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- PDB-8a8k: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus ref... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8k
タイトルPAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus refined to 3.1 A
要素PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードHYDROLASE / sulfate assimilation / methanogens / archaea / PAP / thermophile / inorganic phosphate / AMP / methane / detoxification / marine / manganese dependent / DHH-motif / RecJ
機能・相同性ADENOSINE MONOPHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jespersen, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Assimilatory sulfate reduction in the marine methanogen Methanothermococcus thermolithotrophicus.
著者: Jespersen, M. / Wagner, T.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
B: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
C: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
D: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
E: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
F: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,90322
ポリマ－228,0106
非ポリマー2,89316
水00
1
A: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4413
ポリマ－38,0021
非ポリマー4392
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6255
ポリマ－38,0021
非ポリマー6244
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4413
ポリマ－38,0021
非ポリマー4392
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4043
ポリマ－38,0021
非ポリマー4022
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4964
ポリマ－38,0021
非ポリマー4943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4964
ポリマ－38,0021
非ポリマー4943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.054, 174.054, 183.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 0 through 315)
21(chain B and resid 0 through 315)
31(chain C and resid 0 through 315)
41(chain D and resid 0 through 315)
51(chain E and resid 0 through 315)
61(chain F and resid 0 through 315)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 0 - 315 / Label seq-ID: 20 - 335

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 0 through 315)AA
2(chain B and resid 0 through 315)BB
3(chain C and resid 0 through 315)CC
4(chain D and resid 0 through 315)DD
5(chain E and resid 0 through 315)EE
6(chain F and resid 0 through 315)FF

-
要素

#1: タンパク質
PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 38001.621 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The gene construct was expressed in the pET-28a(+) vector. The protein product contains a His-Tag in its N-terminal part, with a thrombin cleavage site in-between.
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
株: DSM 2095 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 器官: / / Variant: / / プラスミド: pET-28a(+)
詳細 (発現宿主): The synthetic gene was cloned in pET-28a(+) by using the restriction sites NdeI and BamHI. A stop codon (TGA) was incorporated before BamHI site.
Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): / / 参照: 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 % / 解説: Crystals were transparent bipyramids.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: The PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus was concentrated to 20 mg.ml-1 in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 2 mM dithiothreitol, and 150 mM NaCl. The protein ...詳細: The PAP phosphatase from Methanothermococcus thermolithotrophicus was concentrated to 20 mg.ml-1 in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 2 mM dithiothreitol, and 150 mM NaCl. The protein was co-crystallized with Tb-Xo4 (10 mM final concentration), MnCl2 (2 mM final) and 2 mM PAP. The Tb-Xo4 is a nucleating/phasing agent, which should increase the crystallization performance, however, in this case the same crystalline form has been obtained in absence of the compound and diffracted to similar resolution. Crystals were obtained by mixing 0.7 ul of the sample with 1.6 M tri-sodium citrate in a 96-Well MRC 2-drop crystallization plates in polystyrene (SWISSCI) containing 90 ul of crystallization solution in the reservoir. No cryoprotectant was used.
PH範囲: / / Temp details: 291 +/- 1 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.64566 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.64566 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→126.38 Å / Num. obs: 45681 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 91.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 2.483 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7240 / CC1/2: 0.477 / Rpim(I) all: 0.68 / Rrim(I) all: 2.575 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 3.1→57.79 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.53 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The final refinement cycle was performed without hydrogens, with applying non-crystallography symmetry and translation-liberation screw.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 2266 4.96 %
Rwork0.1857 43377 -
obs0.1874 45643 92.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.66 Å2 / Biso min: 53.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→57.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15234 0 183 0 15417
Biso mean--89.08 --
残基数----1898
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5748X-RAY DIFFRACTION1.685TORSIONAL
12B5748X-RAY DIFFRACTION1.685TORSIONAL
13C5748X-RAY DIFFRACTION1.685TORSIONAL
14D5748X-RAY DIFFRACTION1.685TORSIONAL
15E5748X-RAY DIFFRACTION1.685TORSIONAL
16F5748X-RAY DIFFRACTION1.685TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.170.34751730.335729313104100
3.17-3.240.331490.300629273076100
3.24-3.320.35261630.281629413104100
3.32-3.410.31981610.279129513112100
3.41-3.510.3228510.29741082113337
3.51-3.630.28371780.226229163094100
3.63-3.760.24431100.22451980209068
3.76-3.860.2351020.207521792281100
3.91-4.080.24711030.20682785288899
4.08-4.30.19511230.171629613084100
4.3-4.570.18791290.155929843113100
4.57-4.920.21841830.16129243107100
4.92-5.420.20981800.179729013081100
5.42-6.20.20851390.181929783117100
6.2-7.80.21471570.173129663123100
7.81-57.790.15471650.13332971313699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06610.01930.46994.51012.76434.7460.19060.40290.0362-0.6692-0.46840.1721-0.0995-0.3620.30040.85710.09180.01881.00890.10190.76236.000630.069741.0444
24.77750.18172.00896.67961.49845.3790.01990.9158-0.7696-0.8541-0.11450.25990.1672-0.6250.08070.8608-0.0797-0.07641.1655-0.05850.76511.362323.070436.1096
33.66042.26524.02525.5841.65526.10490.3537-1.5241-0.498-0.11390.1809-2.03251.2069-0.0769-0.29471.225-0.24580.11590.8586-0.11451.2519-0.386715.995546.7941
46.3233-1.82520.1836.85452.54245.943-0.4032-1.007-0.84781.33250.0622-0.2531.74010.10430.3680.942-0.02830.05620.92090.03430.66156.161124.578655.336
55.1773-0.1119-0.56134.36850.77814.15590.10370.62350.4784-0.2634-0.2113-0.1733-0.32630.1490.01290.75650.0691-0.05830.76130.10920.78774.821841.414348.6685
63.4495-1.3104-2.21973.2587-1.02292.92670.3777-0.0220.9303-0.4079-0.38040.4379-0.96390.42460.10991.1861-0.2136-0.30941.2995-0.02340.9565-11.790548.517845.7229
76.22641.3217-0.88536.57061.75112.1441-0.25810.2477-0.1443-0.1574-0.07070.45190.03-0.0960.31980.66940.0391-0.09080.94710.03610.8541-18.566331.565751.1179
84.8642-1.119-0.88974.6248-1.35534.836-0.0074-0.1125-0.1035-0.28010.1627-0.2879-0.53330.1354-0.18710.78430.0766-0.05750.6746-0.12140.61584.021566.337-46.4612
96.5506-0.90870.58415.9247-1.20766.1914-0.08190.82440.6982-0.23490.020.318-0.5519-0.10440.05510.7590.09560.00850.6366-0.00490.7574-1.03871.3917-53.4125
103.0129-1.77132.48285.6255-2.2167.76570.26830.7179-0.3056-1.00430.15460.45580.7661-0.0117-0.39050.8107-0.0456-0.04990.787-0.05840.67222.174854.7406-51.3392
115.88860.482-0.45926.8161-0.14666.29630.075-0.94690.52060.26080.1036-0.2712-0.64950.3565-0.11650.59740.00220.00820.7612-0.02490.59154.615361.2342-34.2561
128.7655.0802-1.39965.5074-0.51032.19451.1397-1.6808-0.06121.4262-0.6510.0184-0.2944-0.4974-0.49190.85860.1006-0.24141.0151-0.04640.9285-12.231761.0604-27.3382
133.48041.35080.37052.0541-0.93085.8568-0.1254-0.0455-0.3097-0.20160.04340.26210.1229-0.20170.15850.54320.0809-0.05730.7739-0.04820.8451-17.922654.6568-41.6152
149.6161.05760.08573.9964-0.45877.4122-0.6240.3318-0.3604-0.3890.10190.80340.0102-0.39010.33770.644-0.01680.00570.8841-0.01050.7886-23.165457.1272-48.7157
153.9962-0.41531.73884.50210.04394.1520.33910.1237-0.2386-0.3361-0.36240.24250.8378-0.51660.18950.73320.0316-0.07840.7305-0.08850.764722.72153.734722.8286
165.6086-1.33411.11416.2042-1.89445.96410.15290.00770.6240.0097-0.07470.0478-0.7471-0.2099-0.06140.76170.0860.01210.7281-0.10690.60523.973861.705719.1217
177.73410.95450.30316.59710.11116.07590.2056-0.6131-0.8570.4095-0.24210.20750.5611-0.34720.01930.73140.0049-0.03720.6493-0.02160.512530.499643.049422.4585
186.05611.0433-5.37711.0696-0.48048.88150.2288-0.1316-1.1264-0.0606-0.42380.23590.73960.19850.17181.03630.0217-0.34090.96970.02051.244627.795834.99926.1782
191.7781-1.69730.47176.6542-1.49014.97210.12680.0377-0.0916-0.2361-0.0778-0.1668-0.3070.6015-0.09830.71060.0075-0.09650.7531-0.09360.52133.310549.6110.2914
202.991-1.2831-2.09266.47070.34737.49770.37480.79250.0218-0.543-0.07190.4515-0.56860.1668-0.33660.9180.0342-0.13070.769-0.05960.59830.190556.5353-4.752
214.94272.13870.2996.4642-1.11364.26680.1596-0.7426-0.47880.3141-0.4539-0.85840.06920.48210.19360.65970.06390.03240.4844-0.03330.6332-19.602160.31387.8483
225.08592.6732.45048.73182.39857.18960.0104-0.16780.5384-0.32640.01060.1631-0.56050.06850.11710.7424-0.06860.09510.6773-0.01540.6223-21.623368.075211.7811
237.9096-1.1721.31954.5522-1.41143.57880.23530.5148-0.4119-0.31540.0787-0.01280.1471-0.1441-0.23060.8061-0.0357-0.00550.6657-0.06160.7263-31.52649.23728.9647
242.30360.1120.4322.05510.16945.69050.05270.086-0.08460.0745-0.1114-0.28020.2817-0.120.16410.74060.0106-0.04770.5523-0.00280.7539-23.980546.664121.7171
253.5535-0.25-1.12936.50040.72217.32770.3514-0.3965-0.21090.2644-0.22860.2815-0.04260.20490.00810.7516-0.0506-0.04570.6574-0.02940.5675-28.734661.656833.1613
266.00711.13193.29935.45632.2567.1326-0.41360.4796-0.71040.20040.7999-0.32120.19510.5628-0.43430.89640.05370.19520.67060.03120.6548-21.44297.6543-14.6054
275.8247-0.19522.02434.8716-0.62646.72860.1403-0.0662-0.19720.9541-0.1703-0.81370.20640.76410.06240.91390.00650.08350.7002-0.04680.886-15.855493.1041-7.6614
285.678-0.18273.33692.8602-2.10867.3790.0132-0.7083-0.18390.69140.23980.3411-0.0444-0.8609-0.24330.9050.05150.14370.81340.02080.8272-32.738794.6195-9.6764
294.6397-0.15571.13623.3108-0.17192.7838-0.13290.49130.3928-0.27160.112-0.3806-0.320.36340.06360.7403-0.06940.08580.68950.06150.6002-26.039792.4914-28.9289
303.68460.5373.16384.2246-1.14047.02570.26440.1249-0.44720.0504-0.00880.12150.13110.0395-0.32410.81160.05440.12080.5599-0.0050.7764-29.865773.0842-17.0112
315.0931.9841-1.23744.3933-1.88123.64770.7323-0.14240.13180.7821-0.5945-0.0057-0.00780.3091-0.03580.7442-0.0143-0.07960.5475-0.0640.7444-9.017329.2169-10.3297
322.6769-0.76141.30957.4020.39686.9945-0.3009-0.572-0.68880.82870.01490.13580.16890.34680.21560.58720.0085-0.01950.68150.14140.8545-3.633922.6788-5.6478
336.7041-2.3420.75896.9848-0.71044.75-0.1280.6719-1.2307-0.7064-0.00190.33980.9141-0.21550.10650.7028-0.0037-0.0220.6894-0.07570.8676-5.821520.7908-21.471
344.14131.4070.38335.12720.40296.96670.0235-0.1360.32990.0918-0.12950.5279-0.4987-0.33450.12850.48410.0490.00520.5503-0.03960.6493-8.878340.7272-17.7339
353.61582.006-4.00742.6289-1.38275.14330.9470.74320.33220.7583-0.83710.149-1.4723-0.291-0.46411.19290.2579-0.08991.0143-0.02960.77173.717950.466-12.0199
365.6808-0.4298-1.45977.5708-1.59173.20650.04270.4319-0.4979-0.1137-0.1489-0.21440.10330.00460.13080.4873-0.0352-0.06410.6577-0.0290.700415.600133.6822-20.547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 21 )A-1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 74 )A22 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 90 )A75 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 117 )A91 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 118 through 189 )A118 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 190 through 213 )A190 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 214 through 315 )A214 - 315
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 0 through 21 )B0 - 21
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 22 through 75 )B22 - 75
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 134 )B76 - 134
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 135 through 189 )B135 - 189
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 190 through 213 )B190 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 214 through 280 )B214 - 280
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 281 through 315 )B281 - 315
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 0 through 21 )C0 - 21
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 22 through 117 )C22 - 117
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 118 through 189 )C118 - 189
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 190 through 213 )C190 - 213
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 214 through 280 )C214 - 280
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 281 through 315 )C281 - 315
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 0 through 21 )D0 - 21
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 22 through 117 )D22 - 117
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 118 through 164 )D118 - 164
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 165 through 248 )D165 - 248
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 249 through 315 )D249 - 315
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 0 through 21 )E0 - 21
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 22 through 75 )E22 - 75
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 76 through 134 )E76 - 134
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 135 through 213 )E135 - 213
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 214 through 315 )E214 - 315
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid -1 through 21 )F-1 - 21
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 22 through 75 )F22 - 75
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 76 through 117 )F76 - 117
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 118 through 189 )F118 - 189
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 190 through 208 )F190 - 208
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 209 through 315 )F209 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る