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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a9t | |||||||||||||||
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タイトル | Tubulin-[1,2]oxazoloisoindole-1 complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) Bos taurus (ウシ) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.304 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Prota, A.E. / Abel, A.-C. / Steinmetz, M.O. / Barraja, P. / Montalbano, A. / Spano, V. | |||||||||||||||
資金援助 | イタリア, 米国, European Union, スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Development of [1,2]oxazoloisoindoles tubulin polymerization inhibitors: Further chemical modifications and potential therapeutic effects against lymphomas. 著者: Barreca, M. / Spano, V. / Rocca, R. / Bivacqua, R. / Abel, A.C. / Maruca, A. / Montalbano, A. / Raimondi, M.V. / Tarantelli, C. / Gaudio, E. / Cascione, L. / Rinaldi, A. / Bai, R. / ...著者: Barreca, M. / Spano, V. / Rocca, R. / Bivacqua, R. / Abel, A.C. / Maruca, A. / Montalbano, A. / Raimondi, M.V. / Tarantelli, C. / Gaudio, E. / Cascione, L. / Rinaldi, A. / Bai, R. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Alcaro, S. / Hamel, E. / Bertoni, F. / Barraja, P. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a9t.cif.gz | 897.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a9t.ent.gz | 738.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a9t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a9t_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a9t_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a9t_validation.xml.gz | 80.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a9t_validation.cif.gz | 107.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8a9zC 5lxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 ACE
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947 #3: タンパク質 | | 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043 |
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-Tubulin beta-2B ... , 2種, 3分子 BDF
#2: タンパク質 | 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856 #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
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-非ポリマー , 9種, 329分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MES / | #10: 化合物 | ChemComp-LNU / | #11: 化合物 | ChemComp-IMD / | #12: 化合物 | ChemComp-ACP / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→49.632 Å / Num. obs: 257119 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.994 % / Biso Wilson estimate: 53.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rrim(I) all: 0.203 / Χ2: 0.755 / Net I/σ(I): 9.34 / Num. measured all: 1798313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5LXT 解像度: 2.304→47.91 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.304→47.91 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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