PDB-7zxk: Human IL-27 in complex with neutralizing SRF388 FAb fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zxk

タイトル

Human IL-27 in complex with neutralizing SRF388 FAb fragment

要素

(Interleukin-27 subunit ...) x 2
SRF388 Heavy Chain
SRF388 Light Chain

キーワード

CYTOKINE / heterodimer / neutralizing / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / regulation of T cell proliferation / cytokine binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bloch, Y. / Skladanowska, K. / Strand, J. / Welin, M. / Logan, D. / Hill, J. / Savvides, S.N.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis of activation and antagonism of receptor signaling mediated by interleukin-27.
著者: Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Strand, J. / White, K.F. / Hua, J. / Aldridge, D. / Welin, M. / Logan, D.T. / Soete, A. / Merceron, R. / Murphy, C. / Provost, M. / Bazan, J.F. / Hunter, C.A. / ...

履歴

登録	2022年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zxk.cif.gz	723.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zxk.ent.gz	530.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zxk_validation.pdf.gz	505.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zxk_full_validation.pdf.gz	520.2 KB	表示
XML形式データ	7zxk_validation.xml.gz	58.9 KB	表示
CIF形式データ	7zxk_validation.cif.gz	83.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zxk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zg0C 5fucS 5ijkS 6azmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-27 subunit alpha

B: Interleukin-27 subunit beta

C: Interleukin-27 subunit alpha

D: Interleukin-27 subunit beta

H: SRF388 Heavy Chain

I: SRF388 Light Chain

J: SRF388 Heavy Chain

L: SRF388 Light Chain

ヘテロ分子

193 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Interleukin-27 subunit alpha

B: Interleukin-27 subunit beta

I: SRF388 Light Chain

J: SRF388 Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology, pdb 7zg0
96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Interleukin-27 subunit alpha

D: Interleukin-27 subunit beta

H: SRF388 Heavy Chain

L: SRF388 Light Chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.806, 104.622, 121.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.650, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
Interleukin-27 subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Interleukin-27 subunit alpha / IL-27 subunit alpha / IL-27-A / IL27-A / Interleukin-30 / p28 分子量: 24562.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Peprotech cat number 200-38 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL27, IL27A, IL30 / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEV9
#2: タンパク質	Interleukin-27 subunit beta / IL-27 subunit beta / IL-27B / Epstein-Barr virus-induced gene 3 protein / EBV-induced gene 3 protein 分子量: 23338.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Peprotech cat number 200-38 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EBI3, IL27B / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14213

#1: タンパク質

Interleukin-27 subunit alpha / IL-27 subunit alpha / IL-27-A / IL27-A / Interleukin-30 / p28

分子量: 24562.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Peprotech cat number 200-38 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL27, IL27A, IL30 / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEV9

#2: タンパク質

Interleukin-27 subunit beta / IL-27 subunit beta / IL-27B / Epstein-Barr virus-induced gene 3 protein / EBV-induced gene 3 protein

分子量: 23338.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Peprotech cat number 200-38 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EBI3, IL27B / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14213

-
抗体 , 2種, 4分子 HJIL

#3: 抗体	SRF388 Heavy Chain 分子量: 24235.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-EBNA 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体	SRF388 Light Chain 分子量: 23979.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO-EBNA 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 568分子

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate dibasic, 2.5 % glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→120.4 Å / Num. obs: 108947 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.23 % / B_iso Wilson estimate: 45.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.82
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 5.34 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 8013 / CC_1/2: 0.711 / R_rim(I) all: 2.081 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AZM,5IJK,5FUC

6azm

5ijk

5fuc

解像度: 2.2→60.18 Å / SU ML: 0.259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.5017
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2205	4363	5 %
R_work	0.1844	82940	-
obs	0.1862	87303	79.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→60.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12255	0	28	566	12849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12641
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5872	17207
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0424	1925
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	2198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9355	4602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3413	37	0.2405	660	X-RAY DIFFRACTION	18.99
2.23-2.25	0.2546	44	0.2518	724	X-RAY DIFFRACTION	21.73
2.25-2.28	0.3089	38	0.245	846	X-RAY DIFFRACTION	24.33
2.28-2.31	0.2947	54	0.2609	1041	X-RAY DIFFRACTION	30.32
2.31-2.34	0.2762	71	0.26	1243	X-RAY DIFFRACTION	36.22
2.34-2.37	0.262	78	0.2503	1501	X-RAY DIFFRACTION	43.81
2.37-2.4	0.2616	82	0.2574	1736	X-RAY DIFFRACTION	50.04
2.4-2.44	0.3101	111	0.2621	2035	X-RAY DIFFRACTION	59.25
2.44-2.48	0.345	123	0.2734	2342	X-RAY DIFFRACTION	67.15
2.48-2.52	0.2831	134	0.2651	2615	X-RAY DIFFRACTION	76.17
2.52-2.56	0.2764	185	0.253	2825	X-RAY DIFFRACTION	83.1
2.56-2.61	0.2762	151	0.2377	3169	X-RAY DIFFRACTION	91.71
2.61-2.66	0.2906	162	0.2338	3342	X-RAY DIFFRACTION	96.29
2.66-2.71	0.3042	185	0.228	3453	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.71-2.77	0.2811	190	0.2128	3411	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.77-2.84	0.2282	187	0.2165	3440	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.84-2.91	0.2391	172	0.2186	3470	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.91-2.99	0.2644	171	0.222	3457	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.99-3.07	0.2926	166	0.2258	3454	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.07-3.17	0.2897	203	0.2033	3411	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.17-3.29	0.2062	187	0.1808	3469	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.29-3.42	0.2224	174	0.1809	3478	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.42-3.57	0.1886	200	0.1696	3418	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.57-3.76	0.2275	177	0.1763	3470	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.76-4	0.2029	180	0.1662	3446	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4-4.31	0.1832	178	0.1412	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.1588	192	0.134	3481	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.74-5.42	0.1891	200	0.1423	3478	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.42-6.83	0.2109	147	0.1918	3516	X-RAY DIFFRACTION	99.73
6.83-60.18	0.204	184	0.1881	3538	X-RAY DIFFRACTION	99.02

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.13353966291	-0.248264988547	1.11649900514	3.65594095301	-0.163159106812	5.36700130277	0.000565783699292	0.0813502755195	-0.108984421697	0.0968627275607	0.0249487983386	-0.506684485336	-0.0841388347718	1.16964560293	-0.0138833324952	0.351798619255	-0.104861208886	0.020480032367	0.558807259687	-0.0785694799173	0.441331051564	28.2836797656	-8.2033918792	-13.6418251373
2	3.89149933481	1.16650476539	3.05540110565	2.78093438602	1.71032492115	2.93811069824	-0.0945872912784	-0.895687523769	0.471001835397	0.28436753093	0.240075615146	-0.522846391398	-0.401906824616	1.10472779178	-0.0336033633309	0.440545351027	-0.0471197913386	-0.0253329587183	1.17749131069	-0.279541633255	0.629310430847	34.9671188793	-3.26341696876	13.4367735127
3	5.15596688944	2.85018871347	-0.406032169441	5.84481180779	-0.430510012505	5.09252834419	-0.0976134003873	-0.389436788937	-0.0632874963703	0.150839524451	0.00643658361645	0.195712387887	0.605623442955	-0.063177049186	0.0988939180351	0.328488055369	0.100549979639	0.0490409910991	0.417542233578	-0.0673916827118	0.307974697237	9.95821707762	-21.586800019	8.35934018677
4	3.45616549418	0.294518834511	1.28156731207	2.52128898919	0.407350702669	4.50830001377	0.0352661234543	-0.281961223873	-0.00337107533754	-0.000877999981354	-0.0528300829172	0.331005678656	-0.114910486623	-0.818141008247	0.0109292727766	0.29578546237	0.113565779637	0.0416885921223	0.391867818904	0.0179459139007	0.303691681849	1.33830639911	-6.35132877821	-106.621195913
5	3.43179117321	-0.578897245934	1.40512068281	2.19622316027	-0.877478483403	0.7834234232	-0.0890557764289	1.1820230016	0.423034868941	-0.66523926328	0.0451418348776	0.433570881536	-0.975633663096	-1.25531696832	0.108779665307	0.710054289965	0.300868210086	-0.0912491631071	1.17916933536	0.101726740104	0.557241601707	-4.68660699321	-0.399945093548	-133.586039937
6	5.05468942401	-2.61656306192	-0.630670477253	6.27182028923	-0.22031731749	4.36848173858	-0.0576722007928	0.226449944412	-0.27069110304	-0.177834991839	-0.0657813832182	-0.0719007135233	0.454096805213	-0.262056492154	0.118515537798	0.243650587889	-0.0818669444232	0.0410911413385	0.252308891055	-0.0390173122064	0.240613064713	18.238533853	-20.7882375137	-128.985834788
7	2.31697986749	-1.05944187636	0.793700513488	3.65609320201	-1.05468569981	2.85110580513	-0.0521962979019	-0.0216975108398	-0.0213922695393	-0.321560476196	0.133378039212	-0.171629427694	0.264840277008	0.067458521805	-0.0797271076224	0.322801248365	-0.00586025737181	0.0160322261523	0.219645460581	-0.0382102292147	0.201954333781	17.7365282532	-21.1389704331	-86.7478919432
8	0.371759096784	0.166784412358	-0.872921565951	2.38941726402	1.06624429946	5.90072945304	-0.0160130672336	-0.127694379402	-0.108149505005	0.211990963594	0.0286410192938	-0.0023555524336	0.501964848615	0.100166908512	-0.0198158316466	0.483882415185	0.182277375628	-0.000362347515755	0.42131569374	0.0181575005023	0.435579416954	25.743341504	-35.4206275202	-58.5825643625
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10	3.26118753209	0.442076107509	-1.19651733915	4.2011156109	-1.04527379929	4.02905881898	0.122375802995	0.242034506511	0.114374398075	-0.290953267124	-0.0116849352896	0.0688650302366	0.16227855134	0.166682292908	-0.107545221517	0.266227715424	0.0207650243055	-0.0265157991707	0.258688397768	0.0726009632323	0.259750292108	-0.116847323772	-33.0971768633	-63.1647304123
11	1.52613562737	-0.0969889961148	1.85113074041	2.39890472588	-0.529054434877	5.68803659337	-0.107820396922	-0.110117551921	0.170825733151	0.089773805074	0.138565021734	-0.211838363536	-0.314054699149	0.162331741973	-0.0223382268449	0.339607251949	0.0247257117661	0.0169856461832	0.270832013774	-0.084975458405	0.327310260918	24.5273869329	-3.99147555031	-74.5008466907
12	2.03833546255	-1.07601856812	0.638961034183	4.86010664804	-0.998534620381	3.28544650317	-0.0872864350998	-0.209296399408	-0.159582636082	0.431343362824	0.0517456516233	-1.06596172296	0.322287514012	0.752826655822	0.0773150758024	0.501937242933	0.272622392419	-0.153202787361	0.699802124253	-0.0353917246301	0.542063533774	40.0888106269	-32.0065597916	-53.4377898335
13	1.56015026543	-0.0130993346682	1.03867522405	1.22531013794	-1.16082674836	5.03158400774	-0.118074037545	0.0332248136342	0.325137017774	0.0103015745566	0.0636818950965	0.0362805256858	-0.570907544749	-0.0158386663792	0.0621268630817	0.427212348175	-0.0143888855132	0.046687760454	0.203366393896	0.036670838824	0.39197772806	5.63297614995	-2.19257122078	-45.4432695563
14	1.54598888366	0.595435872766	0.0481401980857	5.12114460744	-0.757046825263	2.7367814943	0.0170881750865	0.104385578356	0.105605700566	-0.56970919606	0.0613100157085	1.17434175265	0.0802267965537	-0.386762460041	-0.0873569413873	0.359011882888	0.0135514006131	-0.148756890464	0.4317886734	0.114918989401	0.50863849569	-13.7244354647	-26.8878626638	-67.420203255

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain A and protein	A	A	35 - 227	1 - 160
2	2	chain B and (resid 1:127 or resid 240)	B	B - C	31 - 240	1
3	3	chain B and resid 128:230	B	B	128 - 226	82 - 180
4	4	chain C and protein	C	D	31 - 226	1 - 166
5	5	chain D and (resid 1:127 or resid 240)	D	E - F	31 - 240	1
6	6	chain D and resid 128:230	D	E	128 - 225	78 - 175
7	7	chain H and resid 1:128	H	G	1 - 128	1 - 128
8	8	chain H and resid 129:400	H	G	129 - 226	129 - 226
9	9	chain J and resid 1:128	J	I	1 - 128	1 - 128
10	10	chain J and resid 129:400	J	I	129 - 229	129 - 229
11	11	chain L and resid 1:115	L	J	1 - 115	1 - 115
12	12	chain L and resid 116:400	L	J	116 - 219	116 - 219
13	13	chain I and resid 1:115	I	H	1 - 115	1 - 115
14	14	chain I and resid 116:400	I	H	116 - 220	116 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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