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- PDB-8a0r: Crystal structure of poplar glutathione transferase U20 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a0r
タイトルCrystal structure of poplar glutathione transferase U20 in complex with pinocembrin
要素Glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / Glutathione / Tau / Plant
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
pinocembrin / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Didierjean, C. / Favier, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Biochemical and Structural Insights on the Poplar Tau Glutathione Transferase GSTU19 and 20 Paralogs Binding Flavonoids.
著者: Sylvestre-Gonon, E. / Morette, L. / Viloria, M. / Mathiot, S. / Boutilliat, A. / Favier, F. / Rouhier, N. / Didierjean, C. / Hecker, A.
履歴
登録2022年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3724
ポリマ－24,9581
非ポリマー4143
水4,089227
1
A: Glutathione transferase
ヘテロ分子

A: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7448
ポリマ－49,9162
非ポリマー8286
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2940 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.338, 56.338, 182.615
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione transferase


分子量: 24957.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)
遺伝子: POPTR_008G175000, POPTR_1996s00210g / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D2X9R3, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-KML / pinocembrin / (2~{S})-5,7-bis(oxidanyl)-2-phenyl-2,3-dihydrochromen-4-one / ピノセンブリン


分子量: 256.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM calcium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 20 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 40026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5669 / CC1/2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8A08

8a08


解像度: 1.6→23.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Blow DPI: 0.087 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.083
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 1967 -RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2145 39907 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5223 Å20 Å20 Å2
2---1.5223 Å20 Å2
3---3.0446 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 28 227 1986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081838HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.882504HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d639SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes315HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1826HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion223SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1797SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.63
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.61 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 36 -
Rwork0.2722 --
obs0.2724 799 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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