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- PDB-8abs: Crystal structure of CYP109A2 from Bacillus megaterium bound with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8abs
タイトルCrystal structure of CYP109A2 from Bacillus megaterium bound with testosterone and putative ligand 4,6-dimethyloctanoic acid
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Testosterone / Fatty acid / Steroid / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / TESTOSTERONE / (4~{S},6~{S})-4,6-dimethyloctanoic acid / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Jozwik, I.K. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.-M.W.H.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
European Commission289217European Union
European Commission722610European Union
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Regio- and stereoselective steroid hydroxylation by CYP109A2 from Bacillus megaterium explored by X-ray crystallography and computational modeling.
著者: Jozwik, I.K. / Bombino, E. / Abdulmughni, A. / Hartz, P. / Rozeboom, H.J. / Wijma, H.J. / Kappl, R. / Janssen, D.B. / Bernhardt, R. / Thunnissen, A.W.H.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_validate_chiral
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,64210
ポリマ－46,9861
非ポリマー1,6569
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area17110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.030, 78.030, 187.857
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 46986.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア)
株: DSM 319 / 遺伝子: BMD_2035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D5DF88, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 5種, 158分子

#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-W2L / (4~{S},6~{S})-4,6-dimethyloctanoic acid


分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein was concentrated to 33 mg/ml in 50 mM citrate buffer, pH 5.5, 0.1 mM testosterone. The crystallization reservoir solution contained 0.4-0.55 M ammonium sulfate, 1.05-1.2 M lithium ...詳細: Protein was concentrated to 33 mg/ml in 50 mM citrate buffer, pH 5.5, 0.1 mM testosterone. The crystallization reservoir solution contained 0.4-0.55 M ammonium sulfate, 1.05-1.2 M lithium sulfate and 0.1 M sodium citrate buffer, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.84 Å / Num. obs: 59408 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 35.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 335918 / Scaling rejects: 217
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.785.81.7971862032150.4910.8131.9771100
9.09-48.844.70.02924725270.9990.0150.03342.198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OFQ

5ofq


解像度: 1.75→48.84 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 3027 5.11 %
Rwork0.188 56255 -
obs0.1889 59282 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.01 Å2 / Biso mean: 50.0764 Å2 / Biso min: 28.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→48.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 183 149 3507
Biso mean--52.21 46.05 -
残基数----394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.780.35261210.339825342655100
1.78-1.810.32691460.308224842630100
1.81-1.840.29581270.294525102637100
1.84-1.870.27451500.274525182668100
1.87-1.910.30311470.25124972644100
1.91-1.950.21821550.232424942649100
1.95-1.990.25861220.22325332655100
1.99-2.030.23141490.226725102659100
2.03-2.090.25361520.229825282680100
2.09-2.140.24481150.190225372652100
2.14-2.20.19831370.180125352672100
2.2-2.280.21031320.165625302662100
2.28-2.360.1971380.172525572695100
2.36-2.450.22581280.18225682696100
2.45-2.560.22011460.189525412687100
2.56-2.70.2451260.208625822708100
2.7-2.870.20671370.189225602697100
2.87-3.090.19591400.196825732713100
3.09-3.40.21041480.19125872735100
3.4-3.890.18651300.164126232753100
3.89-4.90.15961270.15162653278099
4.9-48.840.20581540.19792801295599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.2027 Å / Origin y: -8.6148 Å / Origin z: 16.9267 Å
111213212223313233
T0.2441 Å2-0.0393 Å2-0.0209 Å2-0.4156 Å20.0533 Å2--0.3029 Å2
L1.25 °2-0.2855 °20.3319 °2-1.1812 °2-0.2945 °2--1.0514 °2
S-0.0759 Å °-0.0454 Å °0.0786 Å °0.0333 Å °0.0049 Å °-0.1015 Å °-0.1344 Å °0.1056 Å °0.0676 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 401
2X-RAY DIFFRACTION1allA501 - 503
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 6
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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