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- PDB-7zxy: 3.15 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zxy
タイトル3.15 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Synechocystis sp. PCC 6803 with natively bound plastoquinone and lipid molecules.
要素
  • (Cytochrome b6-f complex subunit ...) x 4
  • Cytochrome B6
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2
  • Cytochrome f
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome bc complexes / electron transfer / cytochrome b6f / photosynthesis / cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / membrane => GO:0016020 / photosynthesis ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN ...Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rudiment single hybrid motif / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cyclic nucleotide-binding domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL A / beta,beta-caroten-4-one / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / EICOSANE / Chem-PGV / Cytochrome B6 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2 ...CHLOROPHYLL A / beta,beta-caroten-4-one / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / EICOSANE / Chem-PGV / Cytochrome B6 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Malone, L.A. / Procter, M.S. / Farmer, D.F. / Swainsbury, D.J.K. / Hawkings, F.R. / Pastorelli, F. / Emrich-Mills, T.Z. / Siebert, A. / Hunter, C.N. / Hitchcock, A. / Johnson, M.P.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011151/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006630/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2019-045 英国
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytochrome b6f complex with and without the regulatory PetP subunit.
著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew ...著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew P Johnson / Andrew Hitchcock /
要旨: In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via ...In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via the Q-cycle. In addition to this central role in LET, cytb6f also participates in a range of processes including cyclic electron transfer (CET), state transitions and photosynthetic control. Many of the regulatory roles of cytb6f are facilitated by auxiliary proteins that differ depending upon the species, yet because of their weak and transient nature the structural details of these interactions remain unknown. An apparent key player in the regulatory balance between LET and CET in cyanobacteria is PetP, a ∼10 kDa protein that is also found in red algae but not in green algae and plants. Here, we used cryogenic electron microscopy to determine the structure of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytb6f complex in the presence and absence of PetP. Our structures show that PetP interacts with the cytoplasmic side of cytb6f, displacing the C-terminus of the PetG subunit and shielding the C-terminus of cytochrome b6, which binds the heme cn cofactor that is suggested to mediate CET. The structures also highlight key differences in the mode of plastoquinone binding between cyanobacterial and plant cytb6f complexes, which we suggest may reflect the unique combination of photosynthetic and respiratory electron transfer in cyanobacterial thylakoid membranes. The structure of cytb6f from a model cyanobacterial species amenable to genetic engineering will enhance future site-directed mutagenesis studies of structure-function relationships in this crucial ET complex.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Cytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2
E: Cytochrome B6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
I: Cytochrome b6
J: Cytochrome b6-f complex subunit 4
K: Cytochrome f
L: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2
M: Cytochrome B6
N: Cytochrome b6-f complex subunit 7
O: Cytochrome b6-f complex subunit 5
P: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,29039
ポリマ－213,30216
非ポリマー13,98823
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, native gel electrophoresis, homology, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AICKDL

#1: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 25075.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q57038
#3: タンパク質 Cytochrome f


分子量: 30512.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P26287
#4: タンパク質 Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2 / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein 2 / ISP 2 / RISP 2 / Rieske iron- ...Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein 2 / ISP 2 / RISP 2 / Rieske iron-sulfur protein 2


分子量: 19012.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
参照: UniProt: P26290, plastoquinol-plastocyanin reductase

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Cytochrome b6-f complex subunit ... , 4種, 8分子 BJFNGOHP

#2: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17455.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P27589
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit PetM / Cytochrome b6-f complex subunit VII


分子量: 3827.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74810
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit PetG / Cytochrome b6-f complex subunit V


分子量: 4061.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74149
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit PetN / Cytochrome b6-f complex subunit VIII


分子量: 3328.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72717

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EM

#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome B6


分子量: 3376.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6P1VG96

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非ポリマー , 7種, 23分子

#9: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#10: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#11: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#12: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#13: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #4-#6, #8 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 413442 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316035
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61221894
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.8472427
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432385
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052708

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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