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万見
- PDB-7zvt: CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvt
タイトルCryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
  • X-ray repair cross-complementing protein 5
  • X-ray repair cross-complementing protein 6
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NHEJ / Ku70 / Ku80 / DNA damage
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte differentiation / small-subunit processome assembly / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / cellular response to X-ray / regulation of smooth muscle cell proliferation ...positive regulation of lymphocyte differentiation / small-subunit processome assembly / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / cellular response to X-ray / regulation of smooth muscle cell proliferation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA ligation / IRF3-mediated induction of type I IFN / nuclear telomere cap complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / positive regulation of catalytic activity / U3 snoRNA binding / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular response to fatty acid / positive regulation of neurogenesis / cellular hyperosmotic salinity response / hematopoietic stem cell proliferation / telomeric DNA binding / 2-LTR circle formation / : / site of DNA damage / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / activation of innate immune response / enzyme activator activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA helicase activity / telomere maintenance / cyclin binding / neurogenesis / protein-DNA complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / small-subunit processome / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / secretory granule lumen / DNA recombination / transcription regulator complex / ficolin-1-rich granule lumen / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta ...Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / X-ray repair cross-complementing protein 6 / X-ray repair cross-complementing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Hardwick, S.W. / Kefala-Stavridi, A. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L. / Chaplin, A.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200814/Z/16/Z; 2016 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structural and functional basis of inositol hexaphosphate stimulation of NHEJ through stabilization of Ku-XLF interaction.
著者: Antonia Kefala Stavridi / Amandine Gontier / Vincent Morin / Philippe Frit / Virginie Ropars / Nadia Barboule / Carine Racca / Sagun Jonchhe / Michael J Morten / Jessica Andreani / Alexey Rak ...著者: Antonia Kefala Stavridi / Amandine Gontier / Vincent Morin / Philippe Frit / Virginie Ropars / Nadia Barboule / Carine Racca / Sagun Jonchhe / Michael J Morten / Jessica Andreani / Alexey Rak / Pierre Legrand / Alexa Bourand-Plantefol / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Paul Davey / Taiana Maia De Oliveira / Eli Rothenberg / Sebastien Britton / Patrick Calsou / Tom L Blundell / Paloma F Varela / Amanda K Chaplin / Jean-Baptiste Charbonnier /
要旨: The classical Non-Homologous End Joining (c-NHEJ) pathway is the predominant process in mammals for repairing endogenous, accidental or programmed DNA Double-Strand Breaks. c-NHEJ is regulated by ...The classical Non-Homologous End Joining (c-NHEJ) pathway is the predominant process in mammals for repairing endogenous, accidental or programmed DNA Double-Strand Breaks. c-NHEJ is regulated by several accessory factors, post-translational modifications, endogenous chemical agents and metabolites. The metabolite inositol-hexaphosphate (IP6) stimulates c-NHEJ by interacting with the Ku70-Ku80 heterodimer (Ku). We report cryo-EM structures of apo- and DNA-bound Ku in complex with IP6, at 3.5 Å and 2.74 Å resolutions respectively, and an X-ray crystallography structure of a Ku in complex with DNA and IP6 at 3.7 Å. The Ku-IP6 interaction is mediated predominantly via salt bridges at the interface of the Ku70 and Ku80 subunits. This interaction is distant from the DNA, DNA-PKcs, APLF and PAXX binding sites and in close proximity to XLF binding site. Biophysical experiments show that IP6 binding increases the thermal stability of Ku by 2°C in a DNA-dependent manner, stabilizes Ku on DNA and enhances XLF affinity for Ku. In cells, selected mutagenesis of the IP6 binding pocket reduces both Ku accrual at damaged sites and XLF enrolment in the NHEJ complex, which translate into a lower end-joining efficiency. Thus, this study defines the molecular bases of the IP6 metabolite stimulatory effect on the c-NHEJ repair activity.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*T)-3')
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5705
ポリマ－161,9104
非ポリマー6601
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area22830 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area49750 Å2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*C)-3')


分子量: 4190.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*T)-3')


分子量: 4962.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP- ...5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 69945.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC6, G22P1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#4: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase ...86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 82812.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5, G22P2
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#5: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ku70/80 heterodimer bound to DNA / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.25 sec. / 電子線照射量: 44.39 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6924

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Warp粒子像選択
2EPU画像取得
4WarpCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2143882
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 276013 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 84.85 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00349078
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.528512378
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03951388
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00311478
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.01641391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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