+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a6p | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Room temperature rsEGFP2 with a chlorinated chromophore 900 fs after photoexcitation | |||||||||
要素 | Green fluorescent protein | |||||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / GFP-like protein / beta-barrel / bioluminescence | |||||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Fadini, A. / van Thor, J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023 タイトル: Serial Femtosecond Crystallography Reveals that Photoactivation in a Fluorescent Protein Proceeds via the Hula Twist Mechanism. 著者: Fadini, A. / Hutchison, C.D.M. / Morozov, D. / Chang, J. / Maghlaoui, K. / Perrett, S. / Luo, F. / Kho, J.C.X. / Romei, M.G. / Morgan, R.M.L. / Orr, C.M. / Cordon-Preciado, V. / Fujiwara, T. ...著者: Fadini, A. / Hutchison, C.D.M. / Morozov, D. / Chang, J. / Maghlaoui, K. / Perrett, S. / Luo, F. / Kho, J.C.X. / Romei, M.G. / Morgan, R.M.L. / Orr, C.M. / Cordon-Preciado, V. / Fujiwara, T. / Nuemket, N. / Tosha, T. / Tanaka, R. / Owada, S. / Tono, K. / Iwata, S. / Boxer, S.G. / Groenhof, G. / Nango, E. / van Thor, J.J. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a6p.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8a6p.ent.gz | 51.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a6p_validation.pdf.gz | 437 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8a6p_full_validation.pdf.gz | 446.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8a6p_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a6p_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/8a6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/8a6p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8a6gC 8a6nC 8a6oC 8a6qC 8a6rC 8a6sC 8a7vC 8a83C 8am4C 6pftS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 1.3M ammonium sulfate, 100mM Hepes pH 8.1, 20mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
---|---|
放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.18 Å |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.18 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→31.46 Å / Num. obs: 30206 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 331.6 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.049 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.688 Å / Num. unique obs: 2952 / CC1/2: 0.54 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PFT 解像度: 1.63→22.79 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 20.27 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.08 Å2 / Biso mean: 28.5204 Å2 / Biso min: 14.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→22.79 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
|