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万見
- PDB-7zvl: HUMAN PRMT5:MEP50 Crystal Structure With MTA and Fragment Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvl
タイトルHUMAN PRMT5:MEP50 Crystal Structure With MTA and Fragment Bound
要素
  • Methylosome protein 50
  • Protein arginine N-methyltransferase 5
キーワードTRANSFERASE / MTAP / methyl transferase / fragment-based lead discovery / FBDD
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H3R8 methyltransferase activity ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H2AQ104 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / regulation of mitotic nuclear division / histone methyltransferase activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / E-box binding / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ribonucleoprotein complex binding / liver regeneration / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / circadian regulation of gene expression / DNA-templated transcription termination / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. ...: / Protein arginine N-methyltransferase PRMT5 / PRMT5, TIM barrel domain / PRMT5, oligomerisation domain / PRMT5 TIM barrel domain / PRMT5 oligomerisation domain / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / PRMT5 arginine-N-methyltransferase / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Unknown ligand / Protein arginine N-methyltransferase 5 / Methylosome protein WDR77
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Ahmad, M.U. / Koelmel, W. / Arkhipova, V. / Lawson, J.D. / Smith, C.R. / Gunn, R.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: Fragment optimization and elaboration strategies - the discovery of two lead series of PRMT5/MTA inhibitors from five fragment hits.
著者: Smith, C.R. / Kulyk, S. / Ahmad, M.U.D. / Arkhipova, V. / Christensen, J.G. / Gunn, R.J. / Ivetac, A. / Ketcham, J.M. / Kuehler, J. / Lawson, J.D. / Thomas, N.C. / Wang, X. / Marx, M.A.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 5
B: Methylosome protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1437
ポリマ－111,6262
非ポリマー5175
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area36850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.576, 138.392, 178.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 5 / 72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / ...72 kDa ICln-binding protein / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT5 / Jak-binding protein 1 / Shk1 kinase-binding protein 1 homolog / SKB1Hs


分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質 Methylosome protein 50 / MEP-50 / Androgen receptor cofactor p44 / WD repeat-containing protein 77 / p44/Mep50


分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BQA1

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非ポリマー , 5種, 140分子

#3: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% PEG3350, 100 mM Na citrate pH 5.4, 100mM Carboxylic acids

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9197 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→109.37 Å / Num. obs: 21837 / % possible obs: 85.56 % / Observed criterion σ(I): 1.85 / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.38→2.75 Å / Num. unique obs: 1092 / CC1/2: 0.83 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSFeb 5, 2021 (BUILT 20210323)データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EML

5eml


解像度: 2.39→109.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 29.439 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.554 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1124 5.1 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
obs0.2193 20713 43.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 229.22 Å2 / Biso mean: 65.392 Å2 / Biso min: 7.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2---2.95 Å2-0 Å2
3---2.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→109.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7399 0 46 135 7580
Biso mean--48.6 32.03 -
残基数----935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.64110443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.261.5716062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4755937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4322.306399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.715151231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.781547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021630
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.448 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.612 7 -
Rwork0.423 96 -
obs--2.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0368-0.1427-0.04510.71080.10261.11640.03560.0229-0.0041-0.09540.0062-0.0239-0.16370.4653-0.04170.1245-0.04630.02880.4145-0.04110.067420.642-61.3765-19.3429
21.02650.4186-0.56351.0367-0.13342.2948-0.12620.126-0.06-0.21940.1646-0.08681.07230.7283-0.03840.82040.5639-0.02630.616-0.0980.029528.3126-110.8105-37.6205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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