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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a10 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Brachyury G177D variant in complex with Molpolrt-020-049-143 | ||||||
![]() | T-box transcription factor T | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Chordoma / Brachyury / Transcription factor | ||||||
機能・相同性 | ![]() primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm ...primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm / mesoderm development / mesoderm formation / somitogenesis / heart morphogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J.A. / Gavard, A. / Aitkenhead, H. / Imprachim, N. / Sherestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of human Brachyury G177D variant in complex with Molpolrt-020-049-143 著者: Newman, J.A. / Gavard, A. / Aitkenhead, H. / Imprachim, N. / Sherestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 656 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 656.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19655.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG pH 7.0, 30 % PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→50.198 Å / Num. obs: 14222 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 31.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 568 / CC1/2: 0.309 / Rpim(I) all: 1.437 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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