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- PDB-7qnn: Crystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qnn
タイトルCrystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor (surface entropy reduction mutant)
要素Steroid C26-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / CYP / Tuberculosis / cholesterol / inhibitor / complex / surface / entropy / reduction / cytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / biological process involved in interaction with host / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E93 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Steroid C26-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Snee, M. / Tunnicliffe, R. / Leys, D. / Levy, C. / Katariya, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Structure Based Discovery of Inhibitors of CYP125 and CYP142 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Katariya, M.M. / Snee, M. / Tunnicliffe, R.B. / Kavanagh, M.E. / Boshoff, H.I.M. / Amadi, C.N. / Levy, C.W. / Munro, A.W. / Abell, C. / Leys, D. / Coyne, A.G. / McLean, K.J.
履歴
登録2021年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年4月5日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 2.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid C26-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4543
ポリマ－46,4891
非ポリマー9652
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.364, 120.020, 145.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-715-

HOH

21A-718-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Steroid C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en- ...Cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / Cholesterol C26-monooxygenase / Cholesterol C26-monooxygenase [(25S)-3beta-hydroxycholest-5-en-26-oate forming] / Cytochrome P450 125 / Steroid C27-monooxygenase


分子量: 46489.078 Da / 分子数: 1 / 変異: K153A, K332A, K333A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cyp125, cyp125A1, Rv3545c, MTCY03C7.11 / プラスミド: Pet21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P9WPP1, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-E93 / ethyl 1-(cyclopentylmethyl)-5-pyridin-4-yl-indole-2-carboxylate


分子量: 348.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % / 解説: Thin and plate like
結晶化温度: 277.14 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 22% PEG 800, 0.1M Cacodylate pH 5.0, 0.2M Sodium acetate trihydrate.
Temp details: 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→145.61 Å / Num. obs: 17538 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 48.66 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.47→2.57 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.6 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1939 / CC1/2: 0.849 / Rpim(I) all: 0.453 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IW0

3iw0


解像度: 2.47→72.81 Å / SU ML: 0.3844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6543
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 861 4.93 %
Rwork0.1998 16607 -
obs0.2021 17468 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→72.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3207 0 69 121 3397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71294631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0425473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1487483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.630.33831330.31682714X-RAY DIFFRACTION99.44
2.63-2.830.3441470.28542701X-RAY DIFFRACTION99.65
2.83-3.110.3241490.26212745X-RAY DIFFRACTION99.69
3.11-3.560.27011360.21532752X-RAY DIFFRACTION99.86
3.56-4.490.21611280.17582805X-RAY DIFFRACTION99.97
4.49-72.810.19941680.15162890X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.3132266852 Å / Origin y: -20.2714824718 Å / Origin z: -18.1207843221 Å
111213212223313233
T0.349229797338 Å2-0.0280726080823 Å20.00625963892764 Å2-0.400958654767 Å2-0.0447258479744 Å2--0.231766148892 Å2
L0.945571054303 °2-0.0206017838639 °2-0.199155070182 °2-1.54788020102 °2-0.383812684036 °2--1.54740179622 °2
S0.0708321441638 Å °-0.0117296871625 Å °0.0773494239584 Å °-0.0720799289279 Å °-0.023225201676 Å °-0.06031146303 Å °-0.202034576045 Å °0.159399540561 Å °-0.0455363857738 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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