PDB-7zul: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with 8Az lacton...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zul

タイトル

PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with 8Az lactone - Streptococcus pneumoniae R6

要素

Penicillin-binding protein 1b

キーワード

TRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / INFECTION / DRUG-BINDING PROTEIN / LACTAM ANTIBIOTICS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.744 Å

データ登録者

Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Martins, A. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Nauta, K.M. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

資金援助

フランス,

米国, 6件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-INBS-0005-02	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-17-EURE-0003	フランス
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	R01 GM128439	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	K12 GM119955	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	TL1R002493	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	UL1TR002494	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Combined Structural Analysis and Molecular Dynamics Reveal Penicillin-Binding Protein Inhibition Mode with beta-Lactones.
著者: Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Martins, A. / Nauta, K.N. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zul.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zul.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zuhC 7zuiC 7zujC 7zukC 2bg1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Penicillin-binding protein 1b

ヘテロ分子

90.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.934, 149.773, 98.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-917- CL
2	1	AAA-928- CL

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1b 分子量: 89461.227 Da / 分子数: 1 / 変異: N656G R686Q R687Q / 由来タイプ: 組換発現詳細: ENGINEERED RESIDUE ASN TO GLY ENGINEERED RESIDUE ARG TO GLN ENGINEERED RESIDUE ARG TO GLN 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: pbp1b, spr1909 / プラスミド: PGEX-Amp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7CRA4, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JWL / 6-azido-N-[(2R)-1-oxidanylidene-1-[[(2S,3R)-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-3-phenyl-propan-2-yl]hexanamide / Beta-lactone antibacterial agent (open form) 分子量: 389.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₇N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.744→42.251 Å / Num. obs: 71666 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 38.906 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_sym value: 0.1025 / Net I/σ(I): 8.01
反射シェル	解像度: 1.744→1.85 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 11252 / CC_1/2: 0.248 / R_sym value: 1.972 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	20210323	データ削減
XSCALE	20210323	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BG1 WITHOUT RESIDUES 654 TO 660

2bg1

解像度: 1.744→42.251 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 5.879 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	2192	3.059 %
R_work	0.1802	69473	-
all	0.181	-	-
obs	-	71665	97.736 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.285 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.993 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.993 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.744→42.251 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	55	383	3944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.015	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.642	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.329	1.578	7727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.272	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.292	23.656	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.929	15	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.911	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.109	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.529	3.166	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.524	3.166	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.116	4.741	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.117	4.742	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.202	3.581	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.12	3.578	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.899	5.197	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.898	5.2	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.473	39.02	4252
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.434	38.247	4194

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.744-1.79	0.538	142	0.511	4863	0.512	5351	0.633	0.63	93.5339	0.52
1.79-1.838	0.432	143	0.44	4941	0.44	5235	0.553	0.586	97.1156	0.445
1.838-1.892	0.394	142	0.352	4769	0.353	5077	0.721	0.73	96.7304	0.348
1.892-1.95	0.335	135	0.295	4708	0.296	4949	0.837	0.845	97.8582	0.278
1.95-2.014	0.259	142	0.259	4554	0.259	4795	0.89	0.893	97.9353	0.227
2.014-2.084	0.286	134	0.253	4412	0.254	4638	0.892	0.906	98.0164	0.218
2.084-2.163	0.232	130	0.217	4291	0.218	4489	0.926	0.932	98.4852	0.181
2.163-2.251	0.227	142	0.199	4105	0.2	4322	0.93	0.94	98.2647	0.164
2.251-2.35	0.204	125	0.175	3970	0.176	4141	0.944	0.956	98.8892	0.143
2.35-2.465	0.207	124	0.172	3804	0.173	3973	0.948	0.955	98.8674	0.141
2.465-2.598	0.221	117	0.175	3604	0.177	3770	0.944	0.954	98.7003	0.149
2.598-2.754	0.189	115	0.166	3390	0.167	3593	0.96	0.962	97.5508	0.15
2.754-2.944	0.211	115	0.179	3250	0.18	3385	0.949	0.955	99.4092	0.168
2.944-3.178	0.214	100	0.172	3021	0.174	3146	0.944	0.958	99.2053	0.173
3.178-3.48	0.192	93	0.149	2786	0.151	2913	0.95	0.965	98.8328	0.159
3.48-3.887	0.154	86	0.128	2520	0.129	2657	0.973	0.977	98.0805	0.143
3.887-4.482	0.154	61	0.137	2241	0.137	2336	0.965	0.974	98.5445	0.159
4.482-5.474	0.153	63	0.146	1862	0.147	2009	0.977	0.977	95.8188	0.173
5.474-7.677	0.202	46	0.169	1519	0.17	1583	0.96	0.96	98.8629	0.193
7.677-42.251	0.209	37	0.201	864	0.202	956	0.82	0.895	94.2469	0.243

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.5636	-1.5148	-5.5624	1.4967	1.6024	3.2623	-0.2254	-0.0073	0.0688	-0.0034	0.0881	-0.0008	0.0457	-0.0019	0.1373	0.376	0.0635	0.0002	0.1422	-0.0385	0.2248	28.8467	-36.0521	-6.2914
2	3.6276	-1.1693	0.6382	10.7207	-5.7179	9.6206	-0.005	0.0698	0.1631	-0.1007	-0.1243	-0.1574	-0.135	-0.224	0.1293	0.3233	0.1005	-0.0094	0.1023	-0.0946	0.2574	31.1745	-35.5852	-14.631
3	15.7804	-3.4523	-11.1367	1.7959	5.1911	15.1931	-0.5032	-0.2535	-0.964	0.2941	0.0487	0.0876	0.8603	0.1759	0.4545	0.402	0.0882	0.0327	0.0402	0.0444	0.3174	23.4611	-41.7684	8.4997
4	1.1376	0.1445	-0.0271	1.0241	-0.1987	0.5669	-0.0701	0.1076	-0.0883	-0.1649	0.0251	0.0389	0.1439	-0.0172	0.0449	0.3606	-0.0017	0.0203	0.0172	-0.0123	0.1524	10.4502	-28.7334	6.9602
5	0.7817	0.0965	-0.2626	1.2877	-0.1855	0.7684	0.0456	0.0313	0.1847	-0.0419	-0.0213	0.0249	-0.1357	0.0333	-0.0243	0.3163	-0.0063	0.0107	0.0043	0.0081	0.1913	18.9073	-7.8876	11.7863
6	4.0491	-6.9128	-5.7097	20.147	9.6966	8.0695	-0.1815	-0.5756	0.3344	0.2917	0.7092	-0.9026	0.1935	0.8	-0.5277	0.308	0.103	0.0348	0.2394	-0.0412	0.3181	36.0338	-38.7529	2.8841
7	1.0645	0.3049	-0.2549	1.0826	-0.1045	0.86	-0.0068	-0.0826	0.0237	0.0476	-0.0171	-0.0244	0.003	0.0473	0.0239	0.3484	0.0129	0.0102	0.0109	-0.0007	0.1614	12.7618	-21.7622	18.967
8	8.3037	-4.0249	1.4583	13.0315	-1.4936	3.054	-0.0132	-0.2601	1.2594	0.9229	0.0808	-0.0243	-0.7061	0.263	-0.0677	0.5534	-0.1133	0.0385	0.1581	-0.1932	0.4129	20.7774	11.3938	32.3607
9	4.4597	-1.5118	0.9775	3.5511	-1.1058	2.8162	0.0605	-0.4565	0.6927	0.4417	0.0537	-0.1129	-0.6622	0.0807	-0.1142	0.5403	-0.1005	0.0354	0.0783	-0.1286	0.2965	19.1267	6.9564	27.438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	337 - 362
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	363 - 388
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	389 - 397
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	398 - 466
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	467 - 587
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	AAA	588 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	AAA	604 - 726
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	AAA	727 - 747
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	AAA	748 - 790

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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