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- PDB-8a8h: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus refined ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8h
タイトルAPS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus refined to 1.77 A
要素APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードTRANSFERASE / sulfate assimilation / methanogens / archaea / APS / ATP / ADP / PAPS / thermophile / methane / activation / marine
機能・相同性P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Jespersen, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Assimilatory sulfate reduction in the marine methanogen Methanothermococcus thermolithotrophicus.
著者: Jespersen, M. / Wagner, T.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
B: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
C: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
D: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,33828
ポリマ－86,8234
非ポリマー1,51524
水10,917606
1
A: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
B: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,16914
ポリマ－43,4122
非ポリマー75712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
2
C: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
D: APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,16914
ポリマ－43,4122
非ポリマー75712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.539, 176.176, 51.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
APS kinase from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 21705.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The gene construct was expressed in the pET-28a(+) vector. The protein product contained a His-tag in its N-terminal part and a thrombin cleavage site in-between. The tag was cleaved off ...詳細: The gene construct was expressed in the pET-28a(+) vector. The protein product contained a His-tag in its N-terminal part and a thrombin cleavage site in-between. The tag was cleaved off during the purification by the thrombin.
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
株: DSM 2095 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: cysC / 器官: / / Variant: / / プラスミド: pET-28a(+)
詳細 (発現宿主): The synthetic gene was cloned in pET-28a(+) by using the restriction sites NdeI and BamHI. A stop codon (TGA) was incorporated before BamHI
Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): / / 参照: adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 % / 解説: Transparent, plate-shaped crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MtAPSK (0.7 ul) with 2 mM MgCl2 at a protein concentration of 17.6 mg.ml-1 was mixed with 0.7 ul reservoir solution. Crystals were obtained in the following crystallization condition: 20 % ...詳細: MtAPSK (0.7 ul) with 2 mM MgCl2 at a protein concentration of 17.6 mg.ml-1 was mixed with 0.7 ul reservoir solution. Crystals were obtained in the following crystallization condition: 20 % w/v polyethylene glycol 3350 and 100 mM tri-Sodium citrate pH 5.5. The cryoprotectant used for the crystals was 20 % w/v polyethylene glycol 3350, 100 mM tri-Sodium citrate pH 5.5 and 25% v/v ethylene glycol.
PH範囲: / / Temp details: 291 +/- 1 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→47.74 Å / Num. obs: 68557 / % possible obs: 83.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3427 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.398 / Rrim(I) all: 1.001 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CB6

5cb6


解像度: 1.77→44.04 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The final refinement cycle was performed without non-crystallography symmetry and with translational-liberation screw. Hydrogens were omitted from the final refinement, but used in riding ...詳細: The final refinement cycle was performed without non-crystallography symmetry and with translational-liberation screw. Hydrogens were omitted from the final refinement, but used in riding position during previous cycles.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1809 3227 4.71 %
Rwork0.154 65324 -
obs0.1553 68551 79.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.21 Å2 / Biso mean: 37.1121 Å2 / Biso min: 16.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→44.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 88 606 5392
Biso mean--49.79 42.68 -
残基数----586
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.77-1.80.30561060.282217232363
1.8-1.820.2941140.25672438255269
1.82-1.850.29751220.23432671279375
1.85-1.890.255890.23531826191552
1.89-1.90.2985900.25341555164584
1.93-1.960.271400.274759463420
1.96-20.24711530.21453384353795
2-2.040.25941880.226435103698100
2.04-2.090.2748450.234483888324
2.09-2.140.19762160.1635253741100
2.14-2.20.19621780.146635023680100
2.2-2.260.19691100.15462345245565
2.26-2.340.18331760.138935563732100
2.34-2.420.16591470.143435393686100
2.42-2.520.17541570.148735523709100
2.52-2.630.19711900.153935213711100
2.63-2.770.17561170.14472537265471
2.77-2.940.15241840.142735403724100
2.94-3.170.1671600.153535923752100
3.17-3.490.16291670.14283035320286
3.49-3.990.16791340.14232875300980
4-5.030.16581740.125435573731100
5.03-44.040.17291700.166936153785100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.53391.62082.65092.24921.10995.4555-0.0129-0.32140.21420.07410.1278-0.3991-0.30820.7162-0.21120.2986-0.0508-0.0120.3053-0.01570.214125.41322.7902-36.1112
23.25521.41482.09492.93372.00598.11220.1181-0.1733-0.16520.2282-0.0284-0.05880.6206-0.1782-0.17420.261-0.0329-0.01630.20410.00150.274819.3777-8.8889-36.7909
38.5987-1.78830.43914.19921.34725.05140.169-0.11410.16750.2002-0.15460.180.3924-0.47030.00720.2875-0.09060.00730.29480.02690.146814.7593-1.355-29.7643
43.6333-2.98564.02576.3043-4.05264.56540.00390.3311-0.529-0.20080.07881.69290.2855-1.5207-0.30450.31070.017-0.03680.8138-0.06310.4658-0.31255.4078-33.4815
58.4218-0.85352.71573.8269-0.4855.9454-0.02330.48480.3833-0.1601-0.0640.1987-0.3089-0.46510.00970.32590.03540.05010.34830.00030.163212.89739.8517-34.2485
61.7824-0.1461-0.26342.2257-0.76695.1912-0.0146-0.05310.0184-0.06780.073-0.0552-0.3024-0.2022-0.03710.2464-0.02520.02070.2479-0.00940.167318.74374.7405-42.2127
76.2549-1.6919-0.03073.6022-1.18424.4192-0.07940.5226-0.5464-0.42310.02570.23540.2316-0.47490.05380.3142-0.0552-0.00120.2973-0.06320.173417.19081.2847-52.2863
85.63082.86041.18128.67471.66776.6234-0.0080.1102-0.2481-0.20250.0532-0.24080.3140.2369-0.08180.15910.01750.01520.1965-0.01830.180927.2595-8.3448-43.9612
98.4134-2.4921-2.75152.2978-0.05288.2161-0.01270.1879-0.6298-0.1475-0.1307-0.01820.7530.61210.16270.36030.0157-0.00880.2609-0.00460.208820.69598.9861-13.5283
108.6814-4.8713-4.19555.96122.87424.38370.03170.17140.4694-0.30570.0819-0.3784-0.43380.1683-0.19340.3361-0.048-0.01220.20730.03970.237821.383322.0917-14.3373
113.2591-1.97413.02524.4753-0.10014.77320.1730.28530.1369-0.2695-0.06520.0734-0.404-0.0628-0.13680.3761-0.00170.06440.26880.04330.205818.386916.4255-23.2007
126.31390.5851-2.41672.49980.78582.48690.3430.10070.3771-0.9588-0.50860.6161-0.6714-0.77850.08630.53040.1973-0.08280.5926-0.01840.31571.770218.3451-28.7905
139.111-4.30262.25275.9501-1.14044.8966-0.04510.0428-0.1535-0.11450.05830.3903-0.0401-0.7773-0.04510.343-0.00830.0050.3826-0.00990.14339.168.5273-22.2112
144.22620.26-1.10652.0832-0.80033.21420.04420.138-0.03840.01160.00860.05510.0013-0.1995-0.05460.2912-0.0189-0.0150.23990.00260.135211.885411.1817-11.7755
159.3115-0.9706-0.1124.055-0.87154.52670.0282-0.02120.5790.37580.00570.0701-0.5665-0.2120.02410.35610.00320.02930.2057-0.04110.14677.349816.2649-3.4273
166.70193.7344-2.6547.09781.11396.9710.1676-0.39460.26680.2525-0.45220.0535-0.7986-0.31390.20380.4112-0.0046-0.04130.2604-0.04440.292217.785724.1136-1.5979
174.6605-1.99320.22069.41040.96335.8054-0.1407-0.4070.17570.49120.3923-0.6254-0.07780.4325-0.23120.2507-0.0061-0.05630.2654-0.03650.238826.200615.4568-5.7304
186.1382-0.79680.67052.58280.62013.9334-0.03380.57760.3786-0.8381-0.2357-0.15570.09770.55210.23390.33880.02350.03520.31120.04030.401933.450850.3891-15.1726
195.93712.0877-3.97744.1347-1.52875.883-0.32750.062-0.6639-0.0294-0.0156-0.47750.3510.0190.38550.28280.00270.03710.21630.02490.411332.903138.3967-8.7686
203.83281.96562.29273.63591.93522.11960.0761-0.1056-0.45050.1350.0175-0.20680.19030.1612-0.03050.19340.02670.0330.2720.0660.392241.272745.4156-5.698
217.8549-2.4691-7.73813.1584.238.99310.2024-1.1554-0.83711.4447-0.2396-0.31290.06720.4651-0.02110.5072-0.1599-0.07340.57480.20840.354341.841249.801310.7648
224.3743-0.1004-0.22554.0393-1.37668.3772-0.0239-0.46360.2470.369-0.21460.0995-0.4661-0.15420.24720.1781-0.0342-0.02320.31130.02630.395837.506356.0172-1.0001
234.7764-0.9842-0.96971.95580.62223.4536-0.017-0.17820.04740.0603-0.07040.08140.0295-0.06250.05820.147-0.0135-0.02690.1630.01480.264825.799550.5743-4.2504
245.82833.8667-2.52787.4671-3.01527.3082-0.38410.4804-0.4227-0.44010.17930.16930.6837-0.43940.12480.2219-0.0280.00190.2468-0.04270.295724.29740.2621-15.1394
252.87291.88212.66876.31531.62152.765-0.10090.3537-0.6663-0.63120.198-0.17850.1061-0.01050.05380.295-0.03160.07220.3278-0.07240.379355.328857.1278-14.2577
266.14341.40932.93646.1283.0925.077-0.20960.36560.3639-0.5040.04960.0404-0.44460.00730.11130.25820.0110.01960.15810.02690.184853.781869.9853-13.8018
272.45010.2071-2.2673.44910.01622.22030.09820.00890.06680.0685-0.00930.1081-0.4531-0.5436-0.09730.20210.0118-0.00410.2790.00490.296945.955263.42-6.1189
285.1707-4.14976.95523.4912-5.43489.7533-0.2102-0.92780.39671.74540.0260.2489-0.7685-0.23190.08990.5293-0.00360.03260.5071-0.07640.338146.303163.622310.6042
293.5181-0.4687-0.81295.49053.07421.9912-0.0639-0.467-0.22710.46850.0703-0.1760.4620.1676-0.02020.1762-0.01220.00210.27970.06570.290950.118754.6078-0.9858
305.857-1.33652.10351.305-0.32773.8576-0.051-0.1459-0.1542-0.01640.1262-0.1617-0.0527-0.0157-0.07530.1476-0.00020.0440.1753-0.00540.236459.331458.1615-5.9696
313.0156-0.55271.07042.6991-2.1233.8778-0.06830.09490.49690.19980.0119-0.4491-0.67340.31170.02660.2481-0.07040.00740.2588-0.01340.404967.861367.1523-7.2414
327.00160.4925-1.08277.75592.93946.2186-0.30561.00970.3182-1.0570.5398-0.6985-0.55530.6277-0.17960.3031-0.0940.06950.47120.03640.244161.217264.9534-20.6427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 25 )A16 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 45 )A26 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 62 )A46 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 69 )A63 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 70 through 90 )A70 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 91 through 122 )A91 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 123 through 162 )A123 - 162
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 163 through 189 )A163 - 189
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 16 through 25 )B16 - 25
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 26 through 45 )B26 - 45
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 46 through 62 )B46 - 62
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 63 through 69 )B63 - 69
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 70 through 90 )B70 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 122 )B91 - 122
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 123 through 162 )B123 - 162
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 163 through 171 )B163 - 171
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 172 through 189 )B172 - 189
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 14 through 25 )C14 - 25
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 26 through 45 )C26 - 45
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 46 through 62 )C46 - 62
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 63 through 69 )C63 - 69
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 70 through 90 )C70 - 90
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 91 through 162 )C91 - 162
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 163 through 189 )C163 - 189
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 16 through 25 )D16 - 25
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 26 through 46 )D26 - 46
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 47 through 63 )D47 - 63
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 64 through 69 )D64 - 69
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 70 through 90 )D70 - 90
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 91 through 122 )D91 - 122
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 123 through 171 )D123 - 171
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 172 through 189 )D172 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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