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万見
- PDB-8a8d: ATP sulfurylase from Methanothermococcus thermolithotrophicus - m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8d
タイトルATP sulfurylase from Methanothermococcus thermolithotrophicus - monoclinic form
要素ATP sulfurylase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードTRANSFERASE / Sulfate-assimilation / methanogens / archaea / APS / thermophile / methane / ATP / activation / marine / pyrophosphate
機能・相同性Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / HUPs / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jespersen, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society/ ドイツ
German Research Foundation (DFG)WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Assimilatory sulfate reduction in the marine methanogen Methanothermococcus thermolithotrophicus.
著者: Jespersen, M. / Wagner, T.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP sulfurylase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
B: ATP sulfurylase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,68521
ポリマ－89,4402
非ポリマー1,24619
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Confirmed by gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.282, 54.525, 85.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP sulfurylase from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 44719.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: /
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
株: DSM 2095 / 組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: sat / 器官: / / Variant: / / プラスミド: pET28a(+)
詳細 (発現宿主): Synthetic gene was cloned in pET28a(+) by using the restriction sites NdeI and BamHI with a stop codon (TGA) incorporated before BamHI
Cell (発現宿主): / / 細胞株 (発現宿主): / / 器官 (発現宿主): / / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 組織 (発現宿主): / / Variant (発現宿主): / / 参照: sulfate adenylyltransferase

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非ポリマー , 6種, 373分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
解説: Transparent, long but thin plate-shaped crystals appeared after a few weeks
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: MtATPS in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol (0.7 ul) at a concentration of 27 mg.ml-1 was mixed with 0.7 ul reservoir solution. Crystals were obtained in the following crystallization ...詳細: MtATPS in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol (0.7 ul) at a concentration of 27 mg.ml-1 was mixed with 0.7 ul reservoir solution. Crystals were obtained in the following crystallization condition: 20 % w/v polyethylene glycol 8000, 100 mM MES pH 6.0 and 200 mM Calcium acetate.
PH範囲: / / Temp details: 291 K +/- 1 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→65.94 Å / Num. obs: 41069 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.149 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2053 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.475 / Rrim(I) all: 1.246 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V47

1v47


解像度: 2.1→52.28 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.16 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The final cycles of refinement were performed with hydrogens in riding position, without applying non-crystallography symmetry and with translational-liberation screw.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 2096 5.11 %
Rwork0.1986 38961 -
obs0.2007 41057 82.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.56 Å2 / Biso mean: 39.0955 Å2 / Biso min: 17.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→52.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6205 0 71 354 6630
Biso mean--53.51 38.52 -
残基数----753
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.342820.26521590167251
2.15-2.20.2759890.2671707179655
2.2-2.260.29931250.24931830195559
2.26-2.330.2909980.23681973207163
2.33-2.40.24531040.23872148225268
2.4-2.490.27861450.23332360250575
2.49-2.590.29081210.23912578269982
2.59-2.710.27891550.23572760291588
2.71-2.850.26621730.21342958313194
2.85-3.030.26661670.2143087325498
3.03-3.260.28931660.212931343300100
3.26-3.590.22061580.183131753333100
3.59-4.110.21770.164931733350100
4.11-5.180.17051590.149132053364100
5.18-52.280.23721770.207132833460100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70640.1525-0.10351.3212-0.03911.4370.0208-0.1357-0.260.1732-0.0275-0.05740.08420.0697-0.00080.16950.01430.02110.220.03870.273165.45097.011334.3775
22.22111.6166-1.32951.3941-0.59931.611-0.03040.122-0.09570.0840.07910.0618-0.0493-0.1634-0.06590.21360.06570.01890.23950.05310.288671.761721.948718.1176
31.7431-0.26840.83180.6811-0.97733.1428-0.0961-0.0519-0.2406-0.0076-0.0167-0.06920.11720.06420.05990.2471-0.00780.010.1410.01510.308286.317223.86165.6829
42.8538-0.1357-0.07854.2010.58511.9677-0.0320.68640.1543-0.81360.2370.3883-0.1454-0.6806-0.1620.28920.0026-0.0930.56680.0680.34253.086860.351-34.0374
51.4225-0.4201-0.44791.90460.2261.24360.14330.18510.3844-0.0435-0.06270.0923-0.1477-0.2349-0.06330.19790.0016-0.04560.3010.10040.374755.786765.0951-20.6906
62.8512-1.2140.54690.5362-0.47242.34170.02510.15770.1405-0.08260.04570.09590.0148-0.0652-0.08610.1815-0.0336-0.01260.1830.04840.274671.141946.1235-13.6372
71.7669-2.04940.96062.4836-1.57582.3504-0.3388-0.1830.32340.50660.19240.0765-0.1776-0.03540.19460.2931-0.0076-0.01640.30940.06320.421160.21953.1518-4.2065
81.48230.0919-0.42170.9218-0.47992.88380.05970.06190.15550.0688-0.0312-0.0976-0.3315-0.0159-0.0410.19420.00040.00010.14830.01220.271884.772647.5465-3.3557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 181 )A2 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 182 through 319 )A182 - 319
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 320 through 382 )A320 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 36 )B3 - 36
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 37 through 180 )B37 - 180
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 181 through 261 )B181 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 262 through 319 )B262 - 319
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 320 through 382 )B320 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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