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- PDB-8a8o: PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus refi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8o
タイトルPAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus refined to 1.45 A
要素
  • Alpha-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
  • Beta-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfate assimilation / methanogens / archaea / PAPS / PAP / sulfite / thermophile / methane / activation / marine / FAD / [4Fe-4S]-cluster / ferredoxin / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Jespersen, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Assimilatory sulfate reduction in the marine methanogen Methanothermococcus thermolithotrophicus.
著者: Jespersen, M. / Wagner, T.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
B: Alpha-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
C: Beta-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
D: Beta-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,65027
ポリマ－152,3184
非ポリマー4,33223
水15,835879
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Confirmed by gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.714, 123.650, 88.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Alpha-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 64438.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The alpha and beta subunits of the PAPS reductase were co-expressed. The alpha subunit contained a His-tag at the C-terminal position (additional sequence SSGHHHHHH).
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
株: DSM 2095 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / プラスミド: pET-28a(+)
詳細 (発現宿主): The DNA sequence of the PAPS reductase alpha and beta subunits were synthesized in tandem and cloned in the pET-28a(+) by using the restriction sites NcoI and BamHI.
Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): /
#2: タンパク質 Beta-subunit of the PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 11720.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
株: DSM 2095 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / プラスミド: pET-28a(+)
詳細 (発現宿主): The DNA sequence of the PAPS reductase alpha and beta subunits were synthesized in tandem and cloned in the pET-28a(+) by using the restriction sites NcoI and BamHI.
Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): /

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非ポリマー , 8種, 902分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 % / 解説: The crystals were brown, elongated plate-shaped.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Purified PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus at a concentration of 20 mg.ml-1 was anaerobically crystallized inside a Coy tent (N2/H2 at a 96:4 ratio) under yellow ...詳細: Purified PAPS reductase from Methanothermococcus thermolithotrophicus at a concentration of 20 mg.ml-1 was anaerobically crystallized inside a Coy tent (N2/H2 at a 96:4 ratio) under yellow light condition. 0.7 ul of PAPSR in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 2 mM dithiothreitol, 0.5 mM FAD, and 10 % v/v glycerol was mixed with 0.7 ul reservoir solution. The drops were spotted in a 96-Well MRC 2-drop crystallization plates in polystyrene (SWISSCI) containing 90 ul of crystallization solution in the reservoir. Crystals appeared after a few days in the following crystallization condition: 35 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Tris pH 7.0 and 200 mM NaCl. Prior to transfer to liquid nitrogen, the crystal was soaked in 10 mM disodium 3'-Phosphoadenosine 5'-phosphate for 7 min.
PH範囲: / / Temp details: 293 +/- 1 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→86.04 Å / Num. obs: 146296 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.64 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.056 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7316 / CC1/2: 0.567 / Rpim(I) all: 0.425 / Rrim(I) all: 1.139 / % possible all: 73.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.45→52.04 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.52 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Model was refined with hydrogens in riding position. The final cycles of refinement were performed without applying non-crystallography symmetry and without translation-liberation screw.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 7256 4.96 %
Rwork0.1514 139027 -
obs0.1527 146283 62.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.41 Å2 / Biso mean: 32.1826 Å2 / Biso min: 9.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→52.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10278 0 223 879 11380
Biso mean--29.75 33.83 -
残基数----1303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.470.143410.34232728
1.47-1.480.440860.32741051111
1.48-1.50.332790.28842542633
1.5-1.520.3242200.2764334536
1.52-1.540.3054340.27996096438
1.54-1.560.2472460.279487191712
1.56-1.580.261670.25131163123016
1.58-1.610.2759660.24831405147119
1.61-1.630.2756910.25211677176823
1.63-1.660.23061280.24092036216428
1.66-1.690.25711270.23992517264434
1.69-1.720.26121610.22852958311940
1.72-1.750.24332010.22943623382449
1.75-1.790.2442240.22094473469760
1.79-1.830.23553230.2265707603077
1.83-1.870.22973680.21666852722092
1.87-1.920.2463990.20787334773399
1.92-1.970.2283880.189674317819100
1.97-2.030.20063820.169674567838100
2.03-2.090.18363520.16374647816100
2.09-2.170.19923720.154275027874100
2.17-2.250.17753950.147973837778100
2.25-2.360.16993970.149274357832100
2.36-2.480.17593780.146774667844100
2.48-2.630.18043620.151774557817100
2.63-2.840.17963690.148374997868100
2.84-3.120.18253950.1574117806100
3.12-3.580.15554000.132574647864100
3.58-4.50.13784060.111374577863100
4.5-52.040.15963890.135675607949100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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