PDB-7zuj: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 6A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zuj

タイトル

PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 6Az - Streptococcus pneumoniae R6

要素

Penicillin-binding protein 1b

キーワード

TRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / INFECTION / DRUG-BINDING PROTEIN / LACTAM ANTIBIOTICS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Martins, A. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Nauta, K.M. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

資金援助

フランス,

米国, 6件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-INBS-0005-02	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-17-EURE-0003	フランス
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	R01 GM128439	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	K12 GM119955	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	TL1R002493	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	UL1TR002494	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Combined Structural Analysis and Molecular Dynamics Reveal Penicillin-Binding Protein Inhibition Mode with beta-Lactones.
著者: Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Martins, A. / Nauta, K.N. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zuj.cif.gz	202.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zuj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zuj_validation.pdf.gz	691.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zuj_full_validation.pdf.gz	695.6 KB	表示
XML形式データ	7zuj_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	7zuj_validation.cif.gz	37.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zuhC 7zuiC 7zukC 7zulC 2bg1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Penicillin-binding protein 1b

ヘテロ分子

90.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.306, 149.053, 98.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-916- CL
2	1	AAA-1437- HOH

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1b 分子量: 89461.227 Da / 分子数: 1 / 変異: N656G R686Q R687Q / 由来タイプ: 組換発現詳細: ENGINEERED RESIDUES ASN 656 GLY ENGINEERED RESIDUES ARG 686 GLN ENGINEERED RESIDUES ARG 656 GLN 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: pbp1b, spr1909 / プラスミド: PGEX-Amp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7CRA4, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-KQN / 6-azido-N-[(2S)-1-oxidanylidene-1-[[(2S,3R)-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]propan-2-yl]hexanamide / Beta-lactone antibacterial agent (open form) 分子量: 313.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.535→44.16 Å / Num. obs: 105235 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.582 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_sym value: 0.131 / Net I/σ(I): 5.93
反射シェル	解像度: 1.535→1.63 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 17050 / CC_1/2: 0.325 / R_sym value: 1.663 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	20210323	データ削減
XSCALE	20210323	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BG1 WITHOUT RESIDUES 654 TO 660

2bg1

解像度: 1.55→44.155 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.25 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1897	2034	1.987 %
R_work	0.1654	100307	-
all	0.166	-	-
obs	-	102341	99.432 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.832 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.906 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.331 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.575 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.155 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	51	549	4106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.015	3347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.223	1.643	4942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.402	1.579	7705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.42	5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.412	23.476	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.366	15	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.095	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.326	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.39	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.49	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.911	2.414	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.911	2.414	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.451	3.619	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.451	3.62	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.499	2.761	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.498	2.763	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.187	3.988	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.186	3.99	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.436	31.719	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.37	30.304	4303

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.383	133	0.424	7310	0.423	7514	0.488	0.435	99.0551	0.43
1.59-1.634	0.377	157	0.386	7128	0.386	7354	0.556	0.542	99.0617	0.394
1.634-1.681	0.369	175	0.329	6929	0.33	7169	0.719	0.773	99.0933	0.328
1.681-1.733	0.229	140	0.263	6748	0.262	6937	0.871	0.868	99.2936	0.254
1.733-1.789	0.242	138	0.228	6563	0.228	6736	0.895	0.903	99.4804	0.213
1.789-1.852	0.212	124	0.2	6355	0.2	6507	0.93	0.928	99.5697	0.183
1.852-1.922	0.203	131	0.179	6158	0.179	6313	0.94	0.95	99.6198	0.164
1.922-2	0.184	127	0.167	5909	0.168	6052	0.955	0.958	99.7356	0.156
2-2.089	0.198	131	0.154	5669	0.155	5816	0.958	0.965	99.7249	0.149
2.089-2.191	0.186	91	0.146	5482	0.146	5600	0.959	0.967	99.5179	0.147
2.191-2.309	0.162	104	0.143	5120	0.143	5284	0.968	0.968	98.8645	0.151
2.309-2.448	0.158	93	0.139	4929	0.139	5035	0.969	0.971	99.7418	0.152
2.448-2.617	0.192	72	0.151	4669	0.151	4745	0.958	0.967	99.9157	0.17
2.617-2.826	0.155	71	0.159	4362	0.159	4434	0.968	0.965	99.9774	0.186
2.826-3.094	0.191	77	0.17	4000	0.17	4079	0.958	0.957	99.951	0.208
3.094-3.457	0.184	79	0.154	3615	0.155	3702	0.96	0.964	99.7839	0.196
3.457-3.988	0.224	67	0.15	3197	0.152	3285	0.886	0.928	99.3607	0.203
3.988-4.875	0.152	49	0.142	2711	0.142	2805	0.955	0.96	98.3957	0.201
4.875-6.852	0.171	51	0.161	2157	0.161	2214	0.971	0.971	99.729	0.228
6.852-44.155	0.167	24	0.176	1266	0.176	1309	0.975	0.973	98.5485	0.225

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2455	-1.0463	-2.9644	0.9737	1.1823	2.6569	-0.1451	0.056	0.2548	-0.0097	0.0594	-0.0491	-0.0781	-0.0149	0.0858	0.1792	0.0774	-0.0081	0.2111	-0.0457	0.2385	29.2754	-35.1795	-6.9636
2	4.8851	1.9094	0.4922	10.1802	-4.7428	9.8291	0.0464	-0.0299	0.174	-0.2458	-0.2252	0.0587	-0.189	-0.2678	0.1788	0.1582	0.1007	-0.0067	0.2327	-0.0857	0.2509	30.216	-35.0176	-15.5947
3	10.4608	-3.7638	-10.1205	2.221	5.5184	13.9105	-0.4932	-0.015	-0.5411	0.3148	0.1389	0.1112	0.8445	0.2509	0.3543	0.2506	0.0664	0.0849	0.1486	0.0179	0.3104	24.9896	-42.7409	5.53
4	1.0368	0.0414	-0.0528	1.1453	-0.1653	0.8025	-0.0645	0.103	-0.0938	-0.1604	-0.0001	0.028	0.1419	-0.0179	0.0645	0.1065	0.0031	0.022	0.1777	-0.0194	0.1916	10.4274	-28.5496	7.1522
5	0.5729	-0.019	-0.1613	1.092	-0.1049	0.5585	0.021	0.0247	0.115	-0.0045	-0.0444	0.0045	-0.0966	0.0332	0.0234	0.0724	-0.0037	0.0015	0.1574	0.0037	0.2122	18.8825	-7.7524	11.7672
6	3.597	-6.2669	-4.5576	15.3998	9.5111	6.3355	-0.2228	-0.4695	0.2305	0.2343	0.6382	-0.6408	0.2069	0.582	-0.4154	0.142	0.0523	0.0685	0.3622	-0.0855	0.2702	35.7646	-38.6292	2.7371
7	0.8058	0.3271	-0.2315	0.9261	-0.1934	0.7197	-0.0022	-0.1025	0.0025	0.0907	-0.022	-0.0367	-0.0154	0.0651	0.0242	0.0829	0.0059	-0.0048	0.1673	0.002	0.1777	14.4866	-19.3567	22.4894
8	3.5941	-0.4601	1.7462	2.0364	-0.4078	3.5441	-0.1006	0.0934	0.1319	-0.1554	0.0154	0.072	-0.0639	-0.1541	0.0853	0.1287	-0.0017	0.011	0.1973	-0.0004	0.2283	7.768	-20.6608	9.0025
9	0.6772	0.2015	-0.2954	0.6928	-0.0567	0.8238	-0.0204	-0.1595	0.0048	0.1938	-0.0351	-0.09	-0.0323	0.1077	0.0555	0.1	0.0183	-0.0221	0.1727	0.0004	0.1753	15.3124	-20.9778	24.1815
10	4.358	-0.9625	-0.3987	14.3095	0.6826	2.7426	-0.3074	-0.7186	0.8913	0.5396	0.4082	-0.1785	-0.8288	0.399	-0.1008	0.391	-0.0955	-0.0538	0.2575	-0.2062	0.2344	20.816	10.1695	33.402
11	2.0044	-0.4805	0.3552	2.1652	-0.5057	1.8141	0.058	-0.1479	0.5249	0.1873	-0.0715	-0.3498	-0.452	0.2275	0.0135	0.2218	-0.0974	-0.0159	0.1265	-0.0823	0.2922	22.2867	6.4184	23.4825
12	13.8539	-1.526	-8.5054	2.8891	7.3564	20.6762	0.3716	-1.0763	0.2751	-0.2858	-0.4807	-0.0028	-1.1599	-0.9994	0.1091	0.7513	0.2588	0.0079	0.4147	-0.2304	0.3444	11.5314	13.4646	29.8922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	337 - 364
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	365 - 385
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	386 - 397
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	398 - 466
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	467 - 587
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	AAA	588 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	AAA	604 - 656
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	AAA	657 - 687
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	AAA	688 - 734
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	AAA	735 - 756
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	AAA	757 - 779
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	AAA	780 - 790

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)