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- PDB-8a8f: Crystal structure of Glc7 phosphatase in complex with the regulat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8f
タイトルCrystal structure of Glc7 phosphatase in complex with the regulatory region of Ref2
要素
  • RNA end formation protein 2
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-2
キーワードGENE REGULATION / Ser/Thr phosphatase / regulatory subunit / RNA / transcription termination
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell budding / regulation of protein localization to cell division site involved in cytokinesis / cellular bud neck septin collar / mating projection base / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring assembly / regulation of cellular response to glucose starvation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / sno(s)RNA 3'-end processing ...regulation of cell budding / regulation of protein localization to cell division site involved in cytokinesis / cellular bud neck septin collar / mating projection base / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring assembly / regulation of cellular response to glucose starvation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / sno(s)RNA 3'-end processing / regulation of glycogen biosynthetic process / chitin biosynthetic process / ascospore formation / cellular bud site selection / regulation of glycogen metabolic process / positive regulation of exit from mitosis / protein phosphatase type 1 complex / incipient cellular bud site / intracellular monoatomic ion homeostasis / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / negative regulation of actin filament polymerization / cellular bud neck / DNA replication checkpoint signaling / protein localization to kinetochore / spindle pole body / mRNA 3'-end processing / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / cell division site / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / replication fork processing / chromosome organization / response to unfolded protein / telomere maintenance / regulation of mitotic cell cycle / DNA damage checkpoint signaling / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / mRNA processing / regulation of cell shape / response to heat / regulation of cell cycle / chromatin binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-2 / RNA end formation protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Carminati, M. / Manav, C.M. / Bellini, D. / Passmore, L.A.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
European Union (EU)725685European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)556-2018European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: A direct interaction between CPF and RNA Pol II links RNA 3' end processing to transcription.
著者: Manuel Carminati / Juan B Rodríguez-Molina / M Cemre Manav / Dom Bellini / Lori A Passmore /
要旨: Transcription termination by RNA polymerase II (RNA Pol II) is linked to RNA 3' end processing by the cleavage and polyadenylation factor (CPF or CPSF). CPF contains endonuclease, poly(A) polymerase, ...Transcription termination by RNA polymerase II (RNA Pol II) is linked to RNA 3' end processing by the cleavage and polyadenylation factor (CPF or CPSF). CPF contains endonuclease, poly(A) polymerase, and protein phosphatase activities, which cleave and polyadenylate pre-mRNAs and dephosphorylate RNA Pol II to control transcription. Exactly how the RNA 3' end processing machinery is coupled to transcription remains unclear. Here, we combine in vitro reconstitution, structural studies, and genome-wide analyses to show that yeast CPF physically and functionally interacts with RNA Pol II. Surprisingly, CPF-mediated dephosphorylation promotes the formation of an RNA Pol II stalk-to-stalk homodimer in vitro. This dimer is compatible with transcription but not with the binding of transcription elongation factors. Disruption of the dimerization interface in cells causes transcription defects, including altered RNA Pol II abundance on protein-coding genes, tRNA genes, and intergenic regions. We hypothesize that RNA Pol II dimerization may provide a mechanistic basis for the allosteric model of transcription termination.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-2
B: RNA end formation protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7425
ポリマ－44,5372
非ポリマー2053
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.230, 90.230, 101.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-2


分子量: 36036.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Glc7 C-terminus is covalently linked to chain B (Ref2 348-405)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GLC7, CID1, DIS2, YER133W / プラスミド: pET24a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P32598, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 RNA end formation protein 2


分子量: 8500.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: To trap the Glc7 substrate in the active site, two RNA Pol II CTD repeats were fused C-terminally of Ref2 348-405. The substrate was not visible in the crystal structure.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: REF2, YDR195W, YD9346.06
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P42073
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 40 % (v/v) 1,4-Butanediol and 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→45.12 Å / Num. obs: 41059 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04671 / Net I/σ(I): 20.46
反射 シェル解像度: 1.85→1.917 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.224 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 4028 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 98.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QWJ

7qwj


解像度: 1.85→45.12 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 2090 5.1 %
Rwork0.192 38883 -
obs0.1935 40973 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.67 Å2 / Biso mean: 54.6302 Å2 / Biso min: 33.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→45.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2851 0 7 121 2979
Biso mean--37.78 54.99 -
残基数----354
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.890.42241410.31432533267498
1.89-1.940.35721320.28652542267499
1.94-1.990.33031330.265225702703100
1.99-2.050.27961410.246325692710100
2.05-2.120.29521150.23625772692100
2.12-2.190.30851210.230825942715100
2.19-2.280.26961690.21325052674100
2.28-2.390.25371440.211525842728100
2.39-2.510.26371400.211225892729100
2.51-2.670.26581160.216725982714100
2.67-2.870.23491350.22626062741100
2.88-3.160.23341140.212326402754100
3.16-3.620.2581660.20125872753100
3.62-4.560.1841620.168626382800100
4.56-45.120.17451610.155427512912100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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