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- PDB-8a9g: Binary complex of 14-3-3 zeta Glucocorticoid Receptor (GR) pT524 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a9g
タイトルBinary complex of 14-3-3 zeta Glucocorticoid Receptor (GR) pT524 peptide stabilised by (R)-para chloropyrrolidone1
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Glucocorticoid receptor
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 protein zeta/delta / Glucocorticoid Receptor / (R)-para chloropyrrolidone1 / protein-peptide complex / protein-protein interaction / PPI stabilisation / molecular glue / pyrrolidone1 analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / synaptic target recognition / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / Golgi reassembly / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / glucocorticoid metabolic process / establishment of Golgi localization ...Regulation of NPAS4 gene transcription / synaptic target recognition / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / Golgi reassembly / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / glucocorticoid metabolic process / establishment of Golgi localization / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / respiratory system process / microglia differentiation / regulation of synapse maturation / tube formation / astrocyte differentiation / Rap1 signalling / maternal behavior / negative regulation of protein localization to nucleus / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / GP1b-IX-V activation signalling / cellular response to steroid hormone stimulus / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / protein targeting / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of TORC1 signaling / steroid binding / TBP-class protein binding / protein sequestering activity / ERK1 and ERK2 cascade / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / synaptic transmission, glutamatergic / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / chromosome segregation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lung development / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / Negative regulation of NOTCH4 signaling / regulation of protein stability / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / spindle / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / : / protein localization / melanosome / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / blood microparticle / vesicle / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein phosphorylation / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / synapse / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QJK / Glucocorticoid receptor / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.961 Å
データ登録者Munier, C.C. / Edman, K. / Perry, M.W.D. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission675179European Union
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Designing Selective Drug-like Molecular Glues for the Glucocorticoid Receptor/14-3-3 Protein-Protein Interaction.
著者: Pallesen, J.S. / Munier, C.C. / Bosica, F. / Andrei, S.A. / Edman, K. / Gunnarsson, A. / La Sala, G. / Putra, O.D. / Srdanovic, S. / Wilson, A.J. / Wissler, L. / Ottmann, C. / Perry, M.W.D. / O'Mahony, G.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Glucocorticoid receptor
D: Glucocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7929
ポリマ－56,3604
非ポリマー1,4325
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23090 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.350, 78.070, 122.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26720.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / プラスミド: pProEx Htb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 1459.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04150

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非ポリマー , 4種, 288分子

#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-QJK / 5-[(2~{R})-3-(4-chlorophenyl)carbonyl-2-(4-nitrophenyl)-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-1-yl]-2-oxidanyl-benzoic acid


分子量: 494.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H15ClN2O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.4 M MgCl2 27% w/v PEG 3350 0.1 M Bis Tris 6.5 pH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.961→65.85 Å / Num. obs: 31964 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 40.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.961→2.133 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.381 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1599 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 0.562 / % possible all: 55.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.8 (24-FEB-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O02

2o02


解像度: 1.961→65.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.202
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 1587 4.96 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.2506 31964 78.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.2 Å2 / Biso mean: 45.4 Å2 / Biso min: 8.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3373 Å20 Å20 Å2
2--0.4521 Å20 Å2
3----1.7894 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.961→65.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3879 0 99 283 4261
Biso mean--84.24 48.03 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1477SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes690HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4044HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion520SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4340SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4044HARMONIC20.026
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5461HARMONIC21.37
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.55
LS精密化 シェル解像度: 1.961→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3987 40 6.25 %
Rwork0.3307 600 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96640.59780.37920.56210.44920.89820.00970.1346-0.19730.1027-0.0970.06080.5554-0.30460.0873-0.0351-0.22950.0764-0.3103-0.1111-0.30226.199619.200219.1322
21.43330.0696-0.2870.36930.86491.84610.02040.05720.06070.00220.08140.0020.0492-0.1078-0.1019-0.44210.03430.0136-0.47310.0667-0.469235.077856.924978.3639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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