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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zxd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor | ||||||
![]() | Steroid C26-monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP / tuberculosis / mycobacterium / inhibitor / cholesterol / p450 / cytochrome / TB / monooxygenase / CYP125 | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / biological process involved in interaction with host / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Snee, M. / Katariya, M. / Levy, C. / Leys, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure Based Discovery of Inhibitors of CYP125 and CYP142 from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Katariya, M.M. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Kavanagh, M.E. / Boshoff, H.I.M. / Amadi, C.N. / Levy, C.W. / Munro, A.W. / Abell, C. / Leys, D. / Coyne, A.G. / McLean, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 620.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 428.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qjlC ![]() 7qkeC ![]() 7qnnC ![]() 7qwnC ![]() 7r1iC ![]() 7r3uC ![]() 7yxfC ![]() 7zlzC ![]() 7zqrC ![]() 7zsuC ![]() 7zt0C ![]() 2xn8S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 46663.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cyp125, cyp125A1, Rv3545c, MTCY03C7.11 / プラスミド: pET21A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WPP1, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] |
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-非ポリマー , 5種, 384分子 ![](data/chem/img/KB9.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-KB9 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1M MES pH 6.2, 1.9M Ammonium sulphate / Temp details: 4C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→47.91 Å / Num. obs: 79538 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4496 / CC1/2: 0.904 / Rpim(I) all: 0.2 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XN8 解像度: 2.09→47.91 Å / SU ML: 0.2543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.3453 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→47.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 29.8258885146 Å / Origin y: -4.3654008365 Å / Origin z: 38.1678568254 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |