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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8af0 | ||||||
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Title | Crystal structure of human angiogenin and RNA duplex | ||||||
![]() |
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / ribonuclease / RNA duplex / RNase A-like | ||||||
Function / homology | ![]() activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / rRNA transcription / : / basement membrane / RNA nuclease activity / positive regulation of phosphorylation / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / RNA endonuclease activity / activation of protein kinase B activity / actin filament polymerization / response to hormone / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / placenta development / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell migration / actin cytoskeleton / chromosome / heparin binding / actin binding / growth cone / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / endonuclease activity / rRNA binding / negative regulation of translation / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sievers, K. / Ficner, R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of angiogenin dimer bound to double-stranded RNA. Authors: Sievers, K. / Ficner, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 127.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 476.4 KB | Display | ![]() |
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Data in XML | ![]() | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5eopS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.998973440212, -0.0438681003476, 0.011298474349), (0.0446947253707, -0.995109235536, 0.0880908103925), (0.00737883966214, 0.088505362117, 0.996048369108)Vector: -52. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.998973440212, -0.0438681003476, 0.011298474349), Vector: |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 6059.657 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #2: Protein | Mass: 14101.967 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H114A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P03950, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 200 mM NaCl, 20 % (w/v) PEG6000, 100 mM Hepes pH 7.0 Temp details: Incubation of plate for 20 days at 293.15 K, then for 8 days at 277.15 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→45.12 Å / Num. obs: 24805 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.088 % / Biso Wilson estimate: 70.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.03 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 2830 / CC1/2: 0.694 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5EOP Resolution: 2.43→45.12 Å / SU ML: 0.3772 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 34.9757 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.43→45.12 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.77367197012 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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