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- PDB-7qjl: Crystal structure of CYP142 from Mycobacterium tuberculosis in co... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qjl | ||||||
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Title | Crystal structure of CYP142 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor | ||||||
![]() | Steroid C26-monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP / P450 / Complex / Inhibitor / TB / Tuberculosis / cholesterol / Cytochrome / Heme | ||||||
Function / homology | ![]() cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Snee, M. / Levy, C. / Katariya, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure Based Discovery of Inhibitors of CYP125 and CYP142 from Mycobacterium tuberculosis. Authors: Katariya, M.M. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Kavanagh, M.E. / Boshoff, H.I.M. / Amadi, C.N. / Levy, C.W. / Munro, A.W. / Abell, C. / Leys, D. / Coyne, A.G. / McLean, K.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 324.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 222.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qkeC ![]() 7qnnC ![]() 7qwnC ![]() 7r1iC ![]() 7r3uC ![]() 7yxfC ![]() 7zlzC ![]() 7zqrC ![]() 7zsuC ![]() 7zt0C ![]() 7zxdC ![]() 2xkrS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 44371.238 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P9WPL5, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] |
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-Non-polymers , 5 types, 499 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/DQE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/DQE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-ACT / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-BR / #5: Chemical | ChemComp-DQE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 8% w/v PEG 20,000, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1M Sodium acetate pH 4.5, 0.25M KBr Temp details: 4C |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.38→66.17 Å / Num. obs: 99205 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.38→1.4 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4848 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.636 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2XKR Resolution: 1.38→51.06 Å / SU ML: 0.1346 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 15.6389 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.38→51.06 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.3270247399 Å / Origin y: 45.1534219368 Å / Origin z: 82.6401864379 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |