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万見
- PDB-8a8m: Structure of the MAPK p38alpha in complex with its activating MAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8m
タイトルStructure of the MAPK p38alpha in complex with its activating MAP2K MKK6
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードIMMUNE SYSTEM / Kinase / Signalling / MAP kinase / phosphoryl transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / negative regulation of cold-induced thermogenesis / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / CD163 mediating an anti-inflammatory response ...nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / negative regulation of cold-induced thermogenesis / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / CD163 mediating an anti-inflammatory response / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of myoblast fusion / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Platelet sensitization by LDL / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / fatty acid oxidation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Uptake and function of anthrax toxins / signal transduction in response to DNA damage / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cardiac muscle contraction / p38MAPK events / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / striated muscle cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / regulation of signal transduction by p53 class mediator / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / PKR-mediated signaling / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Interleukin-1 signaling / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell morphogenesis / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / cellular senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / secretory granule lumen / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cytoskeleton / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Bowler, M.W. / Juyoux, P. / Pellegrini, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Architecture of the MKK6-p38α complex defines the basis of MAPK specificity and activation.
著者: Pauline Juyoux / Ioannis Galdadas / Dorothea Gobbo / Jill von Velsen / Martin Pelosse / Mark Tully / Oscar Vadas / Francesco Luigi Gervasio / Erika Pellegrini / Matthew W Bowler /
要旨: The mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38α is a central component of signaling in inflammation and the immune response and is, therefore, an important drug target. Little is known about the ...The mitogen-activated protein kinase (MAPK) p38α is a central component of signaling in inflammation and the immune response and is, therefore, an important drug target. Little is known about the molecular mechanism of its activation by double phosphorylation from MAPK kinases (MAP2Ks), because of the challenge of trapping a transient and dynamic heterokinase complex. We applied a multidisciplinary approach to generate a structural model of p38α in complex with its MAP2K, MKK6, and to understand the activation mechanism. Integrating cryo-electron microscopy with molecular dynamics simulations, hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry, and experiments in cells, we demonstrate a dynamic, multistep phosphorylation mechanism, identify catalytically relevant interactions, and show that MAP2K-disordered amino termini determine pathway specificity. Our work captures a fundamental step of cell signaling: a kinase phosphorylating its downstream target kinase.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Architecture of the MKK6-p38 alpha complex defines the basis of MAPK specificity and activation
著者: Juyoux, P. / Galdadas, I. / Gobbo, D. / Tully, M. / Gervasio, F.L. / Pellegrini, E. / Bowler, M.W.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年9月27日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / em_3d_fitting_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4188
ポリマ－85,4712
非ポリマー9486
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4870 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area31240 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID- ...MAP kinase 14 / MAPK 14 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAP kinase MXI2 / MAX-interacting protein 2 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Stress-activated protein kinase 2a / SAPK2a


分子量: 43647.727 Da / 分子数: 1 / 変異: T180V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2, SAPK2A / プラスミド: pET-28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / MEK 6 / Stress-activated protein kinase kinase ...MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / MEK 6 / Stress-activated protein kinase kinase 3 / SAPK kinase 3 / SAPKK-3 / SAPKK3


分子量: 41822.844 Da / 分子数: 1 / 変異: S207D, T211D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K6, MEK6, MKK6, PRKMK6, SKK3 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52564, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 化合物 ChemComp-AP2 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER


分子量: 425.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N5O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex between the MAP2K MKK6 and its substrate MAPK p38alphaCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Mitogen-activated protein kinase 14 (MAPK p38alpha)COMPLEX#11RECOMBINANT
3Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 (MAP2K MKK6)COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.0802 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
22Escherichia coli (大腸菌)562DE3pET-28b+
33Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMsodium chlorideNaCl1
210 mMmagnesium chlorideMgCl21
350 mMHEPESHEPES1
試料濃度: 0.48 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 3.5 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 215000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影電子線照射量: 62.77 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 28633
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択template + topaz
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35123 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15ETC

5etc

15ETC1PDBexperimental model
25ETA

5eta

15ETA2PDBexperimental model
36YG1

6yg1

16YG13PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045364
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8947276
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.732707
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.048814
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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