323298871-0.5372847883481.06124524816-0.1122972125840.03665030778811.34123942054-0.1130881347260.731819963931-7.82697740453-3.86929463205-26.7611679572
79.57315617879-3.604129557922.700851787634.56433643896-4.002626471923.469280276420.448557504255-0.0335240482120.5206475871482.15854994604-1.79326611611-0.974030314969-0.2563703393471.979597499411.120558504490.872909912636-0.14553553255-0.03709536190250.9073668336140.0172601033090.515533947887-18.36103151032.27261306665-37.426345446
85.25042647396-2.032195597891.066001807095.91647724297-2.599330670175.014186193640.50499762540.643278188331-0.0968440899734-1.13248168686-0.3317927436280.03387762842750.1367025603150.401831977593-0.2256928869190.7505003362180.0700925138342-0.0477125409510.7790474830.01636593872380.49851929531-20.4288790735.0913306859-13.8825036669
94.068423361060.3115263115953.812821208923.4287204973-2.798098062816.62056816991-0.131814406155-1.18064483129-0.864709084702-0.07452707856180.7293785498471.087130133710.516648109447-0.229149355738-0.3973536435110.641118774081-0.206488917051-0.008508690254920.7391055503188.43058117233E-50.72827203227-22.854807067719.6860572722-4.33291791398
104.673679441-2.60340296137-1.947903220946.07145278876-4.001549749526.237827746030.3593436268290.218759297568-0.0361645697319-0.6577234213870.4789653812110.4192705090390.3091830935480.871512036316-1.131585583960.867791910635-0.006062155049460.01418651926341.16945100726-0.136154385060.564244748943-16.089715331515.4722062911-10.4838574102
119.48298131626-1.431396554372.034346058728.09537957717-0.5961637321985.17342077816-0.2746843500491.367974299860.634767907973-0.5094023141180.166354476382-1.115155134790.4248113138960.492411865070.1026295608580.709371398194-0.09013768810170.08516802585770.953352339990.09381879347610.586058826604-14.032412656824.0787861917-10.282521558
124.47149144217-2.990865311-0.4127788955259.081952266940.8486033300655.63159456898-0.1757287307850.03403275549920.6048040042810.5922002040920.201141789922-0.765850386569-0.7395470934590.415979351719-0.1079864524210.718820028251-0.0900526450604-0.03286708526370.6427659718120.04269013944240.481758676974-18.025786664735.70781700170.18597951298
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 26 through 35 )CA26 - 35
22chain 'C' and (resid 36 through 40 )CA36 - 40
33chain 'C' and (resid 41 through 44 )CA41 - 44
44chain 'D' and (resid 26 through 30 )DB26 - 30
55chain 'D' and (resid 31 through 35 )DB31 - 35
66chain 'D' and (resid 36 through 40 )DB36 - 40
77chain 'D' and (resid 41 through 44 )DB41 - 44
88chain 'A' and (resid 1 through 13 )AC1 - 131 - 13
99chain 'A' and (resid 14 through 22 )AC14 - 2214 - 22
1010chain 'A' and (resid 23 through 32 )AC23 - 3223 - 32
1111chain 'A' and (resid 33 through 49 )AC33 - 4933 - 49
1212chain 'A' and (resid 50 through 83 )AC50 - 8350 - 83
1313chain 'A' and (resid 84 through 93 )AC84 - 9384 - 93
1414chain 'A' and (resid 94 through 123 )AC94 - 12394 - 123
1515chain 'B' and (resid 1 through 22 )BH1 - 221 - 22
1616chain 'B' and (resid 23 through 41 )BH23 - 4123 - 41
1717chain 'B' and (resid 42 through 66 )BH42 - 6642 - 66
1818chain 'B' and (resid 67 through 83 )BH67 - 8367 - 83
1919chain 'B' and (resid 84 through 93 )BH84 - 9384 - 93
2020chain 'B' and (resid 94 through 101 )BH94 - 10194 - 101
2121chain 'B' and (resid 102 through 110 )BH102 - 110102 - 110
2222chain 'B' and (resid 111 through 123 )BH111 - 123111 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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