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万見
- EMDB-15017: 3.15 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15017
タイトル3.15 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f complex from Synechocystis sp. PCC 6803 with natively bound plastoquinone and lipid molecules.
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 7種
キーワードcytochrome bc complexes / electron transfer / cytochrome b6f / photosynthesis / cyanobacteria / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / membrane => GO:0016020 / photosynthesis ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN ...Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rudiment single hybrid motif / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cyclic nucleotide-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome B6 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Malone LA / Procter MS / Farmer DF / Swainsbury DJK / Hawkings FR / Pastorelli F / Emrich-Mills TZ / Siebert A / Hunter CN / Hitchcock A / Johnson MP
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011151/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006630/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2019-045 英国
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytochrome b6f complex with and without the regulatory PetP subunit.
著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew ...著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew P Johnson / Andrew Hitchcock /
要旨: In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via ...In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via the Q-cycle. In addition to this central role in LET, cytb6f also participates in a range of processes including cyclic electron transfer (CET), state transitions and photosynthetic control. Many of the regulatory roles of cytb6f are facilitated by auxiliary proteins that differ depending upon the species, yet because of their weak and transient nature the structural details of these interactions remain unknown. An apparent key player in the regulatory balance between LET and CET in cyanobacteria is PetP, a ∼10 kDa protein that is also found in red algae but not in green algae and plants. Here, we used cryogenic electron microscopy to determine the structure of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytb6f complex in the presence and absence of PetP. Our structures show that PetP interacts with the cytoplasmic side of cytb6f, displacing the C-terminus of the PetG subunit and shielding the C-terminus of cytochrome b6, which binds the heme cn cofactor that is suggested to mediate CET. The structures also highlight key differences in the mode of plastoquinone binding between cyanobacterial and plant cytb6f complexes, which we suggest may reflect the unique combination of photosynthetic and respiratory electron transfer in cyanobacterial thylakoid membranes. The structure of cytb6f from a model cyanobacterial species amenable to genetic engineering will enhance future site-directed mutagenesis studies of structure-function relationships in this crucial ET complex.
履歴
登録2022年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å		1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å		1.06 Å/pix.
x 220 pix.
= 233.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0221
最小 - 最大-0.1518897 - 0.2722909
平均 (標準偏差)0.00060020294 (±0.00653787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 233.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15017_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15017_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone

全体名称: Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone
要素
  • 複合体: Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome B6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 8
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 4
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome f
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 5
  • リガンド: beta,beta-caroten-4-one
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: EICOSANE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone

超分子名称: Cytochrome b6f with natively associated lipids and plastoquinone
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #4-#6, #8
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

+
分子 #1: Cytochrome b6

分子名称: Cytochrome b6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 25.075533 KDa
配列文字列: MFSKEVTESK VFQWFNDRLE VQAISDDIAS KYVPPHVNIF YCLGGLTLTC FLIQFATGFA MTFYYKPTVT EAFASVQYIM NEVNFGWLI RSIHRWSASM MVLMMILHVF RVYLTGGFKK PRELTWVVGV MLAVTTVTFG VTGYSLPWDQ VGYWAVKIVS G VPAAIPVV ...文字列:
MFSKEVTESK VFQWFNDRLE VQAISDDIAS KYVPPHVNIF YCLGGLTLTC FLIQFATGFA MTFYYKPTVT EAFASVQYIM NEVNFGWLI RSIHRWSASM MVLMMILHVF RVYLTGGFKK PRELTWVVGV MLAVTTVTFG VTGYSLPWDQ VGYWAVKIVS G VPAAIPVV GDQLVTLMRG SESVGQATLT RFYSLHTFVL PWAIAVLLLL HFLMIRKQGI SGPL

UniProtKB: Cytochrome b6

+
分子 #2: Cytochrome b6-f complex subunit 4

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 17.455783 KDa
配列文字列:
MSIIKKPDLS DPDLRAKLAK GMGHNYYGEP AWPNDILYMF PICILGALGL IAGLAILDPA MIGEPADPFA TPLEILPEWY LYPTFQILR ILPNKLLGIA GMAAIPLGLM LVPFIESVNK FQNPFRRPIA MTVFLFGTAA ALWLGAGATF PIDKSLTLGL F

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 4

+
分子 #3: Cytochrome f

分子名称: Cytochrome f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 30.512734 KDa
配列文字列: YPFWAQETAP LTPREATGRI VCANCHLAQK AAEVEIPQAV LPDTVFEAVV KIPYDLDSQQ VLGDGSKGGL NVGAVLMLPE GFKIAPPDR LSEGLKEKVG GTYFQPYRED MENVVIVGPL PGEQYQEIVF PVLSPDPAKD KSINYGKFAV HLGANRGRGQ I YPTGLLSN ...文字列:
YPFWAQETAP LTPREATGRI VCANCHLAQK AAEVEIPQAV LPDTVFEAVV KIPYDLDSQQ VLGDGSKGGL NVGAVLMLPE GFKIAPPDR LSEGLKEKVG GTYFQPYRED MENVVIVGPL PGEQYQEIVF PVLSPDPAKD KSINYGKFAV HLGANRGRGQ I YPTGLLSN NNAFKAPNAG TISEVNALEA GGYQLILTTA DGTETVDIPA GPELIVSAGQ TVEAGEFLTN NPNVGGFGQK DT EVVLQNP TRIKFLVLFL AGIMLSQILL VLKKKQIEKV QAAELNF

UniProtKB: Cytochrome f

+
分子 #4: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2

分子名称: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: plastoquinol-plastocyanin reductase
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 19.012287 KDa
配列文字列:
MTQISGSPDV PDLGRRQFMN LLTFGTITGV AAGALYPAVK YLIPPSSGGS GGGVTAKDAL GNDVKVTEFL ASHNAGDRVL AQGLKGDPT YIVVQGDDTI ANYGINAVCT HLGCVVPWNA SENKFMCPCH GSQYNAEGKV VRGPAPLSLA LAHATVTDDD K LVLSTWTE TDFRTDEDPW WA

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 2

+
分子 #5: Cytochrome B6

分子名称: Cytochrome B6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
分子量理論値: 3.376149 KDa
配列文字列:
MAAGVGIFIG YIAVFTGVTL GLLYGLRFVK LI

UniProtKB: Cytochrome B6

+
分子 #6: Cytochrome b6-f complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 3.827555 KDa
配列文字列:
MTAESMLANG AFIMIGLTLL GLAWGFVIIK LQGSEE

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 7

+
分子 #7: Cytochrome b6-f complex subunit 5

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.061917 KDa
配列文字列:
MIEPLLLGIV LGLIPVTLAG LFVAAYLQYK RGNQFNL

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 5

+
分子 #8: Cytochrome b6-f complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 3.328965 KDa
配列文字列:
MDILTLGWVS VLVLFTWSIS MVVWGRNGF

UniProtKB: Cytochrome b6-f complex subunit 8

+
分子 #9: beta,beta-caroten-4-one

分子名称: beta,beta-caroten-4-one / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ECH
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / (9′Z)-β-エキネノン

+
分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #11: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #12: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #13: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 7 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #14: EICOSANE

分子名称: EICOSANE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: LFA
分子量理論値: 282.547 Da
Chemical component information

ChemComp-LFA:
EICOSANE / イコサン

+
分子 #15: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 413442
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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