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- PDB-7zyu: HDAC6 ZnF domain inhibitor - DARPin (Designed Ankyrin repeat prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zyu
タイトルHDAC6 ZnF domain inhibitor - DARPin (Designed Ankyrin repeat protein) F10
要素
  • Designed Ankyrin repeat protein F10
  • Histone deacetylase 6
キーワードDE NOVO PROTEIN / Darpin / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / erythrocyte enucleation / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance ...negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / erythrocyte enucleation / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / regulation of microtubule-based movement / type 2 mitophagy / negative regulation of protein-containing complex disassembly / peroxidase inhibitor activity / regulation of establishment of protein localization / regulation of autophagy of mitochondrion / protein-containing complex disassembly / tubulin deacetylation / Cilium Assembly / collateral sprouting / tubulin deacetylase activity / Transcriptional regulation by RUNX2 / lysosome localization / negative regulation of microtubule depolymerization / positive regulation of dendrite morphogenesis / ATPase inhibitor activity / cilium disassembly / misfolded protein binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / positive regulation of type 2 mitophagy / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / dendritic spine morphogenesis / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / protein deacetylation / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / aggresome assembly / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / cellular response to misfolded protein / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / regulation of fat cell differentiation / protein lysine deacetylase activity / microtubule associated complex / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / aggresome / cellular response to parathyroid hormone stimulus / response to corticosterone / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of gene expression, epigenetic / axonal transport of mitochondrion / beta-tubulin binding / dynein complex binding / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / cell leading edge / response to dexamethasone / histone deacetylase complex / response to immobilization stress / positive regulation of epithelial cell migration / cilium assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / alpha-tubulin binding / regulation of macroautophagy / HSF1 activation / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of proteolysis / inclusion body / axon cytoplasm / multivesicular body / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin binding / actin filament organization / transcription corepressor binding / intracellular protein transport / Hsp90 protein binding / Late endosomal microautophagy / protein destabilization / regulation of protein stability / beta-catenin binding / caveola / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / tau protein binding / cellular response to hydrogen peroxide / histone deacetylase binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Chaperone Mediated Autophagy / protein polyubiquitination / Aggrephagy / actin binding / cellular response to heat
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Wang, L. / Kempf, G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation2014/264 スイス
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Disrupting the HDAC6-ubiquitin interaction impairs infection by influenza and Zika virus and cellular stress pathways.
著者: Wang, L. / Moreira, E.A. / Kempf, G. / Miyake, Y. / Oliveira Esteves, B.I. / Fahmi, A. / Schaefer, J.V. / Dreier, B. / Yamauchi, Y. / Alves, M.P. / Pluckthun, A. / Matthias, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2022年6月1日ID: 7ATT
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
B: Designed Ankyrin repeat protein F10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8348
ポリマ－29,4522
非ポリマー3826
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.391, 81.391, 103.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-306-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6 / HD6 / Tubulin-lysine deacetylase HDAC6


分子量: 12279.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC6, KIAA0901, JM21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBN7, histone deacetylase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質 Designed Ankyrin repeat protein F10


分子量: 17172.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 3.6 M sodium formate, Bis-Tris 0.1M pH=6.7, 10% w/v Glycerol, 30% w/v 1,8-Diaminooctane(additive).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→58.29 Å / Num. obs: 11398 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 64.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.431→2.632 Å / Num. unique obs: 572 / CC1/2: 0.589

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gv4

3gv4


解像度: 2.43→58.29 Å / SU ML: 0.2433 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 34.0046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 1071 5.06 %
Rwork0.2166 20108 -
obs0.2184 11396 73.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→58.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 15 10 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00342085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5892835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4652739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.540.342100.4158371X-RAY DIFFRACTION10.6
2.54-2.680.4514480.3678986X-RAY DIFFRACTION29.36
2.68-2.840.3751940.34491822X-RAY DIFFRACTION52.44
2.84-3.060.41111820.31013237X-RAY DIFFRACTION94.03
3.06-3.370.29591590.30683447X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.860.26192020.22823400X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.860.20311750.17743435X-RAY DIFFRACTION99.97
4.86-58.290.21582010.17013410X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00309096137-2.04812826092.614869473833.54336803968-1.913248165854.32893451736-0.6883253955610.237212594691.07993842838-0.335348400328-0.0351714039659-0.289711637241-0.433025871770.6193633507230.3906203609870.2390220331470.506287034282-0.671695690624-0.9321960927250.868970776503-0.1583276516257.1413012668453.960219660818.5552693706
22.373608485210.833605692862.685383080210.3236636208220.6759860550279.523149834090.522605287877-0.4492496372940.675415170749-0.208064052623-0.501260873657-0.885982648927-0.89929819591-0.8408353645770.1579043488770.6071209404420.122319614572-0.09737622799020.4335798128530.0003613275828290.52625787311712.128467584864.863483579517.4630747758
30.5470646226010.6047438012320.07319744858391.372450056220.1089508462990.365548697271-0.211051863761-0.1421652194810.603495505605-0.512881042065-0.236725971135-2.28620437335-0.1492132409720.709428989521-0.2371327070990.5167866012390.0541584267544-0.184811499020.9162516076750.2994263295350.94410373474729.701443309462.549092552124.8877468695
40.207922434866-0.296891034533-0.1813240710630.7186335727350.02912270212910.4006252178991.308512178950.5649196086370.3046463420010.82435990691-0.810833654857-0.7113247880310.4596056151790.7833435587050.00905052018090.804070159038-0.0769005155858-0.4293844359350.6352506380130.2182800936930.92684979788425.79630906257.508500245434.1695534406
50.350118887782-0.29330677066-0.3654313784230.3601325004620.3714499198450.257168916489-0.0694080592301-0.283316795855-0.01550373050020.474639508308-0.264587872443-0.741768029361-0.368920078644-0.100245699624-0.006457518839680.491379167035-0.13653699469-0.2296834456780.5100803736190.1993291964740.59428972529519.765190854464.64883379530.9877283698
60.2941297491850.0648603858268-0.7166622640340.0142963198613-0.336915099734.665306018240.09955515797980.186748849184-0.142756929230.3006017818810.548415281656-1.179429372060.512972146036-0.642791022746-0.08195942693540.433507472590.13033389204-0.2711055169850.3629083486830.09105460818110.88350125911122.197545047253.802790812125.6268772937
70.700257000982-0.332194659977-1.692439228070.3398452011731.333498123375.59387177241-0.409319431246-0.7719655521160.314450098352-0.350157386770.6031067164930.675833716621.20668039417-0.411123741567-0.1006932635760.4615828616330.0380466447302-0.1424537472720.3271359780570.1389166601310.6030510902310.179393273261.002352882826.8891807394
80.1526873643590.127706879287-0.07484330189530.378276190077-0.2773576138250.171094620842-0.2416223757310.20916563895-0.931479361891-0.337992492050.0982486625295-0.7619253620680.627277629468-0.125655397242-0.0001072772782890.667358910470.176335599088-0.07429744835860.5133928948310.05077334741070.6723499348820.217861947155.136407335716.2891491997
90.07134828292160.006877486740210.05196362959790.07629388378610.02422982456040.029093349619-0.221498246481-0.882177255986-0.383443609471-0.226456675019-0.699062855763-0.7475166882680.1955822859310.154538822638.11828837809E-50.7985188943310.516639600194-0.02500609222420.9365501411970.3161961898191.2646874173629.665195004748.536244493617.5761664787
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 1106:1112)AA1106 - 11121 - 7
22(chain A and resid 1113:1119)AA1113 - 11198 - 14
33(chain A and resid 1120:1135)AA1120 - 113515 - 30
44(chain A and resid 1136:1144)AA1136 - 114431 - 39
55(chain A and resid 1145:1173)AA1145 - 117340 - 68
66(chain A and resid 1174:1181)AA1174 - 118169 - 76
77(chain A and resid 1182:1188)AA1182 - 118877 - 83
88(chain A and resid 1189:1203)AA1189 - 120384 - 98
99(chain A and resid 1204:1212)AA1204 - 121299 - 107
1010(chain B and resid 3:21)BF3 - 211 - 19
1111(chain B and resid 22:30)BF22 - 3020 - 28
1212(chain B and resid 31:80)BF31 - 8029 - 78
1313(chain B and resid 81:94)BF81 - 9479 - 92
1414(chain B and resid 95:102)BF95 - 10293 - 100
1515(chain B and resid 103:124)BF103 - 124101 - 122
1616(chain B and resid 125:144)BF125 - 144123 - 142
1717(chain B and resid 145:154)BF145 - 154143 - 152
1818(chain B and resid 155:162)BF155 - 162153 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る