PDB-7zw3: Crystal Structure of human MAO B in complex with (Z)-N-benzyl-1-(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zw3

タイトル

Crystal Structure of human MAO B in complex with (Z)-N-benzyl-1-(8-hydroxyquinolin-2-yl)methanimine oxide (inhibitor 19)

要素

Amine oxidase [flavin-containing] B

キーワード

FLAVOPROTEIN / Monoamine Oxidase / Alzheimer's disease / enzyme / drug / mitochondrial membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / response to aluminum ion / negative regulation of serotonin secretion / response to selenium ion / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Binda, C. / Gottinger, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023
タイトル: 8-Hydroxyquinolylnitrones as multifunctional ligands for the therapy of neurodegenerative diseases.
著者: Knez, D. / Diez-Iriepa, D. / Chioua, M. / Gottinger, A. / Denic, M. / Chantegreil, F. / Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Skrzypczak-Wiercioch, A. / Meden, A. / Pislar, A. / Kos, J. / Zakelj, S. ...

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zw3.cif.gz	238.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zw3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zw3_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zw3_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7zw3_validation.xml.gz	44.1 KB	表示
CIF形式データ	7zw3_validation.cif.gz	64.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/7zw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/7zw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qbqC 7qbrC 7zpbC 2v5zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Amine oxidase [flavin-containing] B

BBB: Amine oxidase [flavin-containing] B

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.644, 222.399, 86.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

#1: タンパク質	Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase type B / MAO-B 分子量: 58837.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / N-ドデシル-N,N-ジメチル-1-アンモニオ-3-プロパンスルホナ-ト分子量: 336.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₈NO₃S
#4: 化合物	ChemComp-AI0 / 1-(8-oxidanylquinolin-2-yl)-N-(phenylmethyl)methanimine oxide / (Z)-N-benzyl-1-(8-hydroxyquinolin-2-yl)methanimine oxide 分子量: 278.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12 % (w/v) PEG 4000, 100 mM ADA buffer pH 6.5, 70 mM Lithium Sulfate, 4.5 mM Zwittergent 3-12

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.34 Å / Num. obs: 84901 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.117 / R_rim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4484 / CC_1/2: 0.617 / R_pim(I) all: 0.628 / R_rim(I) all: 0.99 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V5Z

2v5z

解像度: 2→47.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.725 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	2205	2.598 %
R_work	0.1661	82667	-
all	0.167	-	-
obs	-	84872	99.156 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.933 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.635 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.223 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.412 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7926	0	174	689	8789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	8354
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.672	11370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.764	1.584	18235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.727	5	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.018	21.655	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.969	15	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	21.092	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.624	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	7486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	4033
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.178	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.373	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.278	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.628	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.617	2.068	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.613	2.067	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.318	3.091	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.319	3.092	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.688	2.435	4358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.688	2.436	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.158	3.53	6365
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.157	3.531	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.52	24.91	9666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.446	24.685	9536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.262	185	0.236	6118	X-RAY DIFFRACTION	99.7468
2.052-2.108	0.252	137	0.223	5910	X-RAY DIFFRACTION	99.6047
2.108-2.169	0.218	151	0.204	5733	X-RAY DIFFRACTION	99.5938
2.169-2.236	0.22	154	0.185	5584	X-RAY DIFFRACTION	99.3249
2.236-2.309	0.213	144	0.177	5483	X-RAY DIFFRACTION	99.4697
2.309-2.39	0.171	136	0.161	5256	X-RAY DIFFRACTION	99.465
2.39-2.48	0.168	147	0.16	5019	X-RAY DIFFRACTION	99.3462
2.48-2.582	0.243	121	0.168	4906	X-RAY DIFFRACTION	99.3871
2.582-2.696	0.205	138	0.168	4676	X-RAY DIFFRACTION	99.3602
2.696-2.828	0.215	135	0.167	4457	X-RAY DIFFRACTION	99.3294
2.828-2.981	0.189	108	0.161	4311	X-RAY DIFFRACTION	99.7742
2.981-3.162	0.21	86	0.158	4084	X-RAY DIFFRACTION	99.8085
3.162-3.38	0.19	102	0.147	3772	X-RAY DIFFRACTION	98.2003
3.38-3.65	0.192	91	0.152	3515	X-RAY DIFFRACTION	98.3633
3.65-3.998	0.182	86	0.146	3265	X-RAY DIFFRACTION	98.7331
3.998-4.469	0.192	81	0.139	2980	X-RAY DIFFRACTION	98.7738
4.469-5.159	0.195	69	0.137	2650	X-RAY DIFFRACTION	98.8368
5.159-6.316	0.205	65	0.17	2218	X-RAY DIFFRACTION	98.2358
6.316-8.918	0.179	44	0.154	1744	X-RAY DIFFRACTION	97.2796
8.918-47.34	0.285	25	0.209	986	X-RAY DIFFRACTION	92.6673

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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