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- PDB-7zyu: HDAC6 ZnF domain inhibitor - DARPin (Designed Ankyrin repeat prot... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zyu | |||||||||
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Title | HDAC6 ZnF domain inhibitor - DARPin (Designed Ankyrin repeat protein) F10 | |||||||||
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![]() | DE NOVO PROTEIN / Darpin / zinc finger | |||||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / erythrocyte enucleation / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / negative regulation of oxidoreductase activity / regulation of microtubule-based movement ...negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / erythrocyte enucleation / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / negative regulation of oxidoreductase activity / regulation of microtubule-based movement / parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / negative regulation of protein-containing complex disassembly / protein-containing complex disassembly / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / regulation of establishment of protein localization / positive regulation of tubulin deacetylation / tubulin deacetylation / regulation of autophagy of mitochondrion / Cilium Assembly / peptidyl-lysine deacetylation / tubulin deacetylase activity / collateral sprouting / Transcriptional regulation by RUNX2 / lysosome localization / negative regulation of protein acetylation / misfolded protein binding / negative regulation of microtubule depolymerization / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein deacetylation / cilium disassembly / response to growth factor / dendritic spine morphogenesis / histone deacetylase / aggresome assembly / regulation of androgen receptor signaling pathway / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of signaling receptor activity / cellular response to misfolded protein / aggresome / cellular response to parathyroid hormone stimulus / positive regulation of dendrite morphogenesis / Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides / regulation of fat cell differentiation / microtubule associated complex / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone deacetylase activity / response to corticosterone / dynein complex binding / axonal transport of mitochondrion / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of epithelial cell migration / cell leading edge / beta-tubulin binding / response to dexamethasone / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / histone deacetylase complex / response to immobilization stress / alpha-tubulin binding / cilium assembly / HSF1 activation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / inclusion body / axon cytoplasm / response to amphetamine / multivesicular body / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / transcription corepressor binding / ciliary basal body / ubiquitin binding / regulation of autophagy / caveola / negative regulation of proteolysis / actin filament organization / intracellular protein transport / Late endosomal microautophagy / Hsp90 protein binding / protein destabilization / regulation of protein stability / tau protein binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / autophagy / histone deacetylase binding / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / actin binding / cellular response to heat / microtubule binding / perikaryon / microtubule / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axon Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, L. / Kempf, G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Disrupting the HDAC6-ubiquitin interaction impairs infection by influenza and Zika virus and cellular stress pathways. Authors: Wang, L. / Moreira, E.A. / Kempf, G. / Miyake, Y. / Oliveira Esteves, B.I. / Fahmi, A. / Schaefer, J.V. / Dreier, B. / Yamauchi, Y. / Alves, M.P. / Pluckthun, A. / Matthias, P. #1: Journal: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 132.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 611.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3gv4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 12279.010 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9UBN7, histone deacetylase, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides | ||||||
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#2: Protein | Mass: 17172.498 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 3.6 M sodium formate, Bis-Tris 0.1M pH=6.7, 10% w/v Glycerol, 30% w/v 1,8-Diaminooctane(additive). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: May 11, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→58.29 Å / Num. obs: 11398 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 64.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19 |
Reflection shell | Resolution: 2.431→2.632 Å / Num. unique obs: 572 / CC1/2: 0.589 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3gv4 Resolution: 2.43→58.29 Å / SU ML: 0.2433 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / Phase error: 34.0046 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.43→58.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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