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- PDB-8a1z: Crystal structure of Phosphoserine phosphatase SerB from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a1z
タイトルCrystal structure of Phosphoserine phosphatase SerB from Mycobacterium avium in complex with 1-(2,4-dichlorophenyl)-3-hydroxyurea
要素Phosphoserine phosphatase
キーワードHYDROLASE / phosphoserine phosphatase / fragment / avium
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine phosphatase / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(2,4-dichlorophenyl)-3-oxidanyl-urea / Phosphoserine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium 104 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Haufroid, M. / Wouters, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Targeting the phosphoserine phosphatase MtSerB2 for tuberculosis drug discovery, an hybrid knowledge based /fragment based approach.
著者: Haufroid, M. / Volkov, A.N. / Wouters, J.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1334
ポリマ－43,8521
非ポリマー2813
水2,378132
1
A: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子

A: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2668
ポリマ－87,7042
非ポリマー5626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.600, 107.700, 132.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-691-

HOH

21A-714-

HOH

31A-730-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphoserine phosphatase / O-phosphoserine phosphohydrolase


分子量: 43852.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium 104 (バクテリア)
遺伝子: O972_03940 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V7LE91, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-KVU / 1-(2,4-dichlorophenyl)-3-oxidanyl-urea


分子量: 221.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6Cl2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.1, 16% PEG 6000, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→43.59 Å / Num. obs: 22525 / % possible obs: 98.82 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 48.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1156 / Rpim(I) all: 0.0332 / Rrim(I) all: 0.1203 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 1985 / CC1/2: 0.656 / CC star: 0.89 / Rpim(I) all: 0.5093 / % possible all: 88.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3p96

3p96


解像度: 2.28→43.59 Å / SU ML: 0.3588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6763
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 1126 5 %
Rwork0.2055 21395 -
obs0.2076 22521 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→43.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2889 0 15 132 3036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00772937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95094005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4262429
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.380.39031270.36622401X-RAY DIFFRACTION90.87
2.38-2.510.34271400.28152675X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.670.29261410.25812673X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.870.32471410.25662686X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.160.31921420.2322689X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.620.25891420.20052702X-RAY DIFFRACTION99.93
3.62-4.560.2141440.16622732X-RAY DIFFRACTION100
4.56-43.590.18991490.17822837X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.7103375344 Å / Origin y: 43.1773359021 Å / Origin z: 27.6445515325 Å
111213212223313233
T0.342151462651 Å2-0.162752952719 Å20.0511720192754 Å2-0.395664752411 Å2-0.029591542087 Å2--0.479105553437 Å2
L0.937875715705 °20.911427459122 °21.16932651766 °2-2.21255491076 °21.43443975812 °2--3.25966937128 °2
S0.0389046830653 Å °-0.0019434757516 Å °-0.128032194745 Å °-0.0646772387468 Å °-0.00284644634577 Å °-0.0783203936167 Å °0.187765270502 Å °0.0226228020251 Å °-0.0383255277314 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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