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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a9b | ||||||||||||
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タイトル | Single Particle cryo-EM of the empty lipid binding protein P116 (MPN213) from Mycoplasma pneumoniae at 4 Angstrom resolution | ||||||||||||
要素 | Lipid binding protein P116 (MPN213) | ||||||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Empty lipid binding protein P116 (MPN213) from Mycoplasma pneumoniae / LIPID BINDING | ||||||||||||
機能・相同性 | membrane / Uncharacterized protein MG075 homolog 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sprankel, L. / Vizarraga, D. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Essential protein P116 extracts cholesterol and other indispensable lipids for Mycoplasmas. 著者: Lasse Sprankel / David Vizarraga / Jesús Martín / Sina Manger / Jakob Meier-Credo / Marina Marcos / Josep Julve / Noemi Rotllan / Margot P Scheffer / Joan Carles Escolà-Gil / Julian D ...著者: Lasse Sprankel / David Vizarraga / Jesús Martín / Sina Manger / Jakob Meier-Credo / Marina Marcos / Josep Julve / Noemi Rotllan / Margot P Scheffer / Joan Carles Escolà-Gil / Julian D Langer / Jaume Piñol / Ignacio Fita / Achilleas S Frangakis / 要旨: Mycoplasma pneumoniae, responsible for approximately 30% of community-acquired human pneumonia, needs to extract lipids from the host environment for survival and proliferation. Here, we report a ...Mycoplasma pneumoniae, responsible for approximately 30% of community-acquired human pneumonia, needs to extract lipids from the host environment for survival and proliferation. Here, we report a comprehensive structural and functional analysis of the previously uncharacterized protein P116 (MPN_213). Single-particle cryo-electron microscopy of P116 reveals a homodimer presenting a previously unseen fold, forming a huge hydrophobic cavity, which is fully accessible to solvent. Lipidomics analysis shows that P116 specifically extracts lipids such as phosphatidylcholine, sphingomyelin and cholesterol. Structures of different conformational states reveal the mechanism by which lipids are extracted. This finding immediately suggests a way to control Mycoplasma infection by interfering with lipid uptake. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a9b.cif.gz | 159.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a9b.ent.gz | 120.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a9b_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a9b_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a9b_validation.xml.gz | 36.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a9b_validation.cif.gz | 51.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15275MC 8a9aC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114149.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) 株: ATCC 29342 / M129 / 遺伝子: MPN_213, G07_orf1030, MP618 / 発現宿主: Escherichia coli B83 (大腸菌) / 参照: UniProt: P75556 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Empty P116 monomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli B83 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: Tris |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15299 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum SE / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 34 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4532601 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 633332 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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