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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a0e | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of DHS-eIF5A1 complex | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Hypusination / posttranslational modification | |||||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / positive regulation of T cell proliferation ...deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / positive regulation of T cell proliferation / translation initiation factor activity / ribosome binding / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / RNA binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Wator, E. / Wilk, P. / Biela, A.P. / Rawski, M. / Grudnik, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of human eIF5A-DHS complex reveals the molecular basis of hypusination-associated neurodegenerative disorders. 著者: Elżbieta Wątor / Piotr Wilk / Artur Biela / Michał Rawski / Krzysztof M Zak / Wieland Steinchen / Gert Bange / Sebastian Glatt / Przemysław Grudnik / ![]() ![]() 要旨: Hypusination is a unique post-translational modification of the eukaryotic translation factor 5A (eIF5A) that is essential for overcoming ribosome stalling at polyproline sequence stretches. The ...Hypusination is a unique post-translational modification of the eukaryotic translation factor 5A (eIF5A) that is essential for overcoming ribosome stalling at polyproline sequence stretches. The initial step of hypusination, the formation of deoxyhypusine, is catalyzed by deoxyhypusine synthase (DHS), however, the molecular details of the DHS-mediated reaction remained elusive. Recently, patient-derived variants of DHS and eIF5A have been linked to rare neurodevelopmental disorders. Here, we present the cryo-EM structure of the human eIF5A-DHS complex at 2.8 Å resolution and a crystal structure of DHS trapped in the key reaction transition state. Furthermore, we show that disease-associated DHS variants influence the complex formation and hypusination efficiency. Hence, our work dissects the molecular details of the deoxyhypusine synthesis reaction and reveals how clinically-relevant mutations affect this crucial cellular process. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 219.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15052MC ![]() 7a6sC ![]() 7a6tC ![]() 8a0fC ![]() 8a0gC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41098.461 Da / 分子数: 2 / 変異: K329A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 41130.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 16998.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-NAD / #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of human DHS-eIF5A / タイプ: COMPLEX / 詳細: monomer of eIF5A bound to homotetramer DHS. / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.181687 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 9.3 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: selected images were normalized and low-pass filtered | |||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1277576 / 詳細: autopicked particles | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 490582 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6XXJ |