+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zxk | ||||||
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Title | Human IL-27 in complex with neutralizing SRF388 FAb fragment | ||||||
Components |
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Keywords | CYTOKINE / heterodimer / neutralizing / antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / regulation of T cell proliferation / cytokine binding ...interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / regulation of T cell proliferation / cytokine binding / humoral immune response / T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / receptor complex / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Bloch, Y. / Skladanowska, K. / Strand, J. / Welin, M. / Logan, D. / Hill, J. / Savvides, S.N. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2022 Title: Structural basis of activation and antagonism of receptor signaling mediated by interleukin-27. Authors: Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Strand, J. / White, K.F. / Hua, J. / Aldridge, D. / Welin, M. / Logan, D.T. / Soete, A. / Merceron, R. / Murphy, C. / Provost, M. / Bazan, J.F. / Hunter, C.A. ...Authors: Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Strand, J. / White, K.F. / Hua, J. / Aldridge, D. / Welin, M. / Logan, D.T. / Soete, A. / Merceron, R. / Murphy, C. / Provost, M. / Bazan, J.F. / Hunter, C.A. / Hill, J.A. / Savvides, S.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zxk.cif.gz | 723.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zxk.ent.gz | 530.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zxk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7zxk_validation.pdf.gz | 505.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7zxk_full_validation.pdf.gz | 520.2 KB | Display | |
Data in XML | 7zxk_validation.xml.gz | 58.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7zxk_validation.cif.gz | 83.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zxk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7zg0C 5fucS 5ijkS 6azmS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Interleukin-27 subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 24562.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Peprotech cat number 200-38 / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL27, IL27A, IL30 / Cell (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q8NEV9 #2: Protein | Mass: 23338.732 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Peprotech cat number 200-38 / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EBI3, IL27B / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q14213 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HJIL
#3: Antibody | Mass: 24235.074 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): CHO-EBNA / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #4: Antibody | Mass: 23979.582 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): CHO-EBNA / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
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-Sugars / Non-polymers , 2 types, 568 molecules
#5: Sugar | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate dibasic, 2.5 % glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→120.4 Å / Num. obs: 108947 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.23 % / Biso Wilson estimate: 45.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.82 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 5.34 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 8013 / CC1/2: 0.711 / Rrim(I) all: 2.081 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6AZM,5IJK,5FUC Resolution: 2.2→60.18 Å / SU ML: 0.259 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.5017 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→60.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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