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万見
- PDB-8a4k: Human GDAP1, R282H mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a4k
タイトルHuman GDAP1, R282H mutant
要素Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GST family / mitochondria / disease mutation / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / cellular response to vitamin D / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / response to retinoic acid / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / membrane ...Class I peroxisomal membrane protein import / cellular response to vitamin D / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / response to retinoic acid / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1 / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sutinen, A. / Kursula, P.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland24302881 フィンランド
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Conserved intramolecular networks in GDAP1 are closely connected to CMT-linked mutations and protein stability.
著者: Sutinen, A. / Paffenholz, D. / Nguyen, G.T.T. / Ruskamo, S. / Torda, A.E. / Kursula, P.
履歴
登録2022年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1
B: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5112
ポリマ－65,5112
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.279, 113.370, 115.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 23 through 72 or resid 76...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 23 through 160 or resid 163 through 281 or resid 283 through 302))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUASNA1 - 50
d_12ens_1GLUILEA54 - 138
d_13ens_1GLNGLNA141
d_14ens_1HISGLUA151 - 181
d_15ens_1GLNGLUA187 - 233
d_16ens_1VALSERA235 - 254
d_21ens_1GLUILEB1 - 135
d_22ens_1GLNGLUB138 - 216
d_23ens_1VALSERB218 - 237

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.86953374599, 0.492755018954, -0.0332198115481), (0.493812621148, 0.868513827645, -0.0428115216307), (0.0077562735287, -0.0536304249897, -0.99853072949)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.86953374599, 0.492755018954, -0.0332198115481), (0.493812621148, 0.868513827645, -0.0428115216307), (0.0077562735287, -0.0536304249897, -0.99853072949)
ベクター: 33.6433127398, -9.48474933084, -23.6003495359)

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要素

#1: タンパク質 Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1 / GDAP1


分子量: 32755.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TB36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M succinic acid; 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 70450 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 56.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 2.738 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 11256 / CC1/2: 0.416 / Rrim(I) all: 2.969 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ALM

7alm


解像度: 1.95→44.84 Å / SU ML: 0.3866 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.1301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 3770 2.9 %
Rwork0.2247 126355 -
obs0.2254 69656 96.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4066 0 0 76 4142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01424169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37095645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0686627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0159720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.05071583
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.42413555888 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.970.75720.7282430X-RAY DIFFRACTION50.73
1.97-20.55461120.64813890X-RAY DIFFRACTION79.8
2-2.030.55211330.58554499X-RAY DIFFRACTION92.97
2.03-2.060.52411400.54374686X-RAY DIFFRACTION96.52
2.06-2.090.58251470.50974770X-RAY DIFFRACTION97.89
2.09-2.120.45391420.47394762X-RAY DIFFRACTION98.34
2.12-2.160.48361330.43794706X-RAY DIFFRACTION95.52
2.16-2.190.44091410.40254732X-RAY DIFFRACTION98.31
2.19-2.230.42221460.38084840X-RAY DIFFRACTION99.94
2.23-2.280.38011590.35194892X-RAY DIFFRACTION99.78
2.28-2.320.32581490.34594825X-RAY DIFFRACTION99.88
2.32-2.370.37211480.3374836X-RAY DIFFRACTION99.94
2.37-2.430.31821390.28634875X-RAY DIFFRACTION99.9
2.43-2.490.26781490.24434835X-RAY DIFFRACTION99.96
2.49-2.560.20891410.24454848X-RAY DIFFRACTION99.92
2.56-2.630.24061480.23924870X-RAY DIFFRACTION99.94
2.63-2.720.25291440.22464853X-RAY DIFFRACTION99.86
2.72-2.810.28341450.23314901X-RAY DIFFRACTION99.96
2.81-2.920.2311420.24224804X-RAY DIFFRACTION99.88
2.93-3.060.29331500.24544741X-RAY DIFFRACTION96.89
3.06-3.220.27951490.23284748X-RAY DIFFRACTION97.88
3.22-3.420.29591370.23554838X-RAY DIFFRACTION99.9
3.42-3.680.26121300.20164882X-RAY DIFFRACTION99.96
3.68-4.060.2131390.19464852X-RAY DIFFRACTION99.98
4.06-4.640.17581460.16734857X-RAY DIFFRACTION99.94
4.64-5.850.231460.18124825X-RAY DIFFRACTION99.6
5.85-44.840.19741430.18964758X-RAY DIFFRACTION97.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.595129643670.1006580742071.134249099590.877212457956-0.1492748612581.48943286130.0432884973399-0.1971510911040.02783419439250.1283626861860.09746216186570.02115211347780.00456506059474-0.2558361267035.47330505017E-50.7587728445470.17742663120.06568531025070.775072336010.1137889081330.7063184299346.961287261270.188958283171-13.855186156
21.90114891826-0.6391357144251.168278693950.876985348597-0.258862583293.26719482640.139815911585-0.269957175406-0.165476070946-0.159366718920.02127093829710.2961899820860.578444419086-0.9364368251817.04411509845E-50.838125947504-0.1279295074030.03093053792990.8924934580140.1771691186730.76110939791-4.56334031581-8.42961040374-26.3565276012
32.87454343329-1.349654149191.922447357791.51775418612-1.062153032361.58449461870.2035301398750.1707678053550.256900100823-0.206519327049-0.188641108274-0.00857590718442-0.307716816877-0.1504737576724.48549316787E-50.6465112838120.06811141398150.07386763255520.6284814686140.04314241918540.64440312251828.0046598168-5.05446243786-8.9377298132
42.343801363370.324711110872-0.1800798929890.838574189408-0.07741954161840.8069162923380.1463691219580.13128891301-0.1798534254350.152318005904-0.2419738422530.147821825585-0.0594309391923-0.2719555855361.14841318668E-50.626941938123-0.05248644019160.01038982059720.669782370886-0.04553375692050.67262714420125.9151990664-21.99730499087.09733030823
52.58901731977-0.1128770149640.05789848803331.75019627452-0.7440956138181.304030777380.170431678803-0.0156800185928-0.1044130649930.161304805031-0.269379007051-0.288051096743-0.01082379919490.298595739782-2.92193085941E-70.598722732106-0.0215345926392-0.01931954783920.585860451601-0.01027156701970.65491970936140.8551619824-14.2360808541.755233718
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 23 through 117 )BB23 - 1171 - 92
22chain 'B' and (resid 118 through 302 )BB118 - 30293 - 237
33chain 'A' and (resid 23 through 117 )AA23 - 1171 - 95
44chain 'A' and (resid 118 through 228 )AA118 - 22896 - 180
55chain 'A' and (resid 229 through 302 )AA229 - 302181 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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