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- PDB-8acf: Structure of the argX-117 in complex with a complement C2 fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8acf
タイトルStructure of the argX-117 in complex with a complement C2 fragment at low pH
要素
  • Complement C2b fragment
  • Heavy chain of mAb ARGX-117 Fab
  • Light chain of mAb ARGX-117 Fab
  • Nanobody specific for the kappa-light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immune system / complement / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


classical-complement-pathway C3/C5 convertase / positive regulation of apoptotic cell clearance / response to thyroid hormone / Activation of C3 and C5 / complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / response to nutrient / Regulation of Complement cascade / response to bacterium ...classical-complement-pathway C3/C5 convertase / positive regulation of apoptotic cell clearance / response to thyroid hormone / Activation of C3 and C5 / complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / response to nutrient / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / response to lipopolysaccharide / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Complement B/C2 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A ...Complement B/C2 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Olesen, H.G. / Andersen, G.R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Other privateNot applicable ベルギー
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure-function analysis of ARGX-117, a calcium- and pH-dependent clinical phase complement C2 blocking antibody
著者: Olesen, H.G. / Andersen, G.R.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C2b fragment
H: Heavy chain of mAb ARGX-117 Fab
K: Nanobody specific for the kappa-light chain
L: Light chain of mAb ARGX-117 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,94010
ポリマ－82,6044
非ポリマー1,3366
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.830, 89.140, 146.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 HKL

#2: 抗体 Heavy chain of mAb ARGX-117 Fab


分子量: 23450.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Nanobody specific for the kappa-light chain


分子量: 14204.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Light chain of mAb ARGX-117 Fab


分子量: 23957.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Complement C2b fragment


分子量: 20991.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06681
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 333分子

#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50% MPD, 100 mM Hepes pH 5.5-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.57 Å / Num. obs: 87785 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 38.51 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.457 / Num. unique obs: 8651 / CC1/2: 0.472 / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ANI

6ani


解像度: 1.8→44.57 Å / SU ML: 0.2567 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5515
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 4399 5.01 %
Rwork0.1777 83378 -
obs0.1788 87777 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5311 0 83 328 5722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01375515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11187486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.81612005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.40691460.40362735X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-1.840.33881470.36452748X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.860.35971400.32382735X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.890.30131540.30162741X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.910.29891400.27782756X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.940.25131500.24562772X-RAY DIFFRACTION99.97
1.94-1.970.27551310.21992732X-RAY DIFFRACTION100
1.97-20.23681530.20772771X-RAY DIFFRACTION100
2-2.030.21571410.19672724X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.21121490.1952747X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.10.24651340.20222758X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.130.21461520.19982758X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.180.26891400.19382776X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.220.22691380.19572764X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.270.21041460.19572736X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.320.20271510.17972785X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.380.1981420.18072756X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.440.22491540.18292757X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.510.23691320.18162780X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.21541510.17982782X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.690.20071530.18432777X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.80.19811470.18442777X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.920.23541240.19552798X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.080.18941530.19672799X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.270.20251590.1782802X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.520.21291540.16982783X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.880.17541360.15732846X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.16041520.13772839X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.590.12981590.13872862X-RAY DIFFRACTION100
5.59-44.570.22741710.1952982X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14745427163-0.820298786599-0.3291630286383.801444357490.4718675794044.87713448453-0.000447029851955-0.406919594285-0.2835473765720.7055464508460.0691781728088-0.1190920130170.552363074390.317317776459-0.05741830399660.50267927407-0.0151223813249-0.09593274393090.329750026988-0.03601821549550.37204262877539.965501141125.679915926355.5540909864
21.348950362510.4817813434561.188143893280.9730820922360.7745460756371.876550721960.1429706217210.00510885999184-0.1129042518730.1057672636450.000303496870543-0.02660309524090.16737160457-0.0281427067623-0.1436593148280.2967997664110.0120220912511-0.01951386479920.2784050147520.04123634022110.32385376823121.03379074585.8945356587723.5109038191
31.262990411080.4326947186860.7888483291090.7704908684830.3958197266890.853749587962-0.02029309847090.04038248952930.0772050641667-0.002141602173130.04278418555610.112646370607-0.0202957338304-0.0292512266288-0.009047625243580.2763351408270.008738436031620.006397792783870.2811340502890.0289281687430.29574733864614.865447352320.158997164214.5718172545
42.32169069065-0.1239172039020.2120536107653.81083180394-1.879993205354.44188315450.0394550384543-0.0004493431473280.1503874232370.0833163700483-0.03788226802990.115431284518-0.193870091938-0.0693615137313-0.02136682872530.30301625166-0.0258983631242-0.01247719585740.3134764666670.0201924252810.3204667700684.7589605258838.5175536948-2.9740447567
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain AAA51 - 2091 - 138
22chain HHB1 - 2191 - 219
33chain LLD1 - 2151 - 215
44chain KKC3 - 1271 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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