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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zxk | ||||||
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Title | Human IL-27 in complex with neutralizing SRF388 FAb fragment | ||||||
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![]() | CYTOKINE / heterodimer / neutralizing / antibody | ||||||
Function / homology | ![]() interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / regulation of T cell proliferation / cytokine binding ...interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / cytokine receptor activity / T-helper 1 type immune response / regulation of T cell proliferation / cytokine binding / humoral immune response / T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / receptor complex / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bloch, Y. / Skladanowska, K. / Strand, J. / Welin, M. / Logan, D. / Hill, J. / Savvides, S.N. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of activation and antagonism of receptor signaling mediated by interleukin-27. Authors: Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Strand, J. / White, K.F. / Hua, J. / Aldridge, D. / Welin, M. / Logan, D.T. / Soete, A. / Merceron, R. / Murphy, C. / Provost, M. / Bazan, J.F. / Hunter, C.A. ...Authors: Skladanowska, K. / Bloch, Y. / Strand, J. / White, K.F. / Hua, J. / Aldridge, D. / Welin, M. / Logan, D.T. / Soete, A. / Merceron, R. / Murphy, C. / Provost, M. / Bazan, J.F. / Hunter, C.A. / Hill, J.A. / Savvides, S.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 58.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 83.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7zg0C ![]() 5fucS ![]() 5ijkS ![]() 6azmS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Interleukin-27 subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 24562.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Peprotech cat number 200-38 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 23338.732 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Peprotech cat number 200-38 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HJIL
#3: Antibody | Mass: 24235.074 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Antibody | Mass: 23979.582 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars / Non-polymers , 2 types, 568 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Sugar | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate dibasic, 2.5 % glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→120.4 Å / Num. obs: 108947 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.23 % / Biso Wilson estimate: 45.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.82 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 5.34 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 8013 / CC1/2: 0.711 / Rrim(I) all: 2.081 / % possible all: 99.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6AZM,5IJK,5FUC Resolution: 2.2→60.18 Å / SU ML: 0.259 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.5017 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→60.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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