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- PDB-8a8h: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus refined ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8a8h | |||||||||
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Title | APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus refined to 1.77 A | |||||||||
![]() | APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / sulfate assimilation / methanogens / archaea / APS / ATP / ADP / PAPS / thermophile / methane / activation / marine | |||||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jespersen, M. / Wagner, T. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Assimilatory sulfate reduction in the marine methanogen Methanothermococcus thermolithotrophicus. Authors: Jespersen, M. / Wagner, T. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 269.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 218 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8a8dC ![]() 8a8gC ![]() 8a8kC ![]() 8a8oC ![]() 5cb6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21705.867 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The gene construct was expressed in the pET-28a(+) vector. The protein product contained a His-tag in its N-terminal part and a thrombin cleavage site in-between. The tag was cleaved off ...Details: The gene construct was expressed in the pET-28a(+) vector. The protein product contained a His-tag in its N-terminal part and a thrombin cleavage site in-between. The tag was cleaved off during the purification by the thrombin. Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DSM 2095 / Tissue: / / Cell: / / Cell line: / / Gene: cysC / Organ: / / Variant: / / Plasmid: pET-28a(+) Details (production host): The synthetic gene was cloned in pET-28a(+) by using the restriction sites NdeI and BamHI. A stop codon (TGA) was incorporated before BamHI Cell (production host): / / Cell line (production host): / / Organ (production host): / / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.73 % / Description: Transparent, plate-shaped crystals |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: MtAPSK (0.7 ul) with 2 mM MgCl2 at a protein concentration of 17.6 mg.ml-1 was mixed with 0.7 ul reservoir solution. Crystals were obtained in the following crystallization condition: 20 % ...Details: MtAPSK (0.7 ul) with 2 mM MgCl2 at a protein concentration of 17.6 mg.ml-1 was mixed with 0.7 ul reservoir solution. Crystals were obtained in the following crystallization condition: 20 % w/v polyethylene glycol 3350 and 100 mM tri-Sodium citrate pH 5.5. The cryoprotectant used for the crystals was 20 % w/v polyethylene glycol 3350, 100 mM tri-Sodium citrate pH 5.5 and 25% v/v ethylene glycol. PH range: / / Temp details: 291 +/- 1 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→47.74 Å / Num. obs: 68557 / % possible obs: 83.1 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 22.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.81 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3427 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.398 / Rrim(I) all: 1.001 / % possible all: 96.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5CB6 Resolution: 1.77→44.04 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.53 / Stereochemistry target values: ML Details: The final refinement cycle was performed without non-crystallography symmetry and with translational-liberation screw. Hydrogens were omitted from the final refinement, but used in riding ...Details: The final refinement cycle was performed without non-crystallography symmetry and with translational-liberation screw. Hydrogens were omitted from the final refinement, but used in riding position during previous cycles.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.21 Å2 / Biso mean: 37.1121 Å2 / Biso min: 16.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.77→44.04 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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